SAXSdb — 9ydf

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Solute carrier family 9 member C1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 859–1013	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.2 M Calcium chloride dihydrate	分辨率 2.18 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SL9C1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–173； UniProt 859–1013

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ydf
沉积日期 deposition_date	2025-09-22
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	Structure of the cyclic nucleotide binding domain of SLC9C1
关键词 keywords	;Transporter, cyclic nucleotide binding domain, sperm-specific protein, SGC, TRANSPORT PROTEIN, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Structural Genomics Consortium ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.31 Å
零角强度 I(0) i0	3788760.00
分子量 molecular_weight	14494.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18445 Å³
包络体积 envelope_volume	20682 Å³
水化壳体积 shell_volume	12379 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.9 Å
壳层 Rg shell_rg	19.87 Å
包络 Rg envelope_rg	14.49 Å
形状 Rg shape_rg	14.31 Å
总 Rg total_rg	15.50 Å
总原子数 total_atoms	1017
残基数 n_residues	131
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	47.5 Å
Rg (实空间) rg_real	15.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7890e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8670e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3789000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9091
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.056
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	388300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.979

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Solute carrier family 9 member C1
分子量 formula_weight	19986.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1043

MHHHHHHSSGRENLYFQGPLTVEEVLYHIPWLDKNKDYINFIQEKAKVVTFDCGNDIFEEGDEPKGIYIIISGMVKLEKSKPGLGIDQMVESKEKDFPIIDTDYMLSGEIIGEINCLTNEPMKYSATCKTVVETCFIPKTHLYDAFEQCSPLIKQKMWLKLGLAITARKIREH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	19

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	45.788 Å
晶胞边长 b length_b	45.788 Å
晶胞边长 c length_c	276.932 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.180 Å
最低分辨率 resolution_low	46.160 Å
R 因子 r_factor	0.2042
R_work r_work	0.2026
R_free r_free	0.2374

fit	/app/data/saxs_computation/yd/9ydf/9ydf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yd/9ydf/9ydf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yd/9ydf/9ydf.dat

Structure of the cyclic nucleotide binding domain of SLC9C1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Solute carrier family 9 member C1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction