9y41

Crystal structure of hemagglutinin head domain from H1N1 Influenza A virus A/Victoria/2570/2019 bound to the 49_C09 antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 167.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin

Influenza A virus

UniProt A0A6M4YP75

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 63–285 未记录 Antibody 49_C09 heavy chain × 1 Antibody 49_C09 light chain × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.1M Tris, pH 8.0, 65% (v/v) MPD 分辨率 2.89 Å R-free 0.283
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 63–285 未记录 Antibody 49_C09 heavy chain × 1 Antibody 49_C09 light chain × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.1M Tris, pH 8.0, 65% (v/v) MPD 分辨率 2.89 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6M4YP75_9INFA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–223; UniProt 63–285 作者链 G; PDB构建体 1–223; UniProt 63–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9y41

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9y41
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9y41
沉积日期 deposition_date2025-09-02
结构标题 titleCrystal structure of hemagglutinin head domain from H1N1 Influenza A virus A/Victoria/2570/2019 bound to the 49_C09 antibody
关键词 keywordsHemagglutinin, Head antibody, Influenza, Complex, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.57
零角强度 I(0) i0301569000.00
分子量 molecular_weight140970.0 kDa
排除体积 excluded_volume175790 ų
包络体积 envelope_volume240720 ų
水化壳体积 shell_volume48974 ų
包络直径 envelope_diameter175.7
壳层 Rg shell_rg43.10
包络 Rg envelope_rg47.14
形状 Rg shape_rg46.50
总 Rg total_rg46.64
总原子数 total_atoms9937
残基数 n_residues1260
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.0
Rg (实空间) rg_real46.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.21
I(0) (实空间) i0_real3.0160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal301300000.0000
解质量估计 total_estimate0.7215
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.2
偏度 Skewness skewness0.720
峰度 Kurtosis kurtosis-0.021
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29820000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.513; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.330; Smooth: 0.507

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)