SAXSdb — 9ydx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar M-ring protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric（34）与蛋白拷贝数一致	链 Aa； UniProt 256–453 链 Ab； UniProt 256–453 链 Ac； UniProt 256–453 链 Ad； UniProt 256–453 链 Ae； UniProt 256–453 链 Af； UniProt 256–453 链 Ag； UniProt 256–453 链 Ah； UniProt 256–453 链 Ai； UniProt 256–453 链 Aj； UniProt 256–453 链 Ak； UniProt 256–453 链 Al； UniProt 256–453 链 Am； UniProt 256–453 链 An； UniProt 256–453 链 Ao； UniProt 256–453 链 Ap； UniProt 256–453 链 Aq； UniProt 256–453 链 Ar； UniProt 256–453 链 As； UniProt 256–453 链 At； UniProt 256–453 链 Au； UniProt 256–453 链 Av； UniProt 256–453 链 Aw； UniProt 256–453 链 Ax； UniProt 256–453 链 Ay； UniProt 256–453 链 Az； UniProt 256–453 链 Ba； UniProt 256–453 链 Bb； UniProt 256–453 链 Bc； UniProt 256–453 链 Bd； UniProt 256–453 链 Be； UniProt 256–453 链 Bf； UniProt 256–453 链 Bg； UniProt 256–453 链 Bh； UniProt 256–453	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YDX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9YH7 Composite structure of the sheathed flagellar motor in Vibrio cholerae adopting a higher FOMC conformation 提交 2025-09-30	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 407 PDB 声明：407-meric	链 Oj 256–453（198 aa）链 Ok 256–453（198 aa）链 Ol 256–453（198 aa）链 Om 256–453（198 aa）链 On 256–453（198 aa）链 Oo 256–453（198 aa）链 Op 256–453（198 aa）链 Oq 256–453（198 aa）链 Or 256–453（198 aa）链 Os 256–453（198 aa）链 Ot 256–453（198 aa）链 Ou 256–453（198 aa）链 Ov 256–453（198 aa）链 Ow 256–453（198 aa）链 Ox 256–453（198 aa）链 Oy 256–453（198 aa）链 Oz 256–453（198 aa）链 Pa 256–453（198 aa）链 Pb 256–453（198 aa）链 Pc 256–453（198 aa）链 Pd 256–453（198 aa）链 Pe 256–453（198 aa）链 Pf 256–453（198 aa）链 Pg 256–453（198 aa）链 Ph 256–453（198 aa）链 Pi 256–453（198 aa）链 Pj 256–453（198 aa）链 Pk 256–453（198 aa）链 Pl 256–453（198 aa）链 Pm 256–453（198 aa）链 Pn 256–453（198 aa）链 Po 256–453（198 aa）链 Pp 256–453（198 aa）链 Pq 256–453（198 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.60 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KQ69_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Aa； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ab； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ac； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ad； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ae； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Af； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ag； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ah； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ai； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Aj； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ak； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Al； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Am； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 An； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ao； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ap； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Aq； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ar； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 As； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 At； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Au； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Av； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Aw； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ax； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ay； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Az； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Ba； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Bb； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Bc； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Bd； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Be； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Bf； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Bg； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453 作者链 Bh； PDB构建体 1–198； UniProt 256–453

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ydx
沉积日期 deposition_date	2025-09-23
结构标题 title	RBM3 domain of FliF protein in MS-ring of flagellar motor in Vibrio cholerae
关键词 keywords	In situ cryo-EM, sheathed flagellar motor, Vibrio cholerae, MS-ring, FliF, assembled state, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	83.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	84.29 Å
零角强度 I(0) i0	4377160000.00
分子量 molecular_weight	547430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	680400 Å³
包络体积 envelope_volume	1418300 Å³
水化壳体积 shell_volume	148010 Å³
包络直径 envelope_diameter	231.0 Å
壳层 Rg shell_rg	86.00 Å
包络 Rg envelope_rg	73.74 Å
形状 Rg shape_rg	84.22 Å
总 Rg total_rg	84.56 Å
总原子数 total_atoms	38556
残基数 n_residues	4896
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	217.5 Å
Rg (实空间) rg_real	83.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	84.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4388000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8459
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	137.4 Å
偏度 Skewness skewness	-0.120
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.871
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0025
最高正则化参数 α highest_alpha	117700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.998; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	44428

描述 description	Flagellar M-ring protein
分子量 formula_weight	21495.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aa,Ab,Ac,Ad,Ae,Af,Ag,Ah,Ai,Aj,Ak,Al,Am,An,Ao,Ap,Aq,Ar,As,At,Au,Av,Aw,Ax,Ay,Az,Ba,Bb,Bc,Bd,Be,Bf,Bg,Bh
原子数 atom_count	38556

RBM3 domain of FliF protein in MS-ring of flagellar motor in Vibrio cholerae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar M-ring protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/yd/9ydx/9ydx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yd/9ydx/9ydx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yd/9ydx/9ydx.dat