SAXSdb — 9xuu

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poxin-Schlafen

Monkeypox virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–195 链 B； UniProt 1–195	未记录	C2E 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M BICINE pH 8.5, 8% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 1.94 Å R-free 0.202
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–195 链 D； UniProt 1–195	未记录	C2E 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M BICINE pH 8.5, 8% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 1.94 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9XUU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8C9K Structure of Mpox virus poxin 提交 2023-01-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.72 Å R-free 0.228
8C9K Structure of Mpox virus poxin 提交 2023-01-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；100 mM HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.72 Å R-free 0.228
8ORV Crystal structure of monkeypox virus poxin in complex with the STING agonist MD1203 提交 2023-04-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）	未记录	VZ6 9-[(1~{S},6~{R},8~{R},9~{R},10~{R},15~{R},17~{R},18~{R})-8-(6-aminopurin-9-yl)-9,18-bis(fluoranyl)-3,12-bis(oxidanyl)-3,12-bis(oxidanylidene)-2,4,7,11,13-pentaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.2.1.0^{6,10}]octadecan-17-yl]-1~{H}-purin-6-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；40% (v/v) PEG 300; 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2	分辨率 1.65 Å R-free 0.224
8P44 Crystal structure of monkeypox virus poxin in complex with the STING agonist MD1202D 提交 2023-05-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	未记录	WY8 9-[(1~{S},3~{R},6~{R},8~{R},9~{R},10~{R},12~{R},15~{R},17~{R},18~{R})-8-(6-aminopurin-9-yl)-9,18-bis(fluoranyl)-3,12-bis(oxidanylidene)-3,12-bis(sulfanyl)-2,4,7,11,13-pentaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.2.1.0^{6,10}]octadecan-17-yl]-1~{H}-purin-6-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；200 mM ammonium nitrate, 20% w/v PEG 3.350	分辨率 1.93 Å R-free 0.261
8P44 Crystal structure of monkeypox virus poxin in complex with the STING agonist MD1202D 提交 2023-05-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）	未记录	WY8 9-[(1~{S},3~{R},6~{R},8~{R},9~{R},10~{R},12~{R},15~{R},17~{R},18~{R})-8-(6-aminopurin-9-yl)-9,18-bis(fluoranyl)-3,12-bis(oxidanylidene)-3,12-bis(sulfanyl)-2,4,7,11,13-pentaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.2.1.0^{6,10}]octadecan-17-yl]-1~{H}-purin-6-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；200 mM ammonium nitrate, 20% w/v PEG 3.350	分辨率 1.93 Å R-free 0.261
9XUJ Crystal structure of MPXV poxin 提交 2025-11-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Succinic acid pH 7.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.75 Å R-free 0.235
9XUJ Crystal structure of MPXV poxin 提交 2025-11-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Succinic acid pH 7.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.75 Å R-free 0.235
9XUP Crystal structure of MPXV poxin in complex with Gp[2'-5']Ap[3'] 提交 2025-11-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	未记录	9BG 2',5'-GpAp × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；25% w/v Polyethylene glycol 1,500	分辨率 2.01 Å R-free 0.227
9XUT Crystal structure of MPXV poxin in complex with 3'3'-cGAMP 提交 2025-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–195（195 aa）链 B 1–195（195 aa）	未记录	4BW 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.81 Å R-free 0.216
9XUT Crystal structure of MPXV poxin in complex with 3'3'-cGAMP 提交 2025-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）	未记录	4BW 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.81 Å R-free 0.216

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POXIN_MONPV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–198； UniProt 1–195 作者链 B； PDB构建体 4–198； UniProt 1–195 作者链 C； PDB构建体 4–198； UniProt 1–195 作者链 D； PDB构建体 4–198； UniProt 1–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xuu
沉积日期 deposition_date	2025-11-25
最后修订 last_revision	2026-05-27
结构标题 title	Crystal structure of MPXV poxin in complex with c-di-GMP
关键词 keywords	Enzyme, c-di-GMP, degradation, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.63 Å
零角强度 I(0) i0	123504000.00
分子量 molecular_weight	89322.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111750 Å³
包络体积 envelope_volume	146230 Å³
水化壳体积 shell_volume	35952 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.33 Å
包络 Rg envelope_rg	34.22 Å
形状 Rg shape_rg	34.63 Å
总 Rg total_rg	35.05 Å
总原子数 total_atoms	6288
残基数 n_residues	780
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	123500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8683
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.361
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.675
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.856; Smooth: 0.891

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Poxin-Schlafen
分子量 formula_weight	22421.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7164

SGGMFYAHAFGGYDENLHAFPGISSTVANDVRKYSVVSVYNKKYNIVKNKYMWCNSQVNKRYIGALLPMFECNEYLQIGDPIHDLEGNQISIVTYRHKNYYALSGIGYESLDLCLEGVGIHHHVLETGNAVYGKVQHEYSTIKEKAKEMNALKPGPIIDYHVWIGDCVCQVTTVDVHGKEIMRMRFKRGAVLPIPNLV

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) ;
分子量 formula_weight	690.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	832

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	54.290 Å
晶胞边长 b length_b	91.700 Å
晶胞边长 c length_c	93.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	46.810 Å
R 因子 r_factor	0.1633
R_work r_work	0.1613
R_free r_free	0.2022

fit	/app/data/saxs_computation/xu/9xuu/9xuu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xu/9xuu/9xuu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xu/9xuu/9xuu.dat

Crystal structure of MPXV poxin in complex with c-di-GMP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poxin-Schlafen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction