SAXSdb — 9y9c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp77

Escherichia phage SECphi27

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric（48）与蛋白拷贝数一致	链 IA； UniProt 1–217 链 IB； UniProt 1–217 链 IC； UniProt 1–217 链 ID； UniProt 1–217 链 IE； UniProt 1–217 链 IF； UniProt 1–217 链 IG； UniProt 1–217 链 IH； UniProt 1–217 链 II； UniProt 1–217 链 IJ； UniProt 1–217 链 IK； UniProt 1–217 链 IL； UniProt 1–217 链 IM； UniProt 1–217 链 IN； UniProt 1–217 链 IO； UniProt 1–217 链 IP； UniProt 1–217 链 IQ； UniProt 1–217 链 IR； UniProt 1–217 链 IS； UniProt 1–217 链 IT； UniProt 1–217 链 IU； UniProt 1–217 链 IV； UniProt 1–217 链 IW； UniProt 1–217 链 IX； UniProt 1–217	未记录	DUF4145 domain-containing protein × 24 （A0A0F3V1L6） ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Y9C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9Y6U Cryo-EM Structure of Gp77 within the In Vitro Reconstituted RAZR:GP77 Complex 提交 2025-09-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 IA 1–217（217 aa）链 IB 1–217（217 aa）链 IC 1–217（217 aa）链 ID 1–217（217 aa）链 IE 1–217（217 aa）链 IF 1–217（217 aa）链 IG 1–217（217 aa）链 IH 1–217（217 aa）链 II 1–217（217 aa）链 IJ 1–217（217 aa）链 IK 1–217（217 aa）链 IL 1–217（217 aa）链 IM 1–217（217 aa）链 IN 1–217（217 aa）链 IO 1–217（217 aa）链 IP 1–217（217 aa）链 IQ 1–217（217 aa）链 IR 1–217（217 aa）链 IS 1–217（217 aa）链 IT 1–217（217 aa）链 IU 1–217（217 aa）链 IV 1–217（217 aa）链 IW 1–217（217 aa）链 IX 1–217（217 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAE8YXX1_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 IA； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IB； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IC； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 ID； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IE； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IF； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IG； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IH； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 II； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IJ； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IK； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IL； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IM； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IN； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IO； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IP； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IQ； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IR； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IS； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IT； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IU； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IV； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IW； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IX； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217

DUF4145 domain-containing protein

Escherichia coli

UniProt A0A0F3V1L6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric（48）与蛋白拷贝数一致	链 OA； UniProt 1–219 链 OB； UniProt 1–219 链 OC； UniProt 1–219 链 OD； UniProt 1–219 链 OE； UniProt 1–219 链 OF； UniProt 1–219 链 OG； UniProt 1–219 链 OH； UniProt 1–219 链 OI； UniProt 1–219 链 OJ； UniProt 1–219 链 OK； UniProt 1–219 链 OL； UniProt 1–219 链 OM； UniProt 1–219 链 ON； UniProt 1–219 链 OO； UniProt 1–219 链 OP； UniProt 1–219 链 OQ； UniProt 1–219 链 OR； UniProt 1–219 链 OS； UniProt 1–219 链 OT； UniProt 1–219 链 OU； UniProt 1–219 链 OV； UniProt 1–219 链 OW； UniProt 1–219 链 OX； UniProt 1–219	未记录	Gp77 × 24 （A0AAE8YXX1） ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0F3V1L6_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 OA； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OB； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OC； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OD； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OE； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OF； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OG； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OH； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OI； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OJ； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OK； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OL； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OM； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 ON； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OO； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OP； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OQ； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OR； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OS； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OT； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OU； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OV； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OW； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OX； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9y9c
沉积日期 deposition_date	2025-09-14
结构标题 title	Cryo-EM map of the in vitro reconstituted RAZR:GP77 complex with AlphaFold-predicted models fitted into the density.
关键词 keywords	Phage-bacterial defense complex, Abortive infection Ring-Activated Zinc-Finger RNase (RAZR), RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	98.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	97.78 Å
零角强度 I(0) i0	9368790000.00
分子量 molecular_weight	811360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1008600 Å³
包络体积 envelope_volume	1981200 Å³
水化壳体积 shell_volume	160400 Å³
包络直径 envelope_diameter	283.3 Å
壳层 Rg shell_rg	105.10 Å
包络 Rg envelope_rg	95.21 Å
形状 Rg shape_rg	97.71 Å
总 Rg total_rg	98.09 Å
总原子数 total_atoms	112779
残基数 n_residues	7248
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	239.9 Å
Rg (实空间) rg_real	94.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5840e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	97.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9337000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9060
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	149.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.023
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.924
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.3823
最高正则化参数 α highest_alpha	221900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 0.970; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.875; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gp77
分子量 formula_weight	25475.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	IA,IB,IC,ID,IE,IF,IG,IH,II,IJ,IK,IL,IM,IN,IO,IP,IQ,IR,IS,IT,IU,IV,IW,IX
原子数 atom_count	112779

MKLSDQFDKVLPALHKARSLFVKVKKDRQNSHLKNRYATLDSVLDAITPALMDNELMIMQDGERIDVSTLRVETTVMHVSGQWVKFYFDIPIVKNDPQGVGSAFTYGRRYSAAAAFGLSQADDDAQIAVKTVNDWKRDIEKCESVGELQEVLKNAWKSSDAASKQVIRDHYEKRKAEIEIGGARGFNPAKPKENLASDAVDTPNSEKVKSQSITDFEGSSGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage SECphi27
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2496550
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DUF4145 domain-containing protein
分子量 formula_weight	24707.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	OA,OB,OC,OD,OE,OF,OG,OH,OI,OJ,OK,OL,OM,ON,OO,OP,OQ,OR,OS,OT,OU,OV,OW,OX

MAEYYPAVFEAEAFNCPHCGVYARQFWRRMYGSARELAQRTTEFRMSTCSHCGDDAYWYDGNMIIPAAGNVELPNPDMPDNCKSDYMEARSIINLSPKGAAALLRLCLQKLMVHLGEPGENINKDIRSLVQKGLPVRIQQAADICRIVGNQAVHPGEISLDDDPQLAHGLFKLLNIIVDDRITRPKEIEAMFQSMPEGPRQGIENQDRQAREQQQAANE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	28191

fit	/app/data/saxs_computation/y9/9y9c/9y9c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y9/9y9c/9y9c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y9/9y9c/9y9c.dat

Cryo-EM map of the in vitro reconstituted RAZR:GP77 complex with AlphaFold-predicted models fitted into the density.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp77

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DUF4145 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)