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9wbe

Crystal structure of the CHS-CHIL complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 116.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chalcone synthase

Arabidopsis thaliana

UniProt P13114

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–395 链 B； UniProt 1–395 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Probable chalcone--flavanone isomerase 3 × 2 （Q8VZW3） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2000 分辨率 1.91 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9WBE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6DXB Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana 提交 2018-06-28 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 C 1–395（395 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.3 M ammonium acetate, 14% (v/v) PEG 8000, and 5 mM DTT
分辨率 1.55 Å R-free 0.163
6DXB Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana 提交 2018-06-28 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 D 1–395（395 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.3 M ammonium acetate, 14% (v/v) PEG 8000, and 5 mM DTT
分辨率 1.55 Å R-free 0.163
6DXD Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana - C347S mutant 提交 2018-06-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 C 1–395（395 aa）
突变：C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.3 M ammonium acetate, 14% (v/v) PEG 8000, and 5 mM DTT
分辨率 1.59 Å R-free 0.169
6DXD Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana - C347S mutant 提交 2018-06-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 D 1–395（395 aa）
突变：C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.3 M ammonium acetate, 14% (v/v) PEG 8000, and 5 mM DTT
分辨率 1.59 Å R-free 0.169
6DXE Crystal structure of chalcone synthase from Arabidopsis thaliana - M64I F170S G173A S213G Q217A T270V C347S mutant 提交 2018-06-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 C 1–395（395 aa）
突变：M64I, F170S, G173A, S213G, Q217A, T270V, C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：M64I, F170S, G173A, S213G, Q217A, T270V, C347S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.125 NaSCN, 20% (v/v) PEG 3350, and 5 mM DTT
分辨率 1.61 Å R-free 0.202

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CHSY_ARATH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 B； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

Probable chalcone--flavanone isomerase 3

Arabidopsis thaliana

UniProt Q8VZW3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–209 链 D； UniProt 1–209 未记录 Chalcone synthase × 2 （P13114） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2000 分辨率 1.91 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CFI3_ARATH
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209 作者链 D； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9wbe

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9wbe
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9wbe
沉积日期 deposition_date2025-08-13
结构标题 titleCrystal structure of the CHS-CHIL complex
关键词 keywordsflavonoids biosynthesis, chalcone synthase, chalcone isomerase, CHS complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.43 Å
零角强度 I(0) i0261014000.00
分子量 molecular_weight131310.0 kDa
排除体积 excluded_volume165070 ų
包络体积 envelope_volume201180 ų
水化壳体积 shell_volume50790 ų
包络直径 envelope_diameter124.2 Å
壳层 Rg shell_rg40.09 Å
包络 Rg envelope_rg32.68 Å
形状 Rg shape_rg32.43 Å
总 Rg total_rg32.97 Å
总原子数 total_atoms15243
残基数 n_residues1190
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax116.8 Å
Rg (实空间) rg_real33.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal261000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8593
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.4 Å
偏度 Skewness skewness0.330
峰度 Kurtosis kurtosis-0.137
角度范围 angular_range— – 0.2400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha135400000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.729; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)