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9upf

Cryo-EM structure of human olfactory CNG channel in cAMP-bound open state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 124.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclic nucleotide-gated channel beta-1

Homo sapiens

UniProt Q14028

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–1251 未记录 Cyclic nucleotide-gated channel alpha-2 × 2 （Q16280） Cyclic nucleotide-gated channel alpha-4 × 1 （Q8IV77） CA CALCIUM ION × 2 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.59 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9UPF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7RH9 Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in apo state 提交 2021-07-16 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 454–1251（798 aa） 片段：UNP residues 454-1251
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
7RHG Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in cAMP-bound state 提交 2021-07-17 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 454–1251（798 aa） 片段：UNP residues 454-1251
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
7RHH Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in cGMP-bound openI state 提交 2021-07-17 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 454–1251（798 aa） 片段：UNP residues 454-1251
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
7RHI Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in cGMP-bound openII state 提交 2021-07-17 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 454–1251（798 aa） 片段：UNP residues 454-1251
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
7RHJ Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in L-cis-Diltiazem-blocked open state 提交 2021-07-17 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 454–1251（798 aa） 片段：UNP residues 454-1251
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 5H0 (2R,3R)-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1,5-benzothiazepin-3-yl acetate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
7RHK Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in L-cis-Diltiazem-trapped closed state 提交 2021-07-17 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 454–1251（798 aa） 片段：UNP residues 454-1251
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 5H0 (2R,3R)-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1,5-benzothiazepin-3-yl acetate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
7RHL Cryo-EM structure of human rod Apo CNGA1/B1 channel with CLZ coiled coil 提交 2021-07-17 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 454–1251（798 aa） 片段：UNP residues 454-1251
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
8DGH NMR Structure of calmodulin bound to C-terminal site in the beta-subunit of cyclic nucleotide-gated channel 提交 2022-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1128–1139（12 aa） 片段：C-terminal site, residues 1128-1139
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1
NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 1.2 mM Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-1, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 1 mM Calcium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 1.2 mM Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-1, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 1 mM Calcium chloride, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
8DGK NMR structure of calmodulin bound to N-terminal site in the beta-subunit of cyclic nucleotide-gated channel 提交 2022-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 565–576（12 aa） 片段：N-terminal site, residues 565-576
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 0.85 mM Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-1, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 1 mM Calcium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 0.85 mM Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-1, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 1 mM Calcium chloride, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 0.85 mM Cyclic nucleotide-gated cation channel beta-1, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 1 mM Calcium chloride, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
9UPG Cryo-EM structure of human olfactory CNGA2/A4/B1 in CaM-bound closed state 提交 2025-04-28 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1251（1251 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNGB1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–1251； UniProt 1–1251

Cyclic nucleotide-gated channel alpha-2

Homo sapiens

UniProt Q16280

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–664 链 C； UniProt 1–664 未记录 Cyclic nucleotide-gated channel beta-1 × 1 （Q14028） Cyclic nucleotide-gated channel alpha-4 × 1 （Q8IV77） CA CALCIUM ION × 2 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.59 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9UPF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6FIZ Crystal Structure of CNG mimicking NaK-EAPP mutant (T67A) cocrystallized with K+ 提交 2018-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 339–344（6 aa）
链 B 339–344（6 aa）
链 C 339–344（6 aa）
链 D 339–344（6 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 10 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine
分辨率 2.63 Å R-free 0.269
6FIZ Crystal Structure of CNG mimicking NaK-EAPP mutant (T67A) cocrystallized with K+ 提交 2018-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 339–344（6 aa）
链 F 339–344（6 aa）
链 G 339–344（6 aa）
链 H 339–344（6 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 12 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine
分辨率 2.63 Å R-free 0.269
6FIZ Crystal Structure of CNG mimicking NaK-EAPP mutant (T67A) cocrystallized with K+ 提交 2018-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 339–344（6 aa）
链 J 339–344（6 aa）
链 K 339–344（6 aa）
链 L 339–344（6 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 17 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine
分辨率 2.63 Å R-free 0.269
6FIZ Crystal Structure of CNG mimicking NaK-EAPP mutant (T67A) cocrystallized with K+ 提交 2018-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 339–344（6 aa）
链 N 339–344（6 aa）
链 O 339–344（6 aa）
链 P 339–344（6 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 21 K POTASSIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；40-44% MPD 100 mM MES pH 6.5 25mM Glycine
分辨率 2.63 Å R-free 0.269
9UPG Cryo-EM structure of human olfactory CNGA2/A4/B1 in CaM-bound closed state 提交 2025-04-28 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–664（664 aa）
链 C 1–664（664 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNGA2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–664； UniProt 1–664 作者链 C； PDB构建体 1–664； UniProt 1–664

Cyclic nucleotide-gated channel alpha-4

Homo sapiens

UniProt Q8IV77

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–575 未记录 Cyclic nucleotide-gated channel beta-1 × 1 （Q14028） Cyclic nucleotide-gated channel alpha-2 × 2 （Q16280） CA CALCIUM ION × 2 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.59 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9UPF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9UPG Cryo-EM structure of human olfactory CNGA2/A4/B1 in CaM-bound closed state 提交 2025-04-28 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–575（575 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNGA4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–575； UniProt 1–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9upf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9upf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9upf
沉积日期 deposition_date2025-04-28
结构标题 titleCryo-EM structure of human olfactory CNG channel in cAMP-bound open state
关键词 keywordsIon Channels, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.90 Å
零角强度 I(0) i0567905000.00
分子量 molecular_weight206810.0 kDa
排除体积 excluded_volume263570 ų
包络体积 envelope_volume368320 ų
水化壳体积 shell_volume74350 ų
包络直径 envelope_diameter125.6 Å
壳层 Rg shell_rg48.05 Å
包络 Rg envelope_rg38.83 Å
形状 Rg shape_rg39.89 Å
总 Rg total_rg40.40 Å
总原子数 total_atoms14581
残基数 n_residues1774
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.0 Å
Rg (实空间) rg_real40.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real5.6790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal568000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8944
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary54.0 Å
偏度 Skewness skewness0.054
峰度 Kurtosis kurtosis-0.495
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49290000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.935
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)