9vjx

Structure of the plant diacylglycerol O-acyltransferase 1 H447A mutant

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diacylglycerol O-acyltransferase 1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	OLEIC ACID × 9 COENZYME A × 1 2,3-bis[[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy]propyl (Z)-octadec-9-enoate × 1 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE × 2 [(2~{S})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-oxidanyl-propyl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 4 ;S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name) ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DGAT1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–520； UniProt 1–520 作者链 B； PDB构建体 1–520； UniProt 1–520

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vjx
沉积日期 deposition_date	2025-06-21
结构标题 title	Structure of the plant diacylglycerol O-acyltransferase 1 H447A mutant
关键词 keywords	TAG synthysis, activity regulation, FFA, intramembrane enzyme, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vjx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vjx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vjx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.12 Å
Rg（电子密度）	37.04 Å
总 Rg	37.59 Å
原子数	7530
残基数	841
排除体积	138350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vjx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Diacylglycerol O-acyltransferase 1
分子量 formula_weight	59962.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.20
突变 mutation	H447A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	7556

MAILDSAGVTTVTENGGGEFVDLDRLRRRKSRSDSSNGLLLSGSDNNSPSDDVGAPADVRDRIDSVVNDDAQGTANLAGDNNGGGDNNGGGRGGGEGRGNADATFTYRPSVPAHRRARESPLSSDAIFKQSHAGLFNLCVVVLIAVNSRLIIENLMKYGWLIRTDFWFSSRSLRDWPLFMCCISLSIFPLAAFTVEKLVLQKYISEPVVIFLHIIITMTEVLYPVYVTLRCDSAFLSGVTLMLLTCIVWLKLVSYAHTSYDIRSLANAADKANPEVSYYVSLKSLAYFMVAPTLCYQPSYPRSACIRKGWVARQFAKLVIFTGFMGFIIEQYINPIVRNSKHPLKGDLLYAIERVLKLSVPNLYVWLCMFYCFFHLWLNILAELLCFGDREFYKDWWNAKSVGDYWRMWNMPVHKWMVRHIYFPCLRSKIPKTLAIIIAFLVSAVFAELCIAVPCRLFKLWAFLGIMFQVPLVFITNYLQERFGSTVGNMIFWFIFCIFGQPMCVLLYYHDLMNRKGSMSGPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2,3-bis[[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy]propyl (Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	885.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
分子量 formula_weight	648.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	[(2~{S})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-oxidanyl-propyl] (~{Z})-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	621.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	;S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name) ;
分子量 formula_weight	1032.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	67838

Structure of the plant diacylglycerol O-acyltransferase 1 H447A mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diacylglycerol O-acyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vjx__assembly_1__model_1

9vjx__assembly_1__model_1 | I(q)

9vjx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

Structure of the plant diacylglycerol O-acyltransferase 1 H447A mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diacylglycerol O-acyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vjx__assembly_1__model_1

9vjx__assembly_1__model_1 | I(q)

9vjx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)