9vkr

Cryo-EM structure of F-ATP synthase from Mycobacteroides abscessus (Rotational State 3)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha

Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ATP synthase subunit beta × 3 （B1MLW2） ATP synthase gamma chain × 1 （B1MLW1） ATP synthase epsilon chain × 1 （B1MLW3） ATP synthase subunit b × 1 （B1MLV8） ATP synthase subunit b-delta × 1 （B1MLV9） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPA_MYCA9
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–548； UniProt 1–548 作者链 B； PDB构建体 1–548； UniProt 1–548 作者链 C； PDB构建体 1–548； UniProt 1–548

ATP synthase subunit beta

Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

UniProt B1MLW2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ATP synthase subunit alpha × 3 （B1MLW0） ATP synthase gamma chain × 1 （B1MLW1） ATP synthase epsilon chain × 1 （B1MLW3） ATP synthase subunit b × 1 （B1MLV8） ATP synthase subunit b-delta × 1 （B1MLV9） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B1MLW2_MYCA9
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–476； UniProt 1–476 作者链 E； PDB构建体 1–476； UniProt 1–476 作者链 F； PDB构建体 1–476； UniProt 1–476

ATP synthase gamma chain

Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

UniProt B1MLW1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ATP synthase subunit alpha × 3 （B1MLW0） ATP synthase subunit beta × 3 （B1MLW2） ATP synthase epsilon chain × 1 （B1MLW3） ATP synthase subunit b × 1 （B1MLV8） ATP synthase subunit b-delta × 1 （B1MLV9） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPG_MYCA9
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–308； UniProt 1–308

ATP synthase epsilon chain

Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

UniProt B1MLW3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ATP synthase subunit alpha × 3 （B1MLW0） ATP synthase subunit beta × 3 （B1MLW2） ATP synthase gamma chain × 1 （B1MLW1） ATP synthase subunit b × 1 （B1MLV8） ATP synthase subunit b-delta × 1 （B1MLV9） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPE_MYCA9
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

ATP synthase subunit b

Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

UniProt B1MLV8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ATP synthase subunit alpha × 3 （B1MLW0） ATP synthase subunit beta × 3 （B1MLW2） ATP synthase gamma chain × 1 （B1MLW1） ATP synthase epsilon chain × 1 （B1MLW3） ATP synthase subunit b-delta × 1 （B1MLV9） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPF_MYCA9
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

ATP synthase subunit b-delta

Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

UniProt B1MLV9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	ATP synthase subunit alpha × 3 （B1MLW0） ATP synthase subunit beta × 3 （B1MLW2） ATP synthase gamma chain × 1 （B1MLW1） ATP synthase epsilon chain × 1 （B1MLW3） ATP synthase subunit b × 1 （B1MLV8） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ATPFD_MYCA9
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–448； UniProt 1–448

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vkr
沉积日期 deposition_date	2025-06-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of F-ATP synthase from Mycobacteroides abscessus (Rotational State 3)
关键词 keywords	Hydrolase, ATP synthase, membrane protein, mycobacterium abscessus, mycobacterial, nontuberculous mycobacteria; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vkr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vkr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.99 Å
Rg（电子密度）	49.43 Å
总 Rg	49.61 Å
原子数	29560
残基数	3872
排除体积	523970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vkr__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	58915.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	29560

MTELTISSADISGAIEQYVATFSADPTREEIGIVSDAGDGIAHVEGLPSVMTQELLEFPGGVLGVALNLDERSVGTVVLGDFQDIEEGQQVKRTGEVLSVPVGDAFLGRVINPLGQPIDGRGDIEAETRRALELQAPSVVQRQSVSEPLQTGIKAIDSQTPIGRGQRQLIIGDRKTGKTAVCIDTILNQKQAWETGDPAQQVRCIYVAVGQKGSTVAAVRRTLDEAGALEYTTIVAAPASDAAGFKWLAPYTGSALGQHWMYQGKHVLIVFDDLTKQAEAYRAISLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERCAKLSDELGAGSLTGLPIIETKANDISAYIPTNVISITDGQCFLQTDLFNQGVRPAVNVGVSVSRVGGAAQIKAMKEVAGSLRLELSQYRELEAFAAFASDLDATSKAQLERGARLVELLKQPQNSPYPVEEQVVAIYLGTGGHLDSVPVEDVMRFEQEFLDHVRGSHADILADIRETKKFSEDTETKLTNAVNAFKKSFAATDGSSVEVKGVAAEALDESAVGQETVQVRKPAPKK

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1185650
宿主生物 host_organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	56032.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
突变 mutation	FLAG-6xHis tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MTAPTANKTAGRVVRVTGPVVDVEFPRDAVPPLFSALNAEITYEAMAKTLTLEVAQHLGDNLVRTISMQPTDGLVRGVDVVSTGNTIAVPVGDGVKGHVFNALGNCLDEPGYGSDFEKWSIHRKPPAFDQLEPRTEMLETGLKVVDLLTPYVRGGKIALFGGAGVGKTVLIQEMINRIARNFGGTSVFAGVGERTREGNDLWVELADANVLKDTALVFGQMDEPPGTRMRVALSALTMAEYFRDEQGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSTLLGRMPSAVGYQPTLADEMGELQERITSTRGRSITSMQAVYVPADDYTDPAPATTFAHLDATTELSRAVFSKGIFPAVDPLASSSTILLPSVVGEEHYRVAQEVIRILQRYQDLQDIIAILGIDELSEEDKQLVGRARRIERFLSQNMMAAEQFTGQPGSTVPLKETIEAFDKLTKGEFDHLPEQAFFLIGGLDDLAKKAESLGAKLGLSGQPPRSPSSGSSGGGGENLYFQDYKDDDDKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1185650
宿主生物 host_organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase gamma chain
分子量 formula_weight	33189.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MGAQIRELRRRIKSAGAIKKITKAQELIATSRIAKAQARVVAARPYATEITNVLTALADDAALDHPLLVERPEPKRAGVLIVSSDRGLCGGYNANVLRVAEELYALLREQGKTPVVYVVGRKALNYYSFRNRKVTEAWTGFSERPEYASAQKIADTLVEAFLAGADDEGDDPGLDGILGVDELHIVYTEFKSMLTQAAVAKRIAPMEVEYVGEAAGPTTQYSFEPDATTLFGALLPRYLATRVYAALLEAAASESASRRRAMKAATDNADELIKGLTLEANGARQAQITQEISEIVGGVNALADAAGH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1185650
宿主生物 host_organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase epsilon chain
分子量 formula_weight	13074.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSEIDVEIVAVEREIWSGKATFVFTRTTSGEIGILPHHIPLVAQLVDDAAVKIEREGSDDLWWAIDGGFLSITDTKVSILAESAQARADIDEAKAKTDSGSEDPRVAAQGRARLRALGQTV

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1185650
宿主生物 host_organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase subunit b
分子量 formula_weight	18543.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MGELHSVASAVTAVAAEAAEEGGKQNNFLIPNGTFFVVLAIFLIVLAVIGTFVVPPIQKVLKAREDMVTKTAEDNRNAAEQFTAAEADYKDELAKARGAATAVRDEARAEGRGILEDMRQRANAEATAVTETAAAELARQGEVTAGELATNVDSLSRTLAERVLGVSLSEPANAGRG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1185650
宿主生物 host_organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase subunit b-delta
分子量 formula_weight	47696.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MSTFIGQLIGFAVIVFLVVKYVVPPVRTLMAKQQDAVRQQLADSKTAADKLVEAEGAHAKAIEDAKADAAQIAEEAKADAVQISKQLREQADAEVERIKVHGQEQIVLQRQQLIRQLRGDLGAESVRRAGDLVRSHVADPSAQSATVDRFLDELSQMAGSVGAAKRPVPGGYSGMHAASRESLAAQVSTFRETAASLDSSALSALAEDIAAVAELLISELVLRKHLSEPVDASENEAKLTLVNSLLGNKIGAPALAIVRSAVTARWSASSDLITSLEYIARLALLERAERDGQIEDVEDQLFRVSRVLDAEPQLATLLSDSTAPAQGRVALLTNVLGGRANEVTTALLAQTVRLLYSVRAEVAVLDVAELAVARRDESVAHVKAAAPITDAQRTRLAQVLGQIYGRTIAVQLDVDPELLGGLVVNIGDEEIDGSLSTRLSAAALHLPN

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1185650
宿主生物 host_organism	Mycobacteroides abscessus subsp. abscessus

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.790 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	54067

Cryo-EM structure of F-ATP synthase from Mycobacteroides abscessus (Rotational State 3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase gamma chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase epsilon chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit b-delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vkr__assembly_1__model_1

9vkr__assembly_1__model_1 | I(q)

9vkr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer