SAXSdb — 9x6d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycobilisome rod-core linker polypeptide

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	C-phycocyanin alpha subunit × 12 （P13530） C-phycocyanin beta subunit × 12 （P06539） Phycobilisome rod linker polypeptide × 1 （Q31PE0） Phycobilisome rod linker polypeptide × 1 （Q31PD9） PHYCOCYANOBILIN × 34	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q31LK9_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250

C-phycocyanin alpha subunit

物种未注明

UniProt P13530

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	Phycobilisome rod-core linker polypeptide × 1 （Q31LK9） C-phycocyanin beta subunit × 12 （P06539） Phycobilisome rod linker polypeptide × 1 （Q31PE0） Phycobilisome rod linker polypeptide × 1 （Q31PD9） PHYCOCYANOBILIN × 34	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHCA_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 F； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 G； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 H； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 I； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 K； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 N； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 R； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 S； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 T； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 U； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 W； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

C-phycocyanin beta subunit

物种未注明

UniProt P06539

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	Phycobilisome rod-core linker polypeptide × 1 （Q31LK9） C-phycocyanin alpha subunit × 12 （P13530） Phycobilisome rod linker polypeptide × 1 （Q31PE0） Phycobilisome rod linker polypeptide × 1 （Q31PD9） PHYCOCYANOBILIN × 34	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHCB_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 D； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 E； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 J； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 L； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 M； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 O； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 P； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 Q； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 V； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 X； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 a； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173

Phycobilisome rod linker polypeptide

物种未注明

UniProt Q31PE0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	Phycobilisome rod-core linker polypeptide × 1 （Q31LK9） C-phycocyanin alpha subunit × 12 （P13530） C-phycocyanin beta subunit × 12 （P06539） Phycobilisome rod linker polypeptide × 1 （Q31PD9） PHYCOCYANOBILIN × 34	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q31PE0_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–273； UniProt 1–273

Phycobilisome rod linker polypeptide

物种未注明

UniProt Q31PD9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 27	Phycobilisome rod-core linker polypeptide × 1 （Q31LK9） C-phycocyanin alpha subunit × 12 （P13530） C-phycocyanin beta subunit × 12 （P06539） Phycobilisome rod linker polypeptide × 1 （Q31PE0） PHYCOCYANOBILIN × 34	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q31PD9_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9x6d
沉积日期 deposition_date	2025-10-15
最后修订 last_revision	2026-04-01
结构标题 title	The cryo-EM structure of phycobilisome rod from Synechococcus elongatus PCC 7942
关键词 keywords	phycobilisome PBS, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9x6d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9x6d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9x6d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.14 Å
Rg（电子密度）	47.27 Å
总 Rg	47.57 Å
原子数	35641
残基数	4557
排除体积	632420 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9x6d__assembly_1__model_1`	27-meric （27）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phycobilisome rod-core linker polypeptide
分子量 formula_weight	28372.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	35641

MALPLLNYAPTTQNSRVAGFEVPGDEQPKQYNTEDQYSPVQFDEVIQAAYRQIFFHAFKCDRQTVLESQLRNGQITVRDFIRGLLLSATFRSSFYDKNSNYRFVEQVVQRVLGRDVYGEREKIAWSLAVATQGYEGFIDTLLNSDEYLSNFGYDKVPYQRRRVLPGRALGETPFNIKSPRYDSYYRTILGFPKAVFAGGPGKRFPAQYLSAKAGDPGAYLALARSIGARGQALSASADIDYLSKVPYRKR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-phycocyanin alpha subunit
分子量 formula_weight	17303.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,G,H,I,K,N,R,S,T,U,W

MSKTPLTEAVAAADSQGRFLSSTELQVAFGRFRQAASGLAAAKALANNADSLVNGAANAVYSKFPYTTSTPGNNFASTPEGKAKCARDIGYYLRIVTYALVAGGTGPIDEYLLAGLDEINKTFDLAPSWYVEALKYIKANHGLSGDSRDEANSYIDYLINALS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	C-phycocyanin beta subunit
分子量 formula_weight	18287.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,J,L,M,O,P,Q,V,X,a

MTFDAFTKVVAQADARGEFLSDAQLDALSRLVAEGNKRIDTVNRITGNASSIVANAARALFAEQPSLIAPGGNAYTNRRMAACLRDMEIILRYVTYAVFTGDASILDDRCLNGLRETYLALGVPGASVAEGVRKMKDAAVAIVSDRNGITQGDCSAIISELGSYFDKAAAAVA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Phycobilisome rod linker polypeptide
分子量 formula_weight	30392.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MTSLEAARRLGFSAYSESAPLEWRAGASSDEINAIIRAVYRQVLGNDYVMSTERLTSAESLLRGGEISVRDFVRAVALSELYREKFFHNNAHNRFIELNFKHLLGRAPYDQAEVAAHAATYHSHGYDADINSYIDSAEYTESFGDNVVPYFRGFATIRAQKTVGFNRIFQLYRGYATSDRSATSQRSRLDQEVARNAASPVLIGSTGSALVGTCGGSRDQLFRVQVQQQGVTARTSNRIRRSNATYFVSYEKLNATLQRVHAQGGRIVSITPA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phycobilisome rod linker polypeptide
分子量 formula_weight	31734.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MAITVASSRLGTAPFSNAAPVELRPDGDRDQVQAVIRAVYRQVLGNDYIMKSERLTAAESLLVNGSISVRDFVRAVAKSELYKTKFFYNNFQTRVIELHCKHLLGRAPYSEAEVIEHLDRYETQGYDADVDSYIDSSEYLETFGESIVPYYRDIEYHVGQQSVGLPRLFSLYRGYATSDRTSLGGNNSRLAANLAAKSVAPVVAPSVGTNYVASTKGEAPMRALGGSTPFGQTASRIFRVEIAAISKPGFPSVRRSNRSLLVPYEQLNNTLQQVNRSGGRVVSVAPASL

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	34

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.920 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.92 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	258722

The cryo-EM structure of phycobilisome rod from Synechococcus elongatus PCC 7942

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycobilisome rod-core linker polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-phycocyanin alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-phycocyanin beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phycobilisome rod linker polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phycobilisome rod linker polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9x6d__assembly_1__model_1

9x6d__assembly_1__model_1 | I(q)

9x6d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

The cryo-EM structure of phycobilisome rod from Synechococcus elongatus PCC 7942

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycobilisome rod-core linker polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-phycocyanin alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-phycocyanin beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome rod linker polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome rod linker polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9x6d__assembly_1__model_1

9x6d__assembly_1__model_1 | I(q)

9x6d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)