SAXSdb — 9v57

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xanthosine/inosine triphosphate pyrophosphatase

Archangium gephyra

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	NAD-dependent protein deacetylase × 8 （A0AAC8TGL7） ;2'-deoxyinosine 5'-triphosphate ; × 8 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAC8QDB0_9BACT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 F； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 I； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 L； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 a； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 d； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 o； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181 作者链 r； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181

NAD-dependent protein deacetylase

Archangium gephyra

UniProt A0AAC8TGL7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Xanthosine/inosine triphosphate pyrophosphatase × 8 （A0AAC8QDB0） ;2'-deoxyinosine 5'-triphosphate ; × 8 ZINC ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAC8TGL7_9BACT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 g； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 h； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 i； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 j； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 s； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 t； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 u； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278 作者链 v； PDB构建体 1–278； UniProt 1–278

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9v57
沉积日期 deposition_date	2025-05-25
结构标题 title	Helical structure of KomBC in complex with dITP
关键词 keywords	KomBc, dITP, Sir2, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9v57__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9v57__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9v57__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.65 Å
Rg（电子密度）	52.02 Å
总 Rg	52.32 Å
原子数	29032
残基数	3656
排除体积	516000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9v57__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Xanthosine/inosine triphosphate pyrophosphatase
分子量 formula_weight	20012.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,a,d,o,r
原子数 atom_count	29032

MAPTWFYNTTNSEKLRELQHVLGGSAKLGYLTAKVTEILDVDLETVIRAKAIAAYRAVRVPVIVEHGALCIDALNGLPGALVKPFWESLDTRLCEVIPAGQRTARARGALCYCDGRERHVLIEETEGEIAPSARGTGGFHWDPIFIPKGQTRTFAEMSLDEKLSFSPLGRLHTRLRTELGL

来源 Source

来源生物 organism	Archangium gephyra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	48
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NAD-dependent protein deacetylase
分子量 formula_weight	31370.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g,h,i,j,s,t,u,v

MTTLTLSEAAPLLKKEFREGRLIPFLGAGFSKPLKLPDGSQLIASLAKTLGFEPELFDMHGRFEQLAEFFAISAPNRLQRLVYEMSLSFDSAEAEALREKSPMHRALAALDWRTIYTTNYDKHVEGALRDAGKQAAVLASFADFQGPRARDVCEVIKFHGTLDQPDTIVLTESSYFQRMALDAPPDQRLRADLLANSFLFIGYSFSDTNIRYIWYRMNQLREQSQLGVKHSQARRCFFATHGAGLVQPDILQQWNIDVIQLDPTDKSASVARLLESIA

来源 Source

来源生物 organism	Archangium gephyra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	48
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;2'-deoxyinosine 5'-triphosphate ;
分子量 formula_weight	492.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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分辨率 resolution	3.04 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1574792

Helical structure of KomBC in complex with dITP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xanthosine/inosine triphosphate pyrophosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NAD-dependent protein deacetylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9v57__assembly_1__model_1

9v57__assembly_1__model_1 | I(q)

9v57__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Helical structure of KomBC in complex with dITP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xanthosine/inosine triphosphate pyrophosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NAD-dependent protein deacetylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9v57__assembly_1__model_1

9v57__assembly_1__model_1 | I(q)

9v57__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)