9uno

native NMDA receptor-GluN1/N2A in the inactive state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 179.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

物种未注明

UniProt P35438

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–837 链 C; UniProt 25–837 未记录 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A × 2 (P35436) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.55 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NMDZ1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–813; UniProt 25–837 作者链 C; PDB构建体 1–813; UniProt 25–837

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

物种未注明

UniProt P35436

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 33–841 链 D; UniProt 33–841 未记录 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 2 (P35438) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.55 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NMDE1_MOUSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–809; UniProt 33–841 作者链 D; PDB构建体 1–809; UniProt 33–841

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9uno

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9uno
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9uno
沉积日期 deposition_date2025-04-24
结构标题 titlenative NMDA receptor-GluN1/N2A in the inactive state
关键词 keywordsnative, NMDA receptor, ionotropic ion channel, excitatory neurotransmitter, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.04
零角强度 I(0) i01454700000.00
分子量 molecular_weight325190.0 kDa
排除体积 excluded_volume409520 ų
包络体积 envelope_volume609430 ų
水化壳体积 shell_volume98227 ų
包络直径 envelope_diameter178.8
壳层 Rg shell_rg54.44
包络 Rg envelope_rg51.47
形状 Rg shape_rg53.02
总 Rg total_rg53.13
总原子数 total_atoms22941
残基数 n_residues3140
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax179.9
Rg (实空间) rg_real52.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.83
I(0) (实空间) i0_real1.4550e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1455000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8734
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary66.0
偏度 Skewness skewness0.288
峰度 Kurtosis kurtosis-0.344
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha104100000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.813

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)