SAXSdb — 9wca

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

Escherichia coli O157:H7 str. EDL933

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 f； UniProt 1–190 链 j； UniProt 1–190 链 z； UniProt 1–190	未记录	A8 gpJ 713 × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.49 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPIA_ECO57
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 f； PDB构建体 1–190； UniProt 1–190 作者链 j； PDB构建体 1–190； UniProt 1–190 作者链 z； PDB构建体 1–190； UniProt 1–190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9wca
沉积日期 deposition_date	2025-08-16
结构标题 title	Closed state of A8 gpJ 713 central tail fiber
关键词 keywords	Phage Tail, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.27 Å
零角强度 I(0) i0	366042000.00
分子量 molecular_weight	153840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	191460 Å³
包络体积 envelope_volume	267360 Å³
水化壳体积 shell_volume	51159 Å³
包络直径 envelope_diameter	215.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.28 Å
包络 Rg envelope_rg	52.30 Å
形状 Rg shape_rg	50.33 Å
总 Rg total_rg	49.81 Å
总原子数 total_atoms	10827
残基数 n_residues	1413
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.3 Å
Rg (实空间) rg_real	45.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	365400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7063
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.371
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.593
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0499
最高正则化参数 α highest_alpha	16650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.003; Oscil: 0.931; Stabil: 0.975; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.737

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	A8 gpJ 713
分子量 formula_weight	47315.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,Z,F
原子数 atom_count	10827

HHHHHHHHAPAAPSRIELTPGYFQITATPHLAVYDPTVQFEFWFSEKQIADIRQVETSTRYLGTALYWIAASINIKPGHDYYFYIRSVNTVGKSAFVEAVGRASDDAEGYLDFFKGKITESHLGKELLEKVELTEDNASRLEEFSKEWKDASDKWNAMWAVKIEQTKDGKHYVAGIGLSMEDTEEGKLSQFLVAANRIAFIDPANGNETPMFVAQGNQIFMNDVFLKRLTAPTITSGGNPPAFSLTPDGKLTAKNADISGSVNANSGTLNNVTINENCQIKGKLSANQIEGDIVKTVSKSFPRTNSYASGTITVRISDDQKFDRQVMIPPVLFRGGKHENFNSNNQQSYWYSTCRLRVTRNGQEIFNQSTTDAQGVFSSVIDMPAGQGTLTLTFTVSSSGANNWTPTTSISDLLVVVMKKSTAGISIS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
分子量 formula_weight	20453.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j,z,f

MFKSTLAAMAAVFALSALSPAAMAAKGDPHVLLTTSAGNIELELDKQKAPVSVQNFVDYVNSGFYNNTTFHRVIPGFMIQGGGFTEQMQQKKPNPPIKNEADNGLRNTRGTIAMARTADKDSATSQFFINVADNAFLDHGQRDFGYAVFGKVVKGMDVADKISQVPTHDVGPYQNVPSKPVVILSAKVLP

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O157:H7 str. EDL933
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	155864
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.49 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	861098

fit	/app/data/saxs_computation/wc/9wca/9wca.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wc/9wca/9wca.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wc/9wca/9wca.dat

Closed state of A8 gpJ 713 central tail fiber

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)