SAXSdb — 9y9c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp77

Escherichia phage SECphi27

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	DUF4145 domain-containing protein × 24 （A0A0F3V1L6） ZINC ION × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAE8YXX1_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 IA； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IB； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IC； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 ID； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IE； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IF； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IG； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IH； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 II； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IJ； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IK； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IL； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IM； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IN； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IO； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IP； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IQ； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IR； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IS； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IT； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IU； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IV； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IW； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 IX； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217

DUF4145 domain-containing protein

Escherichia coli

UniProt A0A0F3V1L6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	Gp77 × 24 （A0AAE8YXX1） ZINC ION × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0F3V1L6_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 OA； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OB； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OC； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OD； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OE； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OF； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OG； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OH； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OI； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OJ； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OK； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OL； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OM； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 ON； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OO； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OP； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OQ； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OR； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OS； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OT； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OU； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OV； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OW； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 OX； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9y9c
沉积日期 deposition_date	2025-09-14
结构标题 title	Cryo-EM map of the in vitro reconstituted RAZR:GP77 complex with AlphaFold-predicted models fitted into the density.
关键词 keywords	Phage-bacterial defense complex, Abortive infection Ring-Activated Zinc-Finger RNase (RAZR), RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9y9c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9y9c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9y9c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	98.05 Å
Rg（电子密度）	97.78 Å
总 Rg	98.09 Å
原子数	112779
残基数	7248
排除体积	1008600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9y9c__assembly_1__model_1`	48-meric （48）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gp77
分子量 formula_weight	25475.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	IA,IB,IC,ID,IE,IF,IG,IH,II,IJ,IK,IL,IM,IN,IO,IP,IQ,IR,IS,IT,IU,IV,IW,IX
原子数 atom_count	112779

MKLSDQFDKVLPALHKARSLFVKVKKDRQNSHLKNRYATLDSVLDAITPALMDNELMIMQDGERIDVSTLRVETTVMHVSGQWVKFYFDIPIVKNDPQGVGSAFTYGRRYSAAAAFGLSQADDDAQIAVKTVNDWKRDIEKCESVGELQEVLKNAWKSSDAASKQVIRDHYEKRKAEIEIGGARGFNPAKPKENLASDAVDTPNSEKVKSQSITDFEGSSGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage SECphi27
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2496550
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DUF4145 domain-containing protein
分子量 formula_weight	24707.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	OA,OB,OC,OD,OE,OF,OG,OH,OI,OJ,OK,OL,OM,ON,OO,OP,OQ,OR,OS,OT,OU,OV,OW,OX

MAEYYPAVFEAEAFNCPHCGVYARQFWRRMYGSARELAQRTTEFRMSTCSHCGDDAYWYDGNMIIPAAGNVELPNPDMPDNCKSDYMEARSIINLSPKGAAALLRLCLQKLMVHLGEPGENINKDIRSLVQKGLPVRIQQAADICRIVGNQAVHPGEISLDDDPQLAHGLFKLLNIIVDDRITRPKEIEAMFQSMPEGPRQGIENQDRQAREQQQAANE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	28191

Cryo-EM map of the in vitro reconstituted RAZR:GP77 complex with AlphaFold-predicted models fitted into the density.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp77

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DUF4145 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9y9c__assembly_1__model_1

9y9c__assembly_1__model_1 | I(q)

9y9c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM map of the in vitro reconstituted RAZR:GP77 complex with AlphaFold-predicted models fitted into the density.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp77

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DUF4145 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9y9c__assembly_1__model_1

9y9c__assembly_1__model_1 | I(q)

9y9c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)