SAXSdb — 9y6u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp77

Escherichia phage SECphi27

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 IA； UniProt 1–217 链 IB； UniProt 1–217 链 IC； UniProt 1–217 链 ID； UniProt 1–217 链 IE； UniProt 1–217 链 IF； UniProt 1–217 链 IG； UniProt 1–217 链 IH； UniProt 1–217 链 II； UniProt 1–217 链 IJ； UniProt 1–217 链 IK； UniProt 1–217 链 IL； UniProt 1–217 链 IM； UniProt 1–217 链 IN； UniProt 1–217 链 IO； UniProt 1–217 链 IP； UniProt 1–217 链 IQ； UniProt 1–217 链 IR； UniProt 1–217 链 IS； UniProt 1–217 链 IT； UniProt 1–217 链 IU； UniProt 1–217 链 IV； UniProt 1–217 链 IW； UniProt 1–217 链 IX； UniProt 1–217	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Y6U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9Y9C Cryo-EM map of the in vitro reconstituted RAZR:GP77 complex with AlphaFold-predicted models fitted into the density. 提交 2025-09-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 IA 1–217（217 aa）链 IB 1–217（217 aa）链 IC 1–217（217 aa）链 ID 1–217（217 aa）链 IE 1–217（217 aa）链 IF 1–217（217 aa）链 IG 1–217（217 aa）链 IH 1–217（217 aa）链 II 1–217（217 aa）链 IJ 1–217（217 aa）链 IK 1–217（217 aa）链 IL 1–217（217 aa）链 IM 1–217（217 aa）链 IN 1–217（217 aa）链 IO 1–217（217 aa）链 IP 1–217（217 aa）链 IQ 1–217（217 aa）链 IR 1–217（217 aa）链 IS 1–217（217 aa）链 IT 1–217（217 aa）链 IU 1–217（217 aa）链 IV 1–217（217 aa）链 IW 1–217（217 aa）链 IX 1–217（217 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAE8YXX1_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 IA； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IB； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IC； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 ID； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IE； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IF； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IG； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IH； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 II； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IJ； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IK； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IL； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IM； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IN； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IO； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IP； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IQ； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IR； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IS； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IT； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IU； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IV； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IW； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IX； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9y6u
沉积日期 deposition_date	2025-09-09
结构标题 title	Cryo-EM Structure of Gp77 within the In Vitro Reconstituted RAZR:GP77 Complex
关键词 keywords	Phage-bacterial defense complex, Abortive infection Ring-Activated Zinc-Finger RNase (RAZR), RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.68 Å
零角强度 I(0) i0	1575830000.00
分子量 molecular_weight	336510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	421310 Å³
包络体积 envelope_volume	745270 Å³
水化壳体积 shell_volume	89388 Å³
包络直径 envelope_diameter	183.5 Å
壳层 Rg shell_rg	79.24 Å
包络 Rg envelope_rg	61.28 Å
形状 Rg shape_rg	67.67 Å
总 Rg total_rg	67.88 Å
总原子数 total_atoms	47328
残基数 n_residues	3000
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	172.5 Å
Rg (实空间) rg_real	68.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3830e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	68.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1578000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7620
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	120.0 Å
偏度 Skewness skewness	-0.262
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.072
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.694; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.821; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	28191

描述 description	Gp77
分子量 formula_weight	25475.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	IA,IB,IC,ID,IE,IF,IG,IH,II,IJ,IK,IL,IM,IN,IO,IP,IQ,IR,IS,IT,IU,IV,IW,IX
原子数 atom_count	47328

Cryo-EM Structure of Gp77 within the In Vitro Reconstituted RAZR:GP77 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp77

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia phage SECphi27
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2496550
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/y6/9y6u/9y6u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y6/9y6u/9y6u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y6/9y6u/9y6u.dat