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9xkt

Crystal structure of the complex of the GH16 carrageenase SfGH16 from Saccharicrinis fermentans with an oligotetrasaccharide of iota-carrageenan

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kappa-carrageenase

Saccharicrinis fermentans DSM 9555 = JCM 21142

UniProt W7YHV7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 21–284 未记录 ;3,6-anhydro-2-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-2-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.60, 20% v/v 2-Propanol 分辨率 1.44 Å R-free 0.175

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9XKT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9XL7 Crystal structure of the complex of the GH16 carrageenase SfGH16 from Saccharicrinis fermentans with an oligotetrasaccharide of kappa-carrageenan 提交 2025-11-07 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–284（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.70 Å R-free 0.204
9XLC Crystal structure of the GH16 carrageenase SfGH16 from Saccharicrinis fermentans 提交 2025-11-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–284（264 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；0.1M Bis-Tris pH5.5, 25%PEG3350, 0.2M ammonium acetate
分辨率 2.00 Å R-free 0.241

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 W7YHV7_9BACT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 21–284； UniProt 21–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9xkt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9xkt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9xkt
沉积日期 deposition_date2025-11-06
最后修订 last_revision2026-03-04
结构标题 titleCrystal structure of the complex of the GH16 carrageenase SfGH16 from Saccharicrinis fermentans with an oligotetrasaccharide of iota-carrageenan
关键词 keywordsglycoside hydrolase, GH16 family, carrageenase, complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.70 Å
零角强度 I(0) i017014500.00
分子量 molecular_weight30824.0 kDa
排除体积 excluded_volume38319 ų
包络体积 envelope_volume42140 ų
水化壳体积 shell_volume19444 ų
包络直径 envelope_diameter61.6 Å
壳层 Rg shell_rg24.53 Å
包络 Rg envelope_rg18.10 Å
形状 Rg shape_rg17.68 Å
总 Rg total_rg18.70 Å
总原子数 total_atoms2176
残基数 n_residues261
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.6 Å
Rg (实空间) rg_real18.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17010000.0000
解质量估计 total_estimate0.8834
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1 Å
偏度 Skewness skewness0.163
峰度 Kurtosis kurtosis-0.362
角度范围 angular_range— – 0.4250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6963000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.970
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)