9ybi

Structure of the CBS pair domain from zebrafish magnesium transporter CNNM2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Metal transporter

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 375–527 链 B； UniProt 375–527	未记录	BEN BENZAMIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；1.1 M ammonium tartrate pH 6.5, 2% (w/v) benzamidine hydrochloride	分辨率 3.00 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A2ATX7_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–158； UniProt 375–527 作者链 B； PDB构建体 6–158； UniProt 375–527

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ybi
沉积日期 deposition_date	2025-09-17
最后修订 last_revision	2025-09-24
结构标题 title	Structure of the CBS pair domain from zebrafish magnesium transporter CNNM2
关键词 keywords	magnesium transporter, Bateman fold, adenosyl-binding domain, protein-binding domain, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.01 Å
零角强度 I(0) i0	16717300.00
分子量 molecular_weight	31895.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40272 Å³
包络体积 envelope_volume	49870 Å³
水化壳体积 shell_volume	19960 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.37 Å
包络 Rg envelope_rg	20.97 Å
形状 Rg shape_rg	21.01 Å
总 Rg total_rg	21.90 Å
总原子数 total_atoms	2243
残基数 n_residues	296
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8690
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.194
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5505000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Metal transporter
分子量 formula_weight	17846.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2251

GPLGSLNIIQGALELRTKTVEDVMTPLRDCFMISGDAILDFATMSEIMESGYTRIPVYEGERCHIVDLLFVKDLAFVDPDDCTPLKTITKFYSHPLHFVFNDTKLDAMLEEFKKGKSHLAIVQRVNNEGEGDPFYEVLGIVTLEDVIEEIIKSEILDE

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	Zebrafish, Brachydanio rerio
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BENZAMIDINE
分子量 formula_weight	120.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.907 Å
晶胞边长 b length_b	147.942 Å
晶胞边长 c length_c	151.897 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	24
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	46.900 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2351
R_free r_free	0.2526

fit	/app/data/saxs_computation/yb/9ybi/9ybi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yb/9ybi/9ybi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yb/9ybi/9ybi.dat