9ydm

Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.4 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 22

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–303	未记录	EOH ETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 A1CU3 N-(3-methyl-1H-pyrazol-5-yl)-3-phenylpropanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2, and 25% PEG 3350	分辨率 1.99 Å R-free 0.276
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–303	未记录	EOH ETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1CU3 N-(3-methyl-1H-pyrazol-5-yl)-3-phenylpropanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2, and 25% PEG 3350	分辨率 1.99 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YDM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2P6X Crystal structure of human tyrosine phosphatase PTPN22 提交 2007-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–302（302 aa）片段：PTPN22, Tyrosine-protein phosphatase catalytic domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；293 K；100 mM Bicine pH 7.9, 25% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.217
2P6X Crystal structure of human tyrosine phosphatase PTPN22 提交 2007-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–302（302 aa）片段：PTPN22, Tyrosine-protein phosphatase catalytic domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；293 K；100 mM Bicine pH 7.9, 25% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.217
2QCJ Native Structure of Lyp 提交 2007-06-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–294（294 aa）片段：catalytic domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；293 K；20% PEG 3350, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.307
2QCJ Native Structure of Lyp 提交 2007-06-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–294（294 aa）片段：catalytic domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；293 K；20% PEG 3350, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.307
2QCT Structure of Lyp with inhibitor I-C11 提交 2007-06-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–294（294 aa）片段：catalytic domain	未记录	561 6-HYDROXY-3-{(4R)-1-[4-(1-NAPHTHYLAMINO)-4-OXOBUTYL]-1,2,3-TRIAZOLIDIN-4-YL}-1-BENZOFURAN-5-CARBOXYLIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.2；293 K；0.2M sodium formate, 20% PEG3350, 2.5% ethyl glycerol, pH 7.2, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2QCT Structure of Lyp with inhibitor I-C11 提交 2007-06-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–294（294 aa）片段：catalytic domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.2；293 K；0.2M sodium formate, 20% PEG3350, 2.5% ethyl glycerol, pH 7.2, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
3BRH Protein Tyrosine Phosphatase PTPN-22 (Lyp) bound to the mono-Phosphorylated Lck active site peptide 提交 2007-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：Substrate Trapped Catalytic Domain	突变：D195A, C227S	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Bicine, 20% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
3BRH Protein Tyrosine Phosphatase PTPN-22 (Lyp) bound to the mono-Phosphorylated Lck active site peptide 提交 2007-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–310（310 aa）片段：Substrate Trapped Catalytic Domain	突变：D195A, C227S	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Bicine, 20% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
3H2X Crystal Structure of The Human Lymphoid Tyrosine Phosphatase Catalytic Domain 提交 2009-04-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–302（302 aa）片段：Catalytic Domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291.15 K；2.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES, 0.2 M Na/KPO4, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.20 Å R-free 0.204
3OLR PTPN22 in complex with consensus phospho-tyrosine peptide 1 提交 2010-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–294（294 aa）片段：UNP residues 1-294	突变：C227S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.1M Tris-Hcl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.210
3OLR PTPN22 in complex with consensus phospho-tyrosine peptide 1 提交 2010-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–294（294 aa）片段：UNP residues 1-294	突变：C227S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.1M Tris-Hcl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.210
3OLR PTPN22 in complex with consensus phospho-tyrosine peptide 1 提交 2010-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–294（294 aa）片段：UNP residues 1-294	突变：C227S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.1M Tris-Hcl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.210
3OLR PTPN22 in complex with consensus phospho-tyrosine peptide 1 提交 2010-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–294（294 aa）片段：UNP residues 1-294	突变：C227S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.1M Tris-Hcl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.210
3OMH Crystal structure of PTPN22 in complex with SKAP-HOM pTyr75 peptide 提交 2010-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–294（294 aa）片段：Tyrosine-protein phosphatase domain residues 1-294	突变：C227S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.1M Tris-Hcl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
3OMH Crystal structure of PTPN22 in complex with SKAP-HOM pTyr75 peptide 提交 2010-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–294（294 aa）片段：Tyrosine-protein phosphatase domain residues 1-294	突变：C227S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.1M Tris-Hcl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
3OMH Crystal structure of PTPN22 in complex with SKAP-HOM pTyr75 peptide 提交 2010-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–294（294 aa）片段：Tyrosine-protein phosphatase domain residues 1-294	突变：C227S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.1M Tris-Hcl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
3OMH Crystal structure of PTPN22 in complex with SKAP-HOM pTyr75 peptide 提交 2010-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–294（294 aa）片段：Tyrosine-protein phosphatase domain residues 1-294	突变：C227S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.1M Tris-Hcl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
4J51 Cyrstal structure of protein tyrosine phosphatase Lyp catalytic domain complex with small molecular inhibitor L75N04 提交 2013-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–303（303 aa）	未记录	N75 3-[(3-chlorophenyl)ethynyl]-2-{4-[2-(cyclopropylamino)-2-oxoethoxy]phenyl}-6-hydroxy-1-benzofuran-5-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；0.2 M sodium formate (pH 7.2) and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
4J51 Cyrstal structure of protein tyrosine phosphatase Lyp catalytic domain complex with small molecular inhibitor L75N04 提交 2013-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–303（303 aa）	未记录	N75 3-[(3-chlorophenyl)ethynyl]-2-{4-[2-(cyclopropylamino)-2-oxoethoxy]phenyl}-6-hydroxy-1-benzofuran-5-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；0.2 M sodium formate (pH 7.2) and 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
7AAM Crystal structure of the F-BAR domain of PSTIPIP1 bound to the CTH domain of the phosphatase LYP 提交 2020-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 787–807（21 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100 mM Bis-Tris-propane (pH=6.0), 20% (w/v) PEG 3350, 200 mM sodium citrate. LYP-CTH peptide was soaked into preformed crystals of the F-BAR domain of PSTPIP1.	分辨率 2.15 Å R-free 0.241
9YG0 Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach 提交 2025-09-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–303（303 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 EOH ETHANOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CWM 1-[(3S)-3-amino-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl]-3-phenylpropan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；PEGII C9: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, & 16 % PEG 4000	分辨率 1.76 Å R-free 0.240
9YG0 Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach 提交 2025-09-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–303（303 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 A1CWM 1-[(3S)-3-amino-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl]-3-phenylpropan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；PEGII C9: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, & 16 % PEG 4000	分辨率 1.76 Å R-free 0.240
9YG0 Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach 提交 2025-09-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–303（303 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CWM 1-[(3S)-3-amino-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl]-3-phenylpropan-1-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；PEGII C9: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, & 16 % PEG 4000	分辨率 1.76 Å R-free 0.240
9YG0 Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach 提交 2025-09-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–303（303 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2 A1CWM 1-[(3S)-3-amino-2,3-dihydro-1H-indol-1-yl]-3-phenylpropan-1-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；PEGII C9: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, & 16 % PEG 4000	分辨率 1.76 Å R-free 0.240
9YG1 Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach 提交 2025-09-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–303（303 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 3 A1CWL 1-phenyl-1H-pyrazol-4-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；PEGII C9: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, & 16% PEG 4000	分辨率 1.97 Å R-free 0.224
9YG1 Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach 提交 2025-09-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–303（303 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；PEGII C9: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, & 16% PEG 4000	分辨率 1.97 Å R-free 0.224
9YG2 Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach 提交 2025-09-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–303（303 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 A1CWK 5-chloro-3-methyl-1-[(3R)-pyrrolidin-3-yl]-1H-indole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；PTPN22-PD303 (20mg/ml), PEGII C9: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M MgCl2, & 16 % PEG 4000	分辨率 2.26 Å R-free 0.242
9YG2 Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach 提交 2025-09-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–303（303 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；PTPN22-PD303 (20mg/ml), PEGII C9: 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M MgCl2, & 16 % PEG 4000	分辨率 2.26 Å R-free 0.242
9YG3 Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach 提交 2025-09-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–303（303 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；0.2M MgCl2, 25.00%w/v PEG 3350, 0.10M HEPES, pH 7.5	分辨率 1.96 Å R-free 0.241
9YG3 Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach 提交 2025-09-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–303（303 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；0.2M MgCl2, 25.00%w/v PEG 3350, 0.10M HEPES, pH 7.5	分辨率 1.96 Å R-free 0.241

共 13 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTN22_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–318； UniProt 1–303 作者链 B； PDB构建体 16–318； UniProt 1–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ydm
沉积日期 deposition_date	2025-09-22
结构标题 title	Targeting PTPN22 at non-orthosteric binding sites - a fragment approach
关键词 keywords	non-receptor protein tyrosine phosphatase, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.67 Å
零角强度 I(0) i0	76014000.00
分子量 molecular_weight	70145.0 kDa
排除体积 excluded_volume	88152 Å³
包络体积 envelope_volume	109430 Å³
水化壳体积 shell_volume	31563 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.79 Å
包络 Rg envelope_rg	30.05 Å
形状 Rg shape_rg	29.65 Å
总 Rg total_rg	30.33 Å
总原子数 total_atoms	9729
残基数 n_residues	599
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.4 Å
Rg (实空间) rg_real	30.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	76010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8680
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.452
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.422
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.885; Smooth: 0.873

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 22
分子量 formula_weight	37755.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10122

HHHHHHGENLYFQGSMDQREILQKFLDEAQSKKITKEEFANEFLKLKRQSTKYKADKTYPTTVAEKPKNIKKNRYKDILPYDYSRVELSLITSDEDSSYINANFIKGVYGPKAYIATQGPLSTTLLDFWRMIWEYSVLIIVMACMEYEMGKKKCERYWAEPGEMQLEFGPFSVSCEAEKRKSDYIIRTLKVKFNSETRTIYQFHYKNWPDHDVPSSIDPILELIWDVRCYQEDDSVPICIHCSAGCGRTGVICAIDYTWMLLKDGIIPENFSVFSLIREMRTQRPSLVQTQEQYELVYNAVLELFKRQMDVIRDKHSGGNS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N-(3-methyl-1H-pyrazol-5-yl)-3-phenylpropanamide
分子量 formula_weight	229.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	377

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.209 Å
晶胞边长 b length_b	48.640 Å
晶胞边长 c length_c	120.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	57.910 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	0.2329
R_free r_free	0.2757

fit	/app/data/saxs_computation/yd/9ydm/9ydm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yd/9ydm/9ydm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yd/9ydm/9ydm.dat