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9y7z

Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 0.1 mM Glycine in a Desensitized State

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 129.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycine receptor subunit alpha-2

Homo sapiens

UniProt P23416

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–452 链 B； UniProt 1–452 链 C； UniProt 1–452 链 D； UniProt 1–452 链 E； UniProt 1–452 未记录 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 GLY GLYCINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.78 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9Y7Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5BKF Cyro-EM structure of human Glycine Receptor alpha2-beta heteromer, Glycine bound, desensitized state 提交 2021-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 28–343（316 aa）
链 A 409–452（44 aa）
链 B 28–343（316 aa）
链 B 409–452（44 aa）
链 C 28–343（316 aa）
链 C 409–452（44 aa）
链 D 28–343（316 aa）
链 D 409–452（44 aa）
突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 GLY GLYCINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
5BKG Cyro-EM structure of human Glycine Receptor alpha2-beta heteromer, glycine bound, (semi)open state 提交 2021-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 28–343（316 aa）
链 A 409–452（44 aa）
链 B 28–343（316 aa）
链 B 409–452（44 aa）
链 C 28–343（316 aa）
链 C 409–452（44 aa）
链 D 28–343（316 aa）
链 D 409–452（44 aa）
突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 GLY GLYCINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7KUY Cyro-EM structure of human Glycine Receptor alpha2-beta heteromer, strychnine bound state 提交 2020-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 28–343（316 aa）
链 A 409–452（44 aa）
链 B 28–343（316 aa）
链 B 409–452（44 aa）
链 C 28–343（316 aa）
链 C 409–452（44 aa）
链 D 28–343（316 aa）
链 D 409–452（44 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 SY9 STRYCHNINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7L31 Cyro-EM structure of human Glycine Receptor alpha2-beta heteromer, strychnine bound state, 3.8 Angstrom 提交 2020-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 28–343（316 aa）
链 A 409–452（44 aa）
链 B 28–343（316 aa）
链 B 409–452（44 aa）
链 C 28–343（316 aa）
链 C 409–452（44 aa）
链 D 28–343（316 aa）
链 D 409–452（44 aa）
突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted 突变：second cytoplasmic domain deleted NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 SY9 STRYCHNINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9Y7P Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in a Desensitized State 提交 2025-09-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–452（452 aa）
链 B 1–452（452 aa）
链 C 1–452（452 aa）
链 D 1–452（452 aa）
链 E 1–452（452 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 GLY GLYCINE × 5 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9Y7W Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in an Open State 提交 2025-09-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–452（452 aa）
链 B 1–452（452 aa）
链 C 1–452（452 aa）
链 D 1–452（452 aa）
链 E 1–452（452 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 GLY GLYCINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.19 Å
9Y7X Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 0.1 mM Glycine in an Open State 提交 2025-09-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–452（452 aa）
链 B 1–452（452 aa）
链 C 1–452（452 aa）
链 D 1–452（452 aa）
链 E 1–452（452 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 GLY GLYCINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
9Y80 Homomeric Glycine Receptor alpha2 with PTX in a Desensitized State 提交 2025-09-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–452（452 aa）
链 B 1–452（452 aa）
链 C 1–452（452 aa）
链 D 1–452（452 aa）
链 E 1–452（452 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 GLY GLYCINE × 5 RI5 (1aR,2aR,3S,6R,6aS,8aS,8bR,9R)-2a-hydroxy-8b-methyl-9-(prop-1-en-2-yl)hexahydro-3,6-methano-1,5,7-trioxacyclopenta[ij]c yclopropa[a]azulene-4,8(3H)-dione × 1 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
9Y8Z Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 0.1 mM Glycine in an Apo State 提交 2025-09-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–452（452 aa）
链 B 1–452（452 aa）
链 C 1–452（452 aa）
链 D 1–452（452 aa）
链 E 1–452（452 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 30 CLR CHOLESTEROL × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9Y94 Homomeric Glycine Receptor alpha2 with PTX in an Open State 提交 2025-09-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–452（452 aa）
链 B 1–452（452 aa）
链 C 1–452（452 aa）
链 D 1–452（452 aa）
链 E 1–452（452 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 GLY GLYCINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9Y95 Homomeric Glycine Receptor alpha2 with PTX in an Apo State 提交 2025-09-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–452（452 aa）
链 B 1–452（452 aa）
链 C 1–452（452 aa）
链 D 1–452（452 aa）
链 E 1–452（452 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 RI5 (1aR,2aR,3S,6R,6aS,8aS,8bR,9R)-2a-hydroxy-8b-methyl-9-(prop-1-en-2-yl)hexahydro-3,6-methano-1,5,7-trioxacyclopenta[ij]c yclopropa[a]azulene-4,8(3H)-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
9Y96 Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in a Closed State 提交 2025-09-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–452（452 aa）
链 B 1–452（452 aa）
链 C 1–452（452 aa）
链 D 1–452（452 aa）
链 E 1–452（452 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 GLY GLYCINE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLRA2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–452； UniProt 1–452 作者链 B； PDB构建体 1–452； UniProt 1–452 作者链 C； PDB构建体 1–452； UniProt 1–452 作者链 D； PDB构建体 1–452； UniProt 1–452 作者链 E； PDB构建体 1–452； UniProt 1–452

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9y7z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9y7z
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9y7z
沉积日期 deposition_date2025-09-11
结构标题 titleHomomeric Glycine Receptor alpha2 with 0.1 mM Glycine in a Desensitized State
关键词 keywordshomopentamer, ion channel, ligand gated ion channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.11 Å
零角强度 I(0) i0551890000.00
分子量 molecular_weight205590.0 kDa
排除体积 excluded_volume262790 ų
包络体积 envelope_volume339310 ų
水化壳体积 shell_volume70823 ų
包络直径 envelope_diameter127.8 Å
壳层 Rg shell_rg46.22 Å
包络 Rg envelope_rg38.46 Å
形状 Rg shape_rg39.13 Å
总 Rg total_rg39.46 Å
总原子数 total_atoms14480
残基数 n_residues1730
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.2 Å
Rg (实空间) rg_real39.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real5.5190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal551900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8726
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.4 Å
偏度 Skewness skewness0.332
峰度 Kurtosis kurtosis-0.268
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha72120000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.886
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)