SAXSdb — 9y3x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin

Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1))

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 18–340	未记录	Hemagglutinin × 1 （I1ZFF9） Antibody 3_H2 heavy chain × 1 Antibody 3_H2 light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Tri-potassium citrate, 20% (w/v) PEG3350, pH 8.3	分辨率 3.39 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Y3X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8TY7 Crystal structure of 05.GC.w2.3C10 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1) 提交 2023-08-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 18–344（327 aa）片段：HA1 subdomain (UNP residues 18-344)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate, pH 6.4, 18% PEG3350	分辨率 3.21 Å R-free 0.288
9Y3Y Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 49_C09 antibody 提交 2025-09-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 18–340（323 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2M ammonium sulfate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS, pH 10.5	分辨率 3.80 Å R-free 0.240
9Y3Y Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 49_C09 antibody 提交 2025-09-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–340（323 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2M ammonium sulfate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS, pH 10.5	分辨率 3.80 Å R-free 0.240

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G8EHJ9_I09A0
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 5–327； UniProt 18–340

Hemagglutinin

Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1))

UniProt I1ZFF9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 326–499	片段：HA2 subdomain (UNP residues 326-499)	Hemagglutinin × 1 （G8EHJ9） Antibody 3_H2 heavy chain × 1 Antibody 3_H2 light chain × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Tri-potassium citrate, 20% (w/v) PEG3350, pH 8.3	分辨率 3.39 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Y3X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8TXP Crystal structure of 05.GC.w13.01 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1) 提交 2023-08-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 326–499（174 aa）片段：HA2 subdomain (UNP residues 326-499)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate, pH 6.2, 20% PEG3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.292
8TY7 Crystal structure of 05.GC.w2.3C10 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1) 提交 2023-08-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 326–499（174 aa）片段：HA2 subdomain (UNP residues 326-499)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium acetate, pH 6.4, 18% PEG3350	分辨率 3.21 Å R-free 0.288
9Y3Y Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 49_C09 antibody 提交 2025-09-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 326–499（174 aa）片段：HA2 subdomain (UNP residues 326-499)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2M ammonium sulfate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS, pH 10.5	分辨率 3.80 Å R-free 0.240
9Y3Y Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 49_C09 antibody 提交 2025-09-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 326–499（174 aa）片段：HA2 subdomain (UNP residues 326-499)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2M ammonium sulfate, 15% (v/v) ethylene glycol, 0.2M lithium sulfate, 0.1M CAPS, pH 10.5	分辨率 3.80 Å R-free 0.240

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I1ZFF9_9INFA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–174； UniProt 326–499

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9y3x
沉积日期 deposition_date	2025-09-02
结构标题 title	Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 3_H2 antibody
关键词 keywords	Hemagglutinin, Head antibody, Influenza, Complex, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.16 Å
零角强度 I(0) i0	163751000.00
分子量 molecular_weight	103300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128720 Å³
包络体积 envelope_volume	185750 Å³
水化壳体积 shell_volume	36322 Å³
包络直径 envelope_diameter	188.6 Å
壳层 Rg shell_rg	42.73 Å
包络 Rg envelope_rg	51.65 Å
形状 Rg shape_rg	51.15 Å
总 Rg total_rg	50.82 Å
总原子数 total_atoms	7271
残基数 n_residues	911
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.2 Å
Rg (实空间) rg_real	51.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	163400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6253
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.723
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.240
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6575000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.273; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.096; Smooth: 0.211

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	36243.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	7271

ADPGDTLCIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDKHNGKLCKLRGVAPLHLGKCNIAGWILGNPECESLSTASSWSYIVETPSSDNGTCYPGDFIDYEELREQLSSVSSFERFEIFPKTSSWPNHDSNKGVTAACPHAGAKSFYKNLIWLVKKGNSYPKLSKSYINDKGKEVLVLWGIHHPSTSADQQSLYQNADTYVFVGSSRYSKKFKPEIAIRPKVRDQEGRMNYYWTLVEPGDKITFEATGNLVVPRYAFAMERNAGSGIIISDTPVHDCNTTCQTPKGAINTSLPFQNIHPITIGKCPKYVKSTKLRLATGLRNIPS

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	641501
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	20206.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GLFGAIAGFIEGGWTGMVDGWYGYHHQNEQGSGYAADLKSTQNAIDGITNKVNSVIEKMNTQFTAVGKEFNHLEKRIENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDYHDSNVKNLYEKVRSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDNTCMESVKNGTYDYPKYSEEAKLNREEIDSGR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	641501
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Antibody 3_H2 heavy chain
分子量 formula_weight	24185.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QGTLKESGPAMVKPTQTLTLTCTFSGFSLDTSGMCVAWIRQPPGKALEWLALFDWDNNKYYSPSLKTRLNMSKGRSRNQVVLTMTNMDPVDTGTYYCARKVYGSFYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Antibody 3_H2 light chain
分子量 formula_weight	23573.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVLTQSPATLSLSPGDSATLSCRASQDVSANLAWYQQKPGQAPRLVIYDATNRATGIPARFSGSGLGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRSNWPPVYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	130.894 Å
晶胞边长 b length_b	130.894 Å
晶胞边长 c length_c	142.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.390 Å
最低分辨率 resolution_low	48.250 Å
R 因子 r_factor	0.2099
R_work r_work	0.2043
R_free r_free	0.2608

fit	/app/data/saxs_computation/y3/9y3x/9y3x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y3/9y3x/9y3x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y3/9y3x/9y3x.dat

Crystal structure of hemagglutinin from H1N1 Influenza A virus A/California/04/2009 bound to the 3_H2 antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hemagglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)