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9xvf

Crystal structure of NFIA monomer bound to DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.4 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear factor 1 A-type

Homo sapiens

UniProt Q12857

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 10–174 链 B； UniProt 10–174 未记录 ;DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；5% (v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M HEPES (pH 7.5), and 10% (w/v) PEG 10000 分辨率 2.60 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9XVF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9JH2 Crystal Structure of NFIA in Complex with DNA containing the TGGCA Motif 提交 2024-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 13–175（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris Propane (pH 7.0), and 1.5 M Ammonium Sulfate
分辨率 2.30 Å R-free 0.283
9JH4 Crystal Structure of NFIA DNA-binding Domain 提交 2024-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–175（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES (pH 9.5), and 30% (w/v) PEG 3000
分辨率 3.20 Å R-free 0.297
9JH4 Crystal Structure of NFIA DNA-binding Domain 提交 2024-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–175（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES (pH 9.5), and 30% (w/v) PEG 3000
分辨率 3.20 Å R-free 0.297
9JH4 Crystal Structure of NFIA DNA-binding Domain 提交 2024-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 13–175（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES (pH 9.5), and 30% (w/v) PEG 3000
分辨率 3.20 Å R-free 0.297
9LC2 Crystal Structure of NFIA in Complex with DNA Containing the TGGCA(N3)TGCCA Motif 提交 2025-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 13–175（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 20% (w/v) PEG 2000
分辨率 2.70 Å R-free 0.259
9LC2 Crystal Structure of NFIA in Complex with DNA Containing the TGGCA(N3)TGCCA Motif 提交 2025-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 13–175（163 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 20% (w/v) PEG 2000
分辨率 2.70 Å R-free 0.259
9XVQ Crystal structure of the NFIA-N0 DNA complex 提交 2025-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–238（229 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium phosphate dibasic dihydrate and 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.76 Å R-free 0.222

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NFIA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–166； UniProt 10–174 作者链 B； PDB构建体 2–166； UniProt 10–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9xvf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9xvf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9xvf
沉积日期 deposition_date2025-11-26
最后修订 last_revision2026-01-21
结构标题 titleCrystal structure of NFIA monomer bound to DNA
关键词 keywordsTranscription factor, DNA BINDING PROTEIN/DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.45 Å
零角强度 I(0) i055811100.00
分子量 molecular_weight50238.0 kDa
排除体积 excluded_volume59614 ų
包络体积 envelope_volume77951 ų
水化壳体积 shell_volume26112 ų
包络直径 envelope_diameter83.2 Å
壳层 Rg shell_rg32.15 Å
包络 Rg envelope_rg25.08 Å
形状 Rg shape_rg25.45 Å
总 Rg total_rg26.12 Å
总原子数 total_atoms3472
残基数 n_residues360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.4 Å
Rg (实空间) rg_real25.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real5.5810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal55810000.0000
解质量估计 total_estimate0.9082
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.5 Å
偏度 Skewness skewness0.315
峰度 Kurtosis kurtosis-0.482
角度范围 angular_range— – 0.3100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3948000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.965
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)