SAXSdb — 9vbv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

Escherichia coli K12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 5	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 528–893； UniProt 27–392

Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

Escherichia coli K12

UniProt Q8GZ99

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 5	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HPCA1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–523； UniProt 24–546

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vbv
沉积日期 deposition_date	2025-06-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of a CARD1 ectodomain H197A/H199A/H222A mutant
关键词 keywords	leucine-rich repeat receptor-like kinase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vbv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vbv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vbv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.52 Å
Rg（电子密度）	25.21 Å
总 Rg	26.20 Å
原子数	4227
残基数	521
排除体积	75832 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vbv__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
分子量 formula_weight	97936.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	H197A/H199A/H222A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4241

LTNGLDASALNALKSEWTTPPDGWEGSDPCGTNWVGITCQNDRVVSISLGNLDLEGKLPADISFLSELRILDLSYNPKLSGPLPPNIGNLGKLRNLILVGCSFSGQIPESIGTLKELIYLSLNLNKFSGTIPPSIGLLSKLYWFDIADNQIEGELPVSNGTSAPGLDMLLQTKAFAFGKNKLSGNIPKELFSSNMSLIAVLFDGNQFTGEIPETLSLVKTLTVLRLDRNKLIGDIPSYLNNLTNLNELYLANNRFTGTLPNLTSLTSLYTLDVSNNTLDFSPIPSWISSLPSLSTLRMEGIQLNGPIPISFFSPPQLQTVILKRNSIVESLDFGTDVSSQLEFVDLQYNEITDYKPSANKVLQVILANNPVCLEAGNGPSYCSAIQHNTSFSTLPTNCSPCEPGMEASPTCRCAYPFMGTLYFRSPSFSGLFNSTNFSILQKAIADFFKKFNYPVDSVGVRNIRENPTDHQLLIDLLVFPLGRESFNQTGMSLVGFAFSNQTYKPPPIFGPYIFKADLYKQFSGSAMKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Nicotiana benthamiana

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.61 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	220439

Cryo-EM structure of a CARD1 ectodomain H197A/H199A/H222A mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vbv__assembly_1__model_1

9vbv__assembly_1__model_1 | I(q)

9vbv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of a CARD1 ectodomain H197A/H199A/H222A mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vbv__assembly_1__model_1

9vbv__assembly_1__model_1 | I(q)

9vbv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)