SAXSdb — 9xim

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-XYLOSE ISOMERASE

Actinoplanes missouriensis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–393 链 B； UniProt 1–393 链 C； UniProt 1–393 链 D； UniProt 1–393	未记录	XLS D-xylose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9XIM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BHW LOW TEMPERATURE MIDDLE RESOLUTION STRUCTURE OF XYLOSE ISOMERASE FROM MASC DATA 提交 1998-06-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	突变：H220N 突变：H220N 突变：H220N 突变：H220N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULPHATE	分辨率 4.10 Å R-free 0.321
1XIM ARGININE RESIDUES AS STABILIZING ELEMENTS IN PROTEINS 提交 1991-05-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	XYL Xylitol × 4 CO COBALT (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1XIN PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES 提交 1992-04-06	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	XYL Xylitol × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
2XIM ARGININE RESIDUES AS STABILIZING ELEMENTS IN PROTEINS 提交 1991-05-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	XYL Xylitol × 4 MG MAGNESIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
2XIN PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES 提交 1992-04-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	SOR sorbitol × 4 CO COBALT (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
3XIM ARGININE RESIDUES AS STABILIZING ELEMENTS IN PROTEINS 提交 1991-05-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	SOR sorbitol × 4 CO COBALT (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
3XIN PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES 提交 1992-04-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
4XIM PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES 提交 1992-03-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
5XIM PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES 提交 1992-03-30	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	SOR sorbitol × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
5XIN PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES 提交 1992-04-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	XLS D-xylose × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
6XIM PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES 提交 1992-04-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	XLS D-xylose × 4 MG MAGNESIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
7XIM PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES 提交 1992-04-03	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
8XIM PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES 提交 1992-04-01	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–393（393 aa）链 B 1–393（393 aa）链 C 1–393（393 aa）链 D 1–393（393 aa）	未记录	XLS D-xylose × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XYLA_ACTMI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–393； UniProt 1–393 作者链 B； PDB构建体 1–393； UniProt 1–393 作者链 C； PDB构建体 1–393； UniProt 1–393 作者链 D； PDB构建体 1–393； UniProt 1–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xim
沉积日期 deposition_date	1992-04-03
结构标题 title	PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES
关键词 keywords	ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE); ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.79 Å
零角强度 I(0) i0	463850000.00
分子量 molecular_weight	173110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	216070 Å³
包络体积 envelope_volume	250440 Å³
水化壳体积 shell_volume	60816 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.77 Å
包络 Rg envelope_rg	31.94 Å
形状 Rg shape_rg	31.78 Å
总 Rg total_rg	32.52 Å
总原子数 total_atoms	12236
残基数 n_residues	1567
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.9 Å
Rg (实空间) rg_real	32.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	463900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8898
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.448
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	592100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.926

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	D-XYLOSE ISOMERASE
分子量 formula_weight	43420.5 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13214

SVQATREDKFSFGLWTVGWQARDAFGDATRTALDPVEAVHKLAEIGAYGITFHDDDLVPFGSDAQTRDGIIAGFKKALDETGLIVPMVTTNLFTHPVFKDGGFTSNDRSVRRYAIRKVLRQMDLGAELGAKTLVLWGGREGAEYDSAKDVSAALDRYREALNLLAQYSEDRGYGLRFAIEPKPNQPRGDILLPTAGHAIAFVQELERPELFGINPETGHEQMSNLNFTQGIAQALWHKKLFHIDLNGQHGPKFDQDLVFGHGDLLNAFSLVDLLENGPDGAPAYDGPRHFDYKPSRTEDYDGVWESAKANIRMYLLLKERAKAFRADPEVQEALAASKVAELKTPTLNPGEGYAELLADRSAFEDYDADAVGAKGFGFVKLNQLAIEHLLGAR

来源 Source

来源生物 organism	Actinoplanes missouriensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1866

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	D-xylose
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	978

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d9xima_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family family	c.1.15.3 — Xylose isomerase

结构域编号 domain_id	d9ximb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family family	c.1.15.3 — Xylose isomerase

结构域编号 domain_id	d9ximc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family family	c.1.15.3 — Xylose isomerase

结构域编号 domain_id	d9ximd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family family	c.1.15.3 — Xylose isomerase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	9ximA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes

结构域编号 domain_id	9ximB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes

结构域编号 domain_id	9ximC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes

结构域编号 domain_id	9ximD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	143.450 Å
晶胞边长 b length_b	143.450 Å
晶胞边长 c length_c	231.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.1440
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/xi/9xim/9xim.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xi/9xim/9xim.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xi/9xim/9xim.dat

PROTEIN ENGINEERING OF XYLOSE (GLUCOSE) ISOMERASE FROM ACTINOPLANES MISSOURIENSIS. 1. CRYSTALLOGRAPHY AND SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF METAL BINDING SITES