9x25

Target analog-bound type III-B Cmr complex of Archaeoglobus fulgidus

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GGDEF domain-containing protein

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 1 RNA 1	crRNA × 1 Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3 × 1 （O28413） CRISPR type III-associated protein domain-containing protein × 3 （O28416） CRISPR system Cmr subunit Cmr5 × 2 （O28417） CRISPR type III-associated protein domain-containing protein × 1 （O28418） Target analog DNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O28412_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 21–1024； UniProt 1–1004

Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304

UniProt O28413

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 1 RNA 1	crRNA × 1 GGDEF domain-containing protein × 1 （O28412） CRISPR type III-associated protein domain-containing protein × 3 （O28416） CRISPR system Cmr subunit Cmr5 × 2 （O28417） CRISPR type III-associated protein domain-containing protein × 1 （O28418） Target analog DNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O28413_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341

CRISPR type III-associated protein domain-containing protein

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304

UniProt O28416

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 1 RNA 1	crRNA × 1 GGDEF domain-containing protein × 1 （O28412） Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3 × 1 （O28413） CRISPR system Cmr subunit Cmr5 × 2 （O28417） CRISPR type III-associated protein domain-containing protein × 1 （O28418） Target analog DNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O28416_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355 作者链 E； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355 作者链 F； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355

CRISPR system Cmr subunit Cmr5

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304

UniProt O28417

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 1 RNA 1	crRNA × 1 GGDEF domain-containing protein × 1 （O28412） Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3 × 1 （O28413） CRISPR type III-associated protein domain-containing protein × 3 （O28416） CRISPR type III-associated protein domain-containing protein × 1 （O28418） Target analog DNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CMR5_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 H； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

CRISPR type III-associated protein domain-containing protein

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304

UniProt O28418

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 8 DNA 1 RNA 1	crRNA × 1 GGDEF domain-containing protein × 1 （O28412） Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3 × 1 （O28413） CRISPR type III-associated protein domain-containing protein × 3 （O28416） CRISPR system Cmr subunit Cmr5 × 2 （O28417） Target analog DNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O28418_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–343； UniProt 1–343

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9x25
沉积日期 deposition_date	2025-10-03
最后修订 last_revision	2025-12-10
结构标题 title	Target analog-bound type III-B Cmr complex of Archaeoglobus fulgidus
关键词 keywords	Type III-B CRISPR-Cas effector, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9x25__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9x25__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9x25__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.49 Å
Rg（电子密度）	48.69 Å
总 Rg	48.70 Å
原子数	21810
残基数	2992
排除体积	383060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9x25__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	crRNA
分子量 formula_weight	12604.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	21810

AUUGAAAGUUGUAGUAUGCGGUCCUUGCGGCUGAGAGCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GGDEF domain-containing protein
分子量 formula_weight	117383.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGQYFRVSGKYRGRENLPREVNKMADNEFWLNKIRAFFHDPPDKSFELKTHERRASFILGELKPSKSLKRIIKNADIQASSLQRVDLEKSIHKKELKSTFDRIHNTEKYEYIGQPIIRHPVTGEIKEYGTILANLPQTQREVYDVDDEGKEDYEEQFQEILSRILKIEKKVFDDFKNRYSDPKDLYISLWAFYAEKLKEALEEEFSASFAEEFVNLPAYTLSPDHTLFDHADATSAIFGAEIDGKKPVLVLFKISPVQKFIADARKEKDLWAASHMLSTLTFKAISFIADKFGPDVVIYPHLRGNPFFHAWLHSKKIWEFSDSHSLKIASVPNKFLALVGVSDEKELNNLREGIRNEIESFLADLFDKLWNEVIVGALEHSDALKHLGDKKEIHKEILLKRFTLTLSSLKIHDVDVSGSKEEAYEKVKDFVRSLGLPNAIESKYLQWLDMLGSVEASNNRPTKYDLYSLYYEILTVLNAIESTHFDKPAEPAGYKCTLCGEHLAIGGESREMMENVWGKIHKRWPSHLRSNERLCAVCAVKRFYPKFIETLDIFEGVGKVVPDIESVSEVAMCRRTKHGITWKEVYDYLRGLKNVDDEKLLGKLENLKHSVQTLINNVKSELKSRKVYPEEFLEGLNRNFSNEILYSERLRDFNTLLDTLGFDAAKLGLDDVKNYETMISELRERLSEVYKMLGEPPKYYAILMMDGDEMGKLLSGEKLKTAEHYLHSAILERVSDALRVKAKTVRRLITPAAHSSISRALKNFSVNHVPDVVRKGNGTLIYSGGDDVLVLLPVDTAFDVATELAMTFSTSWNGWEMLPGNKLSAGLLIVHYKHPLYDALEKTRELLQKAKKLGRNAIAVGLLKRSGSYYESVVNFETLEDAKAVANLLVKEQVSPRIIYELLNFADVISKEFLHQLVKYEAVRHSIDKNLAEEFQSVFARGHQGVRVELEGNDEEINKYISDGANLETFLDKYEKAVDVIRKQVRGFLNLVKILYESIRGGAK

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3
分子量 formula_weight	39043.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MILVMKPYDSLLFREPRPFDVNNHVARTILPLPQTLAGAVRSAIYVKYGSKVKDLIGFGKEEPEFEILGHFFYRYDGKFELLVESPHDVTQNLGLVKPHRIDKLGITILMDSEGIKFRPFNGFLKFSGLIDYLQGRIAEDSVVERQKIFKKERRVGIALTKAKVTKEEHFYQVEMLRFSDDCGIAVWVEDGVDFDDEGILGVGGERRFVKFEKREEPECITNLRSKWKKIRDKINETGRLKIYLATPAILGAKGYSSKLDYDLLGDIGIERVRSVNFIGGKPVIFSGWDFVTRKPKPTRYAVPAGSVYFVEFEGEVKLDMPYLKLGKLTKLGYGLCFMGVW

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR type III-associated protein domain-containing protein
分子量 formula_weight	39677.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MFDMFEKAVVFGLYSITPVHAGSGAELSVIDLPIQRERHTGFPVIWGQSLKGVLRSRFRQLELDEKIEVESQKWKWKEKTKEVLKEKADEFIKKVEERKRDPLLTEIVFGPATDGASEHAGAVSVGDAKILLFPVRSAKGVFAFVTSPIVIQRLKEDFELVSEIENDIELKQILSRFKVELSNNETIAGNALILNGENKVILEDIVLKVKSDSNVIENLVEVLKTLFGDNFFGKPIESIKERIAIVSDDVFKSFTRFSTEIVARVRIDAEKGTVARGGLWYEEFLPSDTLMYSLIAVGSPKKENLPKEVDNTQKIVNVLKVTFNNAFLQIGGDETVGKGFVKVRAGVLTGGHKGN

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	CRISPR system Cmr subunit Cmr5
分子量 formula_weight	17407.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MDIREIEQERASFAFKVVSDIKDKYSQNKKVQGKYSSYAEKAPTIILNNGLGATLAFFLSKLEKPIDDVDYKSINPESFGNAENIAYAFLYKHLSTWLAEGNGKDSAFSGLTNGEDPLKYIMEKTAIDVAISTEEALSILNWIKKFAKAMLEEEL

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	CRISPR type III-associated protein domain-containing protein
分子量 formula_weight	40298.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MKSNVVVKYPVNSELANYAEKFWKKELAIYNLSLILNKMTPFVKRRSESYKSSLSAVKEIFKNVDDFQNFLNSVLRRSLDEYRVFFENYERLFNSFSSKIFSMRTKSRLVVGLGDESVYETSIRLHRNYGVPYIPGSALKGVAKHYAFSILARENGDEILRIYESVKEDLKARIAKRDKIKKNDVPEDYYLTAAVIQELFEKKFDELGAIRNTRVEIGDTVISVGDIVKIFGTQKEEGSVIFFDAFPTPEQLKDKPNLELDIMNPHYQPYYQHGEPPGDWHSPNPIFFLTVPAGVEFTFAVASRDLDDLAEKAEKLLKEALKKFGVGAKTSLGYGRFDARDDRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224325
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Target analog DNA
分子量 formula_weight	9451.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

TGCTCTCAGCCGCAAGGACCGCATACTACAA

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	81835

Target analog-bound type III-B Cmr complex of Archaeoglobus fulgidus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GGDEF domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR type III-associated protein domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR system Cmr subunit Cmr5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR type III-associated protein domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9x25__assembly_1__model_1

9x25__assembly_1__model_1 | I(q)

9x25__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)