SAXSdb — 9ycl

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicase polyprotein 1ab

Middle East respiratory syndrome-related coronavirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 4 RNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 4238–4377 链 B； UniProt 5909–6432 链 D； UniProt 4238–4377 链 E； UniProt 5909–6432	突变：E191A	T20P15 RNA × 2 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YCL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4WUR The crystal structure of the MERS-CoV papain-like protease (C111S) with human ubiquitin 提交 2014-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1482–1801（320 aa）片段：UNP residues 1482-1801	突变：C111S	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；291 K；22% w/v PEG 4000, 15% v/v 2-propanol, 0.1M tri-sodium citrate pH 4.8 and 10% glycerol	分辨率 3.16 Å R-free 0.252
8PPL MERS-CoV Nsp1 bound to the human 43S pre-initiation complex 提交 2023-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric	链 Aj 2–193（192 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 116 MET METHIONINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 129	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.65 Å
9INM Crystal structure of MERS main protease in complex with Bofutrelvir 提交 2024-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3548（301 aa）链 D 3248–3548（301 aa）	未记录	FHR ~{N}-[(2~{S})-3-cyclohexyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]propan-2-yl]-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium formate, 0.1M BICINE pH8.5 20% PEG5000	分辨率 2.34 Å R-free 0.275
9INM Crystal structure of MERS main protease in complex with Bofutrelvir 提交 2024-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3248–3548（301 aa）链 C 3248–3548（301 aa）	未记录	FHR ~{N}-[(2~{S})-3-cyclohexyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]propan-2-yl]-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium formate, 0.1M BICINE pH8.5 20% PEG5000	分辨率 2.34 Å R-free 0.275
9PAC Crystal structure of MERS-CoV 3CLpro with ALG-097608 (Inhibitor 1) 提交 2025-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 3248–3553（306 aa）链 D 3248–3553（306 aa）	未记录	A1CHF (1R,2R,3S,6S,7S)-4-[(2S)-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-10,10-difluoro-N-{(1E,2R)-1-imino-3-[(3R)-2-oxo-3,4-dihydro-2H-pyrrol-3-yl]propan-2-yl}-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]decane-3-carboxamide (non-preferred name) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M NaCl, Sodium/Potassium Phosphate 6.2, and 18% PEG1000	分辨率 2.28 Å R-free 0.269
9PAC Crystal structure of MERS-CoV 3CLpro with ALG-097608 (Inhibitor 1) 提交 2025-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）链 B 3248–3553（306 aa）	未记录	A1CHF (1R,2R,3S,6S,7S)-4-[(2S)-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-10,10-difluoro-N-{(1E,2R)-1-imino-3-[(3R)-2-oxo-3,4-dihydro-2H-pyrrol-3-yl]propan-2-yl}-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]decane-3-carboxamide (non-preferred name) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M NaCl, Sodium/Potassium Phosphate 6.2, and 18% PEG1000	分辨率 2.28 Å R-free 0.269
9PAK Crystal structure of MERS-CoV 3CLpro with ALG-097655 (Inhibitor 2) 提交 2025-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）链 B 3248–3553（306 aa）	未记录	A1CHJ (1R,2S,3S,6R,7S)-N-{(1Z,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-4-[(2S)-4,4,4-trifluoro-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]dec-8-ene-3-carboxamide (non-preferred name) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M NaCl, Sodium/Potassium Phosphate 6.2, and 18% PEG1000	分辨率 1.86 Å R-free 0.239
9PAK Crystal structure of MERS-CoV 3CLpro with ALG-097655 (Inhibitor 2) 提交 2025-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 3248–3553（306 aa）链 D 3248–3553（306 aa）	未记录	A1CHJ (1R,2S,3S,6R,7S)-N-{(1Z,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-4-[(2S)-4,4,4-trifluoro-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]dec-8-ene-3-carboxamide (non-preferred name) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M NaCl, Sodium/Potassium Phosphate 6.2, and 18% PEG1000	分辨率 1.86 Å R-free 0.239
9XG7 The crystal structure of MERS-CoV Main protease in complex with inhibitor FD2-21 提交 2025-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3551（304 aa）链 B 3248–3551（304 aa）	未记录	A1EZ7 7-(5-azanylpyridin-3-yl)-2-(2-chlorophenyl)-5,7-diazaspiro[3.4]octane-6,8-dione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.05 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 2.53 Å R-free 0.298
9XG7 The crystal structure of MERS-CoV Main protease in complex with inhibitor FD2-21 提交 2025-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 3248–3551（304 aa）链 D 3248–3551（304 aa）	未记录	A1EZ7 7-(5-azanylpyridin-3-yl)-2-(2-chlorophenyl)-5,7-diazaspiro[3.4]octane-6,8-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.05 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 2.53 Å R-free 0.298
9Y8W MERS Mpro with EGT710 提交 2025-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3248–3553（306 aa）链 C 3248–3553（306 aa）	未记录	A1CBU (4S)-4-(iminomethyl)-3-(isoquinolin-4-yl)-1-[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]imidazolidin-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 8% Ethylene Glycol, 10% Peg 8000	分辨率 3.04 Å R-free 0.278
9Y8W MERS Mpro with EGT710 提交 2025-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3248–3553（306 aa）链 D 3248–3553（306 aa）	未记录	A1CBU (4S)-4-(iminomethyl)-3-(isoquinolin-4-yl)-1-[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]imidazolidin-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 8% Ethylene Glycol, 10% Peg 8000	分辨率 3.04 Å R-free 0.278
9YCK Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P15 RNA, monomeric form 提交 2025-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 4238–4377（140 aa）链 B 5909–6432（524 aa）	突变：E191A	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9YCM Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-U RNA 提交 2025-09-19	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 4238–4377（140 aa）链 B 5909–6432（524 aa）链 D 4238–4377（140 aa）链 E 5909–6432（524 aa）	突变：E191A 突变：E191A	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9YCN Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-A RNA 提交 2025-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 4238–4377（140 aa）链 B 5909–6432（524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
9YCO Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-G RNA 提交 2025-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 4238–4377（140 aa）链 B 5909–6432（524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	R1AB_MERS1
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–140； UniProt 4238–4377 作者链 D； PDB构建体 1–140； UniProt 4238–4377 作者链 B； PDB构建体 1–524； UniProt 5909–6432 作者链 E； PDB构建体 1–524； UniProt 5909–6432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ycl
沉积日期 deposition_date	2025-09-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P15 RNA, dimeric form
关键词 keywords	MERS-CoV, exoribonuclease, proofreading, coronavirus, RNA, VIRAL PROTEIN, Viral Protein-RNA complex; Viral Protein/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.02 Å
零角强度 I(0) i0	480827000.00
分子量 molecular_weight	162350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	195620 Å³
包络体积 envelope_volume	285270 Å³
水化壳体积 shell_volume	57551 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.43 Å
包络 Rg envelope_rg	44.78 Å
形状 Rg shape_rg	44.04 Å
总 Rg total_rg	43.97 Å
总原子数 total_atoms	11282
残基数 n_residues	1334
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.2 Å
Rg (实空间) rg_real	43.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	480700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6165
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	52.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.591
峰度 Kurtosis kurtosis	0.347
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.032; Positv: 1.000; Valcen: 0.919; Smooth: 0.736

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replicase polyprotein 1ab
分子量 formula_weight	14902.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	11282

AGSNTEFASNSSVLSLVNFTVDPQKAYLDFVNAGGAPLTNCVKMLTPKTGTGIAISVKPESTADQETYGGASVCLYCRAHIEHPDVSGVCKYKGKFVQIPAQCVRDPVGFCLSNTPCNVCQYWIGYGCNCDSLRQAALPQ

来源 Source

来源生物 organism	Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1335626
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Guanine-N7 methyltransferase nsp14
分子量 formula_weight	59190.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.56,3.1.13.-
突变 mutation	E191A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

SQIVTGLFKDCSRETSGLSPAYAPTYVSVDDKYKTSDELCVNLNLPANVPYSRVISRMGFKLDATVPGYPKLFITREEAVRQVRSWIGFDVEGAHASRNACGTNVPLQLGFSTGVNFVVQPVGVVDTEWGNMLTGIAARPPPGEQFKHLVPLMHKGAAWPIVRRRIVQMLSDTLDKLSDYCTFVCWAHGFALTSASYFCKIGKEQKCCMCNRRAAAYSSPLQSYACWTHSCGYDYVYNPFFVDVQQWGYVGNLATNHDRYCSVHQGAHVASNDAIMTRCLAIHSCFIERVDWDIEYPYISHEKKLNSCCRIVERNVVRAALLAGSFDKVYDIGNPKGIPIVDDPVVDWHYFDAQPLTRKVQQLFYTEDMASRFADGLCLFWNCNVPKYPNNAIVCRFDTRVHSEFNLPGCDGGSLYVNKHAFHTPAYDVSAFRDLKPLPFFYYSTTPCEVHGNGSMIEDIDYVPLKSAVCITACNLGGAVCRKHATEYREYMEAYNLVSASGFRLWCYKTFDIYNLWSTFTKVQ

来源 Source

来源生物 organism	Middle East respiratory syndrome-related coronavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1335626
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	T20P15 RNA
分子量 formula_weight	12478.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

GGGAAUGAUUAGGCUAAUUAUUCGUAAUUAGCCUAAUCC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	84344

fit	/app/data/saxs_computation/yc/9ycl/9ycl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yc/9ycl/9ycl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yc/9ycl/9ycl.dat

Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P15 RNA, dimeric form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicase polyprotein 1ab

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)