9uaj

Ovorubin from the golden apple snail (Pomacea canaliculata)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PcOvo5

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 10	Perivitellin ovorubin-1 × 2 （J7I2T6） Perivitellin protein × 2 （A0A2T7NVP6） Perivitellin ovorubin-2 × 2 （J7HZ90） alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 (Z)-docos-13-enoic acid × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2T7NVP5_POMCA
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–204； UniProt 399–602 作者链 F； PDB构建体 1–204； UniProt 399–602 作者链 B； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199 作者链 J； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199

Perivitellin ovorubin-1

物种未注明

UniProt J7I2T6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 10	PcOvo5 × 2 （A0A2T7NVP5） PcOvo3s × 2 （A0A2T7NVP5） Perivitellin protein × 2 （A0A2T7NVP6） Perivitellin ovorubin-2 × 2 （J7HZ90） alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 (Z)-docos-13-enoic acid × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J7I2T6_POMCA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200 作者链 I； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200

Perivitellin protein

物种未注明

UniProt A0A2T7NVP6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 10	PcOvo5 × 2 （A0A2T7NVP5） PcOvo3s × 2 （A0A2T7NVP5） Perivitellin ovorubin-1 × 2 （J7I2T6） Perivitellin ovorubin-2 × 2 （J7HZ90） alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 (Z)-docos-13-enoic acid × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2T7NVP6_POMCA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203 作者链 H； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203

Perivitellin ovorubin-2

物种未注明

UniProt J7HZ90

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 10	PcOvo5 × 2 （A0A2T7NVP5） PcOvo3s × 2 （A0A2T7NVP5） Perivitellin ovorubin-1 × 2 （J7I2T6） Perivitellin protein × 2 （A0A2T7NVP6） alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 (Z)-docos-13-enoic acid × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J7HZ90_POMCA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210 作者链 G； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9uaj
沉积日期 deposition_date	2025-04-01
结构标题 title	Ovorubin from the golden apple snail (Pomacea canaliculata)
关键词 keywords	ovorubin, golden apple snail, Pomacea canaliculata, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9uaj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9uaj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9uaj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.54 Å
Rg（电子密度）	36.53 Å
总 Rg	37.21 Å
原子数	14889
残基数	1817
排除体积	267070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9uaj__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PcOvo5
分子量 formula_weight	22841.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	15208

MLVATLTLVALSAVFTNVYGSDQYTILDVYKASNVSVEDYKDLLKDLDVVHSFKVLGSSRVIFVVKMREDSYEKLSKINLPGDVYSIPAGDLSDKMQSVGVEWKRWDDLPDANLTLFERTLELKGEPLEGLASHMKAFGEKVSHVMELYPNKGFYLLGRTPPKAFVIVSLPFRCRQVRYGSDFALNYLNGPGDSSTKVEFVAKA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PcOvo3s
分子量 formula_weight	22252.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,J

MYALAIALLAFSTFVSNAFANKEYLLLDIRDATTSEIISALRDVEIELKVKAKGIARHLIVVKQNDANLQKLGEIDIPGRSCSTPVEDLDNLMEDIGISWPRNELTNVNVTLFERTLDLKDKTMEQFWSEAKAYGQLVKPVLSSFTYRAFKANGAYPPKVYFFVNLPRENLNDASSKGIDIFGGPGKARTTVQYVTKLS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Perivitellin ovorubin-1
分子量 formula_weight	22408.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I

MFVATSLLLAIATLVVRASPHNYLIMDIEPPKSVSERDILNLLSPLQVKHSFRVTGSTRLLIVIRLDAQSYEKLDEITVPGKVEVIPAVNMADTMERCGVSWPRVELTDDNVTLFESESTLTDVTKEQLKAMLIGYGEHMSGLLQAHRFEYYQAAGATPHRHFVFVNSVPDEIEVFGREGVDIWGGPGEFVVKPQYVTRI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Perivitellin protein
分子量 formula_weight	22467.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MTAILALLLAMSILLPSGAVEDVQDLVFAEWDKGSSHEHACSALRNSSVIEKGLTVKEVGTSKFAAVLSEPILARLKFHGLVEAVPVVEVGTVMKRLNVSIPPAQDISDNNLTLIKMSPKLKGQTLQQIDAELRYLGEYMNTVLQKCSHRVYISKGTFPPKIYVFLNMPLDQIRQFYPSLDIFGGPSSTKNEISYVQILILRN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Perivitellin ovorubin-2
分子量 formula_weight	23827.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

MAEHRIPVLLLLVVVAASSLAQQIPLQKHYIIYEVRNIEKTPEEVKEEMKDTDILYSFKALGAPSYHIVVEVNPRNMRKLEEVELKGKIRMVPVVNMVDVAETLGVSWPRSGARLLDVNLTLIERTLNQEGLTSQESEAHLKGFMEELKDRLQQYNYQAFFTIGASPPKMYIYINIPYEEVDKFACIGINQFGGPAAVNTTVSFISSFPK

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(Z)-docos-13-enoic acid
分子量 formula_weight	338.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	319

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.12 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	336633

Ovorubin from the golden apple snail (Pomacea canaliculata)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PcOvo5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Perivitellin ovorubin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Perivitellin protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Perivitellin ovorubin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9uaj__assembly_1__model_1

9uaj__assembly_1__model_1 | I(q)

9uaj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

Ovorubin from the golden apple snail (Pomacea canaliculata)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PcOvo5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Perivitellin ovorubin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Perivitellin protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Perivitellin ovorubin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9uaj__assembly_1__model_1

9uaj__assembly_1__model_1 | I(q)

9uaj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)