9xqs

Structure of the inner peripheral region in the phage phiKZ baseplate complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHIKZ087

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 84	PHIKZ128 × 6 （Q8SD34） PHIKZ161 × 12 （Q8SD01） PHIKZ088 × 6 （Q8SD74） PHIKZ182 × 6 （Q8SCY0） PHIKZ049 × 24 （Q8SDB3） PHIKZ029 × 12 （Q8SDD3） PHIKZ062 × 6 （Q8SDA0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SD75_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–971； UniProt 1–971 作者链 B； PDB构建体 1–971； UniProt 1–971 作者链 U； PDB构建体 1–971； UniProt 1–971 作者链 V； PDB构建体 1–971； UniProt 1–971

PHIKZ128

物种未注明

UniProt Q8SD34

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 84	PHIKZ087 × 12 （Q8SD75） PHIKZ161 × 12 （Q8SD01） PHIKZ088 × 6 （Q8SD74） PHIKZ182 × 6 （Q8SCY0） PHIKZ049 × 24 （Q8SDB3） PHIKZ029 × 12 （Q8SDD3） PHIKZ062 × 6 （Q8SDA0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q8SD34_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–724； UniProt 1–724 作者链 D； PDB构建体 1–724； UniProt 1–724

PHIKZ161

物种未注明

UniProt Q8SD01

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 84	PHIKZ087 × 12 （Q8SD75） PHIKZ128 × 6 （Q8SD34） PHIKZ088 × 6 （Q8SD74） PHIKZ182 × 6 （Q8SCY0） PHIKZ049 × 24 （Q8SDB3） PHIKZ029 × 12 （Q8SDD3） PHIKZ062 × 6 （Q8SDA0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q8SD01_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203 作者链 F； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203 作者链 G； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203 作者链 H； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203

PHIKZ088

物种未注明

UniProt Q8SD74

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 84	PHIKZ087 × 12 （Q8SD75） PHIKZ128 × 6 （Q8SD34） PHIKZ161 × 12 （Q8SD01） PHIKZ182 × 6 （Q8SCY0） PHIKZ049 × 24 （Q8SDB3） PHIKZ029 × 12 （Q8SDD3） PHIKZ062 × 6 （Q8SDA0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q8SD74_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–349； UniProt 1–349 作者链 J； PDB构建体 1–349； UniProt 1–349

PHIKZ182

物种未注明

UniProt Q8SCY0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 84	PHIKZ087 × 12 （Q8SD75） PHIKZ128 × 6 （Q8SD34） PHIKZ161 × 12 （Q8SD01） PHIKZ088 × 6 （Q8SD74） PHIKZ049 × 24 （Q8SDB3） PHIKZ029 × 12 （Q8SDD3） PHIKZ062 × 6 （Q8SDA0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q8SCY0_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–664； UniProt 1–664 作者链 L； PDB构建体 1–664； UniProt 1–664

PHIKZ049

物种未注明

UniProt Q8SDB3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 84	PHIKZ087 × 12 （Q8SD75） PHIKZ128 × 6 （Q8SD34） PHIKZ161 × 12 （Q8SD01） PHIKZ088 × 6 （Q8SD74） PHIKZ182 × 6 （Q8SCY0） PHIKZ029 × 12 （Q8SDD3） PHIKZ062 × 6 （Q8SDA0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SDB3_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 N； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 O； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 P； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 Q； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 R； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 S； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 T； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138

PHIKZ029

物种未注明

UniProt Q8SDD3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 84	PHIKZ087 × 12 （Q8SD75） PHIKZ128 × 6 （Q8SD34） PHIKZ161 × 12 （Q8SD01） PHIKZ088 × 6 （Q8SD74） PHIKZ182 × 6 （Q8SCY0） PHIKZ049 × 24 （Q8SDB3） PHIKZ062 × 6 （Q8SDA0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SDD3_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 1–695； UniProt 1–695 作者链 X； PDB构建体 1–695； UniProt 1–695 作者链 Y； PDB构建体 1–695； UniProt 1–695 作者链 Z； PDB构建体 1–695； UniProt 1–695

PHIKZ062

物种未注明

UniProt Q8SDA0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 84	PHIKZ087 × 12 （Q8SD75） PHIKZ128 × 6 （Q8SD34） PHIKZ161 × 12 （Q8SD01） PHIKZ088 × 6 （Q8SD74） PHIKZ182 × 6 （Q8SCY0） PHIKZ049 × 24 （Q8SDB3） PHIKZ029 × 12 （Q8SDD3）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8SDA0_BPDPK
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 b； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xqs
沉积日期 deposition_date	2025-11-18
结构标题 title	Structure of the inner peripheral region in the phage phiKZ baseplate complex
关键词 keywords	baseplate, inner peripheral, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9xqs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9xqs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9xqs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	114.00 Å
总 Rg	114.10 Å
原子数	275076
残基数	34494
排除体积	4895500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9xqs__assembly_1__model_1`	84-meric （84）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHIKZ087
分子量 formula_weight	110486.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,U,V
原子数 atom_count	91692

MASEFKNQLLNLRRNPVLMQSLMLSELDKQLNGETGERYDIPDSANPFVSLMEMGVIGVSAAFTEMEALSRRLYPRLAITSDELYLHMSDEDYIGRFAIPAQNYFNFILDYDEVIKYAVPYGDQGQRKLVIPRLTKFTGAGISYTMQYPLELRVMRHGGVVAEYNTDSLSPIETLSTNIAQMTMINDGRGHRLMNLIIPVKQFDITRYQETLNPSNLFEKEYVFSDQFYYARAYIKRTVDAQEWEEVITTHTDQVYDPLNLTVVLKVINNRLQVSIPAIYNTTGLATGVIRIDIYSTRGKIEIDYGSYQPDQFTYSLNDIDDDPKYTEPLKKLARISALSTYYVSGGSNSMDFDTLRNQVIDNTTGPQQLPITNVQLSADLARRGYTLVTNIDNITKKQYLASRRLGAPRTLDIISGAGVAMSQLQVSMNELVKSKHVKDNGDRITILPSMLYRFSNGRVSVVPDAQLDSILSSSAESIARQINDSRTVYCPFHGVLDATEDNFDYRPYYLDNPVINEKTFVGENDTAQLQASIDVFEIDRVTEGYRIKIRLDEGEQFKKLADEQIAVQIGYQPKGETKYASINGKFLGIEEEKRVYEFIIETNYDIDSSGAIYTTNMSMYDQFQKVFSTPLNTDFDVSIIVVNTITPGYIPNELDSLVQRHLLPSEFMVINRERLITTLGYDMTKIWHRNRTVFSQESYQTWPADVPAYYQKDVFETDSTGHIVITIGPDGKPVYKVKHKKGDPVLDANGKPVMQYRKGDTKLDANGKPILLEPRKILREMMVLMVDGLFYFATEQEAVAYRKEIPMEFVKWIQNDIDYIDQRLLETCELYLYPTTTFGDTIVSVREGQKSTVQVDQNFFTMLYLKPSAFANSTIRPSLIKTVKTIVNDMLGRKTIALSEIIAALEAAIGEDVLQIDAGGLGGSNNYSIITVDDDAVRLTLRKKLTVMANQELTIEDDMSITFLRHEQIQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PHIKZ128
分子量 formula_weight	84297.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MNNSNSVYFKVYLDDVIRLARSIVIKFDDIADQINTELYRDYLFKADPDKPWTWKYYLNLAGEYHETDTMMYVTSADTLERIEFTKENLRLHRATAREFTPGSQSYNNLVLKYPTQAGLINGILYPIDINFAIDSDNGDILYFDNKYVEGNEDNFIPELQSWIKAFYNSNYNSQYLITDDLYLTAFLGELTVLLPLEIMNIRLGNARSRRVHSFHIREYLASANRLDEFMPYLNKSQQLWLYRNIQFLRRNSGKQAIFDQLVEKILTERGIPVISYTLEQNTANMPPNLKPDVEMVKHDMNIPVVQPGQDKNTVLEILTREDPIARDNPLVKYDAEKEITEQVSTSAFSNLPTRVLDSEVIDRSNSSVRNLMNVLLNNWLHLSTSGRYRAYVSIPNPRTGEYMLMTVKDAFIVMLYSYGRTKDFKFDKIPSVPAYEVLRNPFPTYEELQVQVDKKLVGPNLLGAVRDNFTPMGDYISTELFYTDSSRFHKEYLKGWELYSFNDHKDIRCYLEQSVKTFYINRMCKLVNEDISFEQYFKDSAFAIADLTTSEYEQLVVDCINIATGSDLNRVITLGEIQRELLRLVSKLSSYPLQFLRNVSFTDFHVLGIVMPRLGDYGAAGNANHIVPINNINVLTYRTSAEMTYYINDVDIIPFNDWSYWAEDRWWINPFVGIKELSLSEYTYQIPSMVNVWQYTEEVSEHTPPDGGLGQYNNSTDPNWPNLP

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PHIKZ161
分子量 formula_weight	22584.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MIPPIGTKGRYELISPFDKLIKPNTLYVNSAVRAFIDIENNGRNVYDTYYKPLNIDISEYNKDRENGEYIVTLTTEQYNPVYVPSSYIARYPDLNGVPYQQTVLSASLGALPVTLDLTNLQAKVAGVISDVIGVEPVINLGSMPLMSDVTPQQHEAAENAREAKIKDRETDYARIVKLEADNTSLSQRLAIAENLLIENGIIS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PHIKZ088
分子量 formula_weight	40503.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MAASEFLDQIIQNIGQSPRDKAISDSIRGLNIIGRNSTIAPNTENHGFTFFTRPILNLSYDNCKIDRKLTMLLNDNPYSLSRSIRAILDPWSNRDGMNAVDVDPLNPFIPLLSNNLVSLTGWEDFQLNLATTNPGIYRDAMSYVDDVPYQFNTFDLQASFRNMEGDPITNLLYMWERYSALVKEGRLWPYPEMILLKEVDYNTRVWRIVTDVTRTYITRIFCSGASIFMNANTGRTGDFIGDGSETPFQNANDLLSVSIRCMGMDVYDYILFYEFNDLVEDFNPNMSDERRYTQMQKIKIYEREYFSRSKVYPYINTDNSELEWWISKEDYNAMLPGLLRNPPPPQKEG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	PHIKZ182
分子量 formula_weight	73539.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L

MATDSKPIWLRQAFLLPTPDERQVGFGSRSKRRNAASAAFKFTNTSPGGNWAINPLPQYTRYADIRLPGIGRTYDERHLGMGRYYSEAHDDTAQLIHMSFGVPRFSSWASFFTNFYDRSAAQFANSGTTSRAWYELGNAAGYLVSLPLQPFIIGVTAANRVINFLAKTQPSKWYYFKPTMHAYWSAVNTLANEFAINLGIRPRVFDGIQKDLEIPGQTVTPADLANFHRMFPGLIREDGSFDIMSLSGRTQRKSDEAKKIWDTLVEKARNQDDLHNVVDNYLRSSFKDNGDSKVSARDYLLSYIEVDRKPGAGVIDSENFSSWSKLKNVYDFVVGAQRDGSQFVTFRVEHNGEVSESFTNTTTDIGVAQTLNSKVQEGRAAQFNFMQGNVTEMMGNVTRGVMDFIGGALDSVNMAGLATLAGSAFVDVPEHWENSVASLPTASYTIPLVCPYGNVMSRFLDIFIPLAMILPMGLPRSAGRSAYTSPFICQIFHQGRVQRQLGIVDSITIRRGTGNIGWNAENHMLNCEVQINVKDLSKIMHIPLKAGFADGSIIDTAFKAAGATIGEAVAEGIGADGDRGIGVGLALTDGSVWDEQSLFQDYTATLTSQSWSDFYYVGKRMNLNITRATQSFKNWRSPSNFLSWVLDGEPARALSAFANTTGRF

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	PHIKZ049
分子量 formula_weight	15212.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,S,T

MAVNIRDIQAGDRISFEVYPYAILGTNFKNVTVEGIVTASVASAMGFDVAAAGQQVYPSLPAGSAPVDPTQYNYIRVRMANNESVMFIGIPWIVANTLERVDGKRLTLVWDDVDNKMYDRILLAVRQNNAPPTSVTYE

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	PHIKZ029
分子量 formula_weight	77712.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,X,Y,Z

MAYYNAVPRVVFNGIRDRSRRPLIRPDITFAQHCPLLRLFTETGPTETTYVGDSDDGFASIYGQASLDPRSKFFNTQSLLALNLLGRGNGFYVKRLRPEDAANPSRLIVAIEIVEDEIPLTIRRLSGFNYPNSVRDIGNAPVPTTDKVDGLKARIILIEDNTSEVGTQRVLPGTLVSDKDGSQSLVYPLFEAPVSFFGKLGDSNGMRVWSTTTADIEEFDEAAMAKFKTRQFRIQLIEKPEVGTSPVIVKTADQQDYLNITFDKGVYSDMYNADLYVGDVLVDSYSDDGVVSGLSPLYSPFSQFYVYHENIDLVRQMIYDTEMRVNPAAAAHTTAPGEIDFLTFLAVDGDPYQGIQVLGPLDGGITLGKDGNIYASGGTDGTTDLEEYAKLVDIENINFGKLNDRYNNIAEYQFGVLYDTGLPMESKYRAMRVLSARRDLQYFFTTFVETDSRLPDEATELSRVQQIITRLKAFPESTLYGTGVCRAMIVMQSGKLMDGTYRKYVPQLLDVAMSWARYAGAGTGNLVPGMEMDVSPNNRVTFVKDLNVKFFDDRVRAQAWANGATWSQSYDHRSSYYPCLRSVMLDDTSVLLSPITVNICCVLIRLIHKVHAQFSGNATLTPEQLVERCDEYILDLVRDMFGTRVNIIPRTEITPIDANNGTSWTCNVTVEANNPRTTLNFNLETVRIETPPAQQ

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	PHIKZ062
分子量 formula_weight	15352.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b

MPKTIPTVSVSGWIDTPEQVADKTISYFILSNPSQDIINRERSTSLPYLLKVYANDYPQLEIELRRILSDKFNIVFGNELIDSNVIVKDESNTGDGKMSITFTATILVQGKPVQIGKLVRYQYSNILEIARLNNGE

▶

分辨率 resolution	3.650 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.65 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	22539

Structure of the inner peripheral region in the phage phiKZ baseplate complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHIKZ087

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHIKZ128

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHIKZ161

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHIKZ088

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHIKZ182

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHIKZ049

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHIKZ029

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PHIKZ062

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9xqs__assembly_1__model_1

9xqs__assembly_1__model_1 | I(q)

9xqs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer