9wsm

Cryo-EM structure of Sigma28-RNAP open promoter complex from Pseudomonas aeruginosa

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 2	DNA (54-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 RNA polymerase sigma factor FliA × 1 （P29248） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （O52760） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q51561） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9HWC9） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88

RNA polymerase sigma factor FliA

Pseudomonas aeruginosa

UniProt P29248

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 2	DNA (54-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9HTM1） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （O52760） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q51561） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9HWC9） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLIA_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 6–252； UniProt 1–247

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

UniProt O52760

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 2	DNA (54-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9HTM1） RNA polymerase sigma factor FliA × 1 （P29248） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q51561） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9HWC9） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333 作者链 B； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt Q51561

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 2	DNA (54-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9HTM1） RNA polymerase sigma factor FliA × 1 （P29248） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （O52760） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9HWC9） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1357； UniProt 1–1357

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt Q9HWC9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 2	DNA (54-MER) × 1 DNA (50-MER) × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q9HTM1） RNA polymerase sigma factor FliA × 1 （P29248） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （O52760） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q51561） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1399； UniProt 1–1399

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9wsm
沉积日期 deposition_date	2025-09-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of Sigma28-RNAP open promoter complex from Pseudomonas aeruginosa
关键词 keywords	P. aeruginosa, Sigma 28, RNAP, Flagella, fliC, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9wsm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9wsm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9wsm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.99 Å
Rg（电子密度）	49.03 Å
总 Rg	49.34 Å
原子数	28673
残基数	3516
排除体积	503710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9wsm__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (54-MER)
分子量 formula_weight	16560.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	28673

TTCTCTAAAGCTCCGCCGGGAAACGCCGATAAACACCATGAACGCGAATTCTTG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (50-MER)
分子量 formula_weight	16622.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2

CAAGAATTCGCGTTCAACCACATTATCGGCGTTTCCCGGCGGAGCTTTAGAGAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	9783.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MARVTVEDCLDNVDNRFELVMLATKRARQLATGGKEPKVAWENDKPTVVALREIASGLVDENVVQQEDIVEDEPLFAAFDDEANTEAL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor FliA
分子量 formula_weight	28240.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GPLHMMTAASGVRMYSKAQAQNSQEQLIQRYAPLVKRIAYHLLGRLPASVQVEDLMQAGMIGLLEAAKKYDAGKGASFETYAGIRIRGAMLDEVRKGDWAPRSVHRNTRMVTDAIRAIEARTGRDAKDHEVAAELQLSLEDYYGILSDTQGSRLYSFDDLLQDGEHGLPEDTSLSHNEPIHGLLDERFQAALADAIAKLPERERLVLALYYDEELNLKEIGEVLGVSESRVSQLHSQCAARLRARLADWRSAGS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	36694.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MQSSVNEFLTPRHIDVQVVSQTRAKITLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVVEAEIDGVLHEYSAIEGVQEDVIEILLNLKGLAIKLHGRDEVTLTLAKKGSGVVTAADIQLDHDVEIINGDHVIANLADNGALNMKLKVARGRGYEPADARQSDEDESRSIGRLQLDASFSPVRRVSYVVENARVEQRTNLDKLVLDLETNGTLDPEEAIRRAATILQQQLAAFVDLKGDSEPVVEEQEDEIDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAENIYYIGDLIQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLDNWPPASLKKDDKATA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	151037.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAYSYTEKKRIRKDFSKLPDVMDVPYLLAIQLDSYREFLQAGATKEQFRDVGLHAAFKSVFPIISYSGNAALEYVGYRLGEPAFDVKECVLRGVTFAVPLRVKVRLIIFDRESSNKAIKDIKEQEVYMGEIPLMTENGTFIINGTERVIVSQLHRSPGVFFDHDRGKTHSSGKLLYSARIIPYRGSWLDFEFDPKDCVFVRIDRRRKLPASVLLRALGYSTEEILNAFYATNVFHIKGETLNLELVPQRLRGEVASIDIKDGSGKVIVEQGRRITARHINQLEKAGVSQLEVPFDYLIGRTIAKAIVHPATGEIIAECNTELTLDLLAKVAKAQVVRIETLYTNDIDCGPFISDTLKIDNTSNQLEALVEIYRMMRPGEPPTKEAAETLFGNLFFSAERYDLSAVGRMKFNRRIGRTEIEGPGVLSKEDIIDVLKTLVDIRNGKGIVDDIDHLGNRRVRCVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLSMAESEGLMPQDLINAKPVAAAIKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRVSALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCPIETPEGPNIGLINSLATYARTNKYGFLESPYRVVKDSLVTDEIVFLSAIEEADHVIAQASATLNEKGQLVDELVAVRHLNEFTVKAPEDVTLMDVSPKQVVSVAASLIPFLEHDDANRALMGSNMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERNVARDSGVCVVARRGGVIDSVDASRVVVRVADDEVETGEAGVDIYNLTKYTRSNQNTCINQRPLVSKGDVVARGDILADGPSTDMGELALGQNMRVAFMPWNGFNFEDSICLSERVVQEDRFTTIHIQELTCVARDTKLGPEEITADIPNVGEAALNKLDEAGIVYVGAEVQAGDILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDTSLRVPTGTKGTVIDVQVFTRDGVERDSRALSIEKMQLDQIRKDLNEEFRIVEGATFERLRAALVGAKAEGGPALKKGTEITDDYLDGLERGQWFKLRMADDALNEQLEKAQAYISDRRQLLDDKFEDKKRKLQQGDDLAPGVLKIVKVYLAIKRRIQPGDKMAGRHGNKGVVSVIMPVEDMPHDANGTPVDIVLNPLGVPSRMNVGQILETHLGLAAKGLGEKINRMLEEQRKVAELRKFLHEIYNEIGGREENLDELGDNEILALAKNLRGGVPMATPVFDGAKEREIKAMLKLADLPESGQMRLFDGRTGNQFERPTTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGDHRMEAGMPESFNVLIKEIRSLGIDIELETE

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	154595.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKDLLNLLKNQGQIEEFDAIRIGLASPEMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCAKIFGPVKDYECLCGKYKRLKHRGVICEKCGVEVALAKVRRERMGHIELASPVAHIWFLKSLPSRIGLLLDMTLRDIERVLYFESYVVIDPGMTTLEKGQLLNDEQYFEALEEFGDDFDARMGAEAVHELLNAIDLEHEIGRLREEIPQTNSETKIKKLSKRLKLMEAFQGSGNKPEWMVLTVLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSNKRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPTLRLHQCGLPKKMALELFKPFIFGKLEGRGMATTIKAAKKMVERELPEVWDVLAEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEARALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVMGLYYMTREAINAKGEGMAFADLQEVDRAYRSGQASLHARVKVRINEKIKGEDGQLTANTRIVDTTVGRALLFQVVPAGLPFDVVNQSMKKKAISKLINHCYRVVGLKDTVIFADQLMYTGFAYSTISGVSIGVNDFVIPDEKARIINAATDEVKEIESQYASGLVTQGEKYNKVIDLWSKANDEVSKAMMANLSKEKVVDREGKEVDQESFNSMYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRLVDVAQDLVVTEIDCGTEHGLLMSPHIEGGDVVEPLGERVLGRVIARDVFKPGSDEVIVPAGTLIDEKWVDFLEVMSVDEVVVRSPITCETRHGICAMCYGRDLARGHRVNIGEAVGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRTSAADNVQVKNGGTIRLHNLKHVVRADGALVAVSRSGELAVADDFGRERERYKLPYGAVISVKEGDKVDPGAIVAKWDPHTHPIVTEVDGTVAFVGMEEGITVKRQTDELTGLTNIEVMDPKDRPAAGKDIRPAVKLIDAAGKDLLLPGTDVPAQYFLPANALVNLTDGAKVSIGDVVARIPQETSKTRDITGGLPRVADLFEARRPKEPSILAEISGTISFGKETKGKRRLVITPNDGSDPYEELIPKWRHLNVFEGEQVNRGEVISDGPSNPHDILRLLGVSSLAKYIVNEIQDVYRLQGVKINDKHIETILRQMLRKVEVSESGDSSFIKGDQVELTQVLEENEQLGTEDKFPAKYERVLLGITKASLSTESFISAASFQETTRVLTEAAVTGKRDFLRGLKENVVVGRLIPAGTGLAYHSERKRQRDLGKPQRVSASEAEAALTEALNSSGN

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36636

Cryo-EM structure of Sigma28-RNAP open promoter complex from Pseudomonas aeruginosa

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor FliA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9wsm__assembly_1__model_1

9wsm__assembly_1__model_1 | I(q)

9wsm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)