SAXSdb — 9wtk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mono-ethylhexylphthalate hydrolase

Rhodococcus sp. EG-5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–303	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PHT PHTHALIC ACID × 1 1BO 1-BUTANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
10	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–303	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PHT PHTHALIC ACID × 1 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–303	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 PHT PHTHALIC ACID × 1 1BO 1-BUTANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–303	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PHT PHTHALIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–303	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PHT PHTHALIC ACID × 1 1BO 1-BUTANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–303	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PHT PHTHALIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–303	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 PHT PHTHALIC ACID × 1 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–303	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PHT PHTHALIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–303	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PHT PHTHALIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–303	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PHT PHTHALIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9WTK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
26QV Crystal structure of monoalkyl phthalate hydrolase from Rhodococcus sp. EG-5 提交 2026-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–303（303 aa）链 B 1–303（303 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
26QV Crystal structure of monoalkyl phthalate hydrolase from Rhodococcus sp. EG-5 提交 2026-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–303（303 aa）链 D 1–303（303 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
26QV Crystal structure of monoalkyl phthalate hydrolase from Rhodococcus sp. EG-5 提交 2026-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–303（303 aa）链 H 1–303（303 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
26QV Crystal structure of monoalkyl phthalate hydrolase from Rhodococcus sp. EG-5 提交 2026-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–303（303 aa）链 G 1–303（303 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
26QV Crystal structure of monoalkyl phthalate hydrolase from Rhodococcus sp. EG-5 提交 2026-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–303（303 aa）链 J 1–303（303 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.294

共 1 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0U5ADH4_9NOCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 B； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 C； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 D； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 E； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 F； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 G； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 H； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 I； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 J； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9wtk
沉积日期 deposition_date	2025-09-16
最后修订 last_revision	2026-05-27
结构标题 title	Crystal structure of monoalkyl phthalate hydrolase in complex with MBP from Rhodococcus sp. EG-5
关键词 keywords	Mono-butyl phthalate, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	69.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.65 Å
零角强度 I(0) i0	1442650000.00
分子量 molecular_weight	325130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	409150 Å³
包络体积 envelope_volume	608010 Å³
水化壳体积 shell_volume	79478 Å³
包络直径 envelope_diameter	251.3 Å
壳层 Rg shell_rg	60.67 Å
包络 Rg envelope_rg	68.16 Å
形状 Rg shape_rg	69.65 Å
总 Rg total_rg	69.45 Å
总原子数 total_atoms	22922
残基数 n_residues	2905
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	225.9 Å
Rg (实空间) rg_real	69.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4420e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	66.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1435000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7981
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.572
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.328
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0009
最高正则化参数 α highest_alpha	39050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.818; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.732; Smooth: 0.188

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mono-ethylhexylphthalate hydrolase
分子量 formula_weight	33066.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	22926

MNTDLSVNYISVGGIRTRYIDQGEGPVILLIHGGHSGMSMPVGGDGWAPVIAPLVDKGFRVVTFDKLGQGETDLAPTHAEWTFDAVVKHARGFIDALGLEDMILVGHSRGGLLASKLALDMPESTKGLFIVSSATLAGTDAKFRDVEFYDAITRSLPADASPEEICGAYFRALYVTPVPQEQINAAAAKYVKENHQNALKTYPMVEKKYWEPSLQAAKDDIRARLFAGEVNIPVEVVWGRDDRSAPVDLGIAFYQKLALVSETTSLHILGTAGHNVFAERTEDFVRILADYAGRRSASYATRR

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus sp. EG-5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1747801
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	44

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	61

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHTHALIC ACID
分子量 formula_weight	166.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1-BUTANOL
分子量 formula_weight	74.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	176.313 Å
晶胞边长 b length_b	244.890 Å
晶胞边长 c length_c	192.097 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	80

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	24.290 Å
R 因子 r_factor	0.2584
R_work r_work	0.2569
R_free r_free	0.2864

fit	/app/data/saxs_computation/wt/9wtk/9wtk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wt/9wtk/9wtk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wt/9wtk/9wtk.dat

Crystal structure of monoalkyl phthalate hydrolase in complex with MBP from Rhodococcus sp. EG-5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mono-ethylhexylphthalate hydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction