SAXSdb — 9x51

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aminotransferase-like protein FGM3

Fusarium graminearum PH-1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–402 链 B； UniProt 1–402	未记录	GOL GLYCEROL × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 WYK (2S,4S)-4-hydroxy-L-arginine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；7.5% w/v PEG 20000/7.5% v/v PEG 550 MME, 0.1 M Tris, 0.08 M Sodium formate, pH 7.5	分辨率 1.48 Å R-free 0.174

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9X51	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9X4U Crystal structure of Fgm3 in complex with PLP 提交 2025-10-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–402（402 aa）链 B 1–402（402 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.03M Sodium fluoride, 0.03M Sodium bromide, 0.03M Sodium iodide, 0.1 M Sodium HEPES, 0.1 M MOPS (acid), 20% v/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 20000, pH 7.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.203
9X4U Crystal structure of Fgm3 in complex with PLP 提交 2025-10-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–402（402 aa）链 D 1–402（402 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.03M Sodium fluoride, 0.03M Sodium bromide, 0.03M Sodium iodide, 0.1 M Sodium HEPES, 0.1 M MOPS (acid), 20% v/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 20000, pH 7.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.203
9X4V Crystal structure of Fgm3 in complex with PLP and L-Arg 提交 2025-10-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–402（402 aa）链 B 1–402（402 aa）	未记录	EQJ (E)-N~2~-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-arginine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M PCTP and 25% w/v PEG 1500, pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.182
9X4W Crystal structure of Fgm3 in complex with PLP and L-Arg 提交 2025-10-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–402（402 aa）链 B 1–402（402 aa）	未记录	EQJ (E)-N~2~-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-arginine × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M SPG and 25% w/v PEG 1500, pH 9.0	分辨率 1.86 Å R-free 0.204
9X50 Crystal structure of Fgm3 in complex with PLP and L-Ala 提交 2025-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–402（402 aa）链 B 1–402（402 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 0JO 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M MES, 6.25 % w/v PEG 2000, 6.25 % w/v PEG 3350, 6.25 % w/v PEG 4000, 6.25 % w/v PEG 5000 MME, pH 6.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.187
9X5B Crystal structure of Fgm3 in complex with PLP and L-Arg 提交 2025-10-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–402（402 aa）链 B 1–402（402 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ARG ARGININE × 2 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium HEPES, 25% w/v PEG 3350, pH 7.5	分辨率 2.18 Å R-free 0.229

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FGM3_GIBZE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–398； UniProt 1–402 作者链 B； PDB构建体 1–398； UniProt 1–402

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9x51
沉积日期 deposition_date	2025-10-14
最后修订 last_revision	2026-05-20
结构标题 title	Crystal structure of Fgm3 in complex with PLP and 4(S)-OH-L-Arg
关键词 keywords	PLP, Retro-aldol-like, Cbeta-Cgamma Bond Cleavage, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.24 Å
零角强度 I(0) i0	120250000.00
分子量 molecular_weight	88218.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110960 Å³
包络体积 envelope_volume	125950 Å³
水化壳体积 shell_volume	37696 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.9 Å
壳层 Rg shell_rg	35.65 Å
包络 Rg envelope_rg	27.55 Å
形状 Rg shape_rg	27.22 Å
总 Rg total_rg	28.10 Å
总原子数 total_atoms	6232
残基数 n_residues	796
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	120300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7884
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.345
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.309
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	75320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aminotransferase-like protein FGM3
分子量 formula_weight	44835.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7185

MSSSSFSIENVRSQFPALEKRQIFGDNAGGSQVLGTVAKSITEYLIETNVQLGASYKTSTQSTAIFDNAYKAAAKYINAGIDEIVIGASTTQVFRNLAAALKLQPGDELILTNVDHESNIDPWLHYAALNNATIKWWTPSDLNNPKLDPEQLRSLLTNKTRLVACTHCSNILGTINNIKAIADVVHEIPGALLAVDGVAYAPHRAIDVKELGADFYAFSWYKVYGPHISLLYGSKAAQAQLSSLGHFFNPDGSLMDKLELAAASYELTQAIIPLTAYFGENPKQTWDAIAEHEQKLQTRLIEYLVSKPQITVYGETSTDKAVRVPTVSFTVEGMSSQSVVEAVEAVSHAGIRWGHFFSKRLVGSILGLSDDGVVRVSLVHYNTVEEVDQIIVALEMVLLEHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Fusarium graminearum PH-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	229533
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(2S,4S)-4-hydroxy-L-arginine
分子量 formula_weight	190.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	939

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.310 Å
晶胞边长 b length_b	97.400 Å
晶胞边长 c length_c	69.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.480 Å
最低分辨率 resolution_low	59.090 Å
R 因子 r_factor	0.1567
R_work r_work	0.1558
R_free r_free	0.1742

fit	/app/data/saxs_computation/x5/9x51/9x51.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x5/9x51/9x51.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x5/9x51/9x51.dat

Crystal structure of Fgm3 in complex with PLP and 4(S)-OH-L-Arg

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aminotransferase-like protein FGM3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction