SAXSdb — 9yft

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp53

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 FA； UniProt 1–885	未记录	Non-contractile tail sheath × 1 （A0MZE7） Gp54 × 12 （Q859Q3）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.61 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q859Q2_BPN4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 FA； PDB构建体 1–885； UniProt 1–885

Non-contractile tail sheath

物种未注明

UniProt A0MZE7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 LA； UniProt 1–1382	未记录	Gp53 × 1 （Q859Q2） Gp54 × 12 （Q859Q3）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.61 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YFT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9LC0 tail complex of mature phage N4 提交 2025-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 I 1–1382（1382 aa）链 N 1–1382（1382 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9LC0 tail complex of mature phage N4 提交 2025-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 I 1–1382（1382 aa）链 N 1–1382（1382 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9LC0 tail complex of mature phage N4 提交 2025-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 I 1–1382（1382 aa）链 N 1–1382（1382 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9YF4 N4 Full Virion C6 Tail 提交 2025-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 96 PDB 声明：96-meric	链 LA 1–1382（1382 aa）链 LB 1–1382（1382 aa）链 LC 1–1382（1382 aa）链 LD 1–1382（1382 aa）链 LE 1–1382（1382 aa）链 LF 1–1382（1382 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.28 Å
9YF5 N4 Empty Particle C6 Tail 提交 2025-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：84-meric	链 LA 1–1382（1382 aa）链 LB 1–1382（1382 aa）链 LC 1–1382（1382 aa）链 LD 1–1382（1382 aa）链 LE 1–1382（1382 aa）链 LF 1–1382（1382 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCTSP_BPN4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 LA； PDB构建体 1–1382； UniProt 1–1382

Gp54

物种未注明

UniProt Q859Q3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 TA； UniProt 1–299 链 TB； UniProt 1–299 链 TC； UniProt 1–299 链 TD； UniProt 1–299 链 TE； UniProt 1–299 链 TF； UniProt 1–299 链 TG； UniProt 1–299 链 TH； UniProt 1–299 链 TI； UniProt 1–299 链 TJ； UniProt 1–299 链 TK； UniProt 1–299 链 TL； UniProt 1–299	未记录	Gp53 × 1 （Q859Q2） Non-contractile tail sheath × 1 （A0MZE7）	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.61 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YFT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9LC0 tail complex of mature phage N4 提交 2025-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 K 1–299（299 aa）链 P 1–299（299 aa）链 T 1–299（299 aa）链 U 1–299（299 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9LC0 tail complex of mature phage N4 提交 2025-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 K 1–299（299 aa）链 P 1–299（299 aa）链 T 1–299（299 aa）链 U 1–299（299 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9LC0 tail complex of mature phage N4 提交 2025-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 K 1–299（299 aa）链 P 1–299（299 aa）链 T 1–299（299 aa）链 U 1–299（299 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9YF4 N4 Full Virion C6 Tail 提交 2025-09-25	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 96 PDB 声明：96-meric	链 TA 1–299（299 aa）链 TB 1–299（299 aa）链 TC 1–299（299 aa）链 TD 1–299（299 aa）链 TE 1–299（299 aa）链 TF 1–299（299 aa）链 TG 1–299（299 aa）链 TH 1–299（299 aa）链 TI 1–299（299 aa）链 TJ 1–299（299 aa）链 TK 1–299（299 aa）链 TL 1–299（299 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.28 Å
9YF5 N4 Empty Particle C6 Tail 提交 2025-09-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：84-meric	链 TA 1–299（299 aa）链 TB 1–299（299 aa）链 TC 1–299（299 aa）链 TD 1–299（299 aa）链 TE 1–299（299 aa）链 TF 1–299（299 aa）链 TG 1–299（299 aa）链 TH 1–299（299 aa）链 TI 1–299（299 aa）链 TJ 1–299（299 aa）链 TK 1–299（299 aa）链 TL 1–299（299 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q859Q3_BPN4
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 TA； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TB； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TC； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TD； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TE； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TF； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TG； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TH； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TI； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TJ； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TK； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299 作者链 TL； PDB构建体 1–299； UniProt 1–299

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yft
沉积日期 deposition_date	2025-09-26
结构标题 title	N4 Bacteriophage Asymmetric Tail Gating Complex
关键词 keywords	bacteriophage, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.32 Å
零角强度 I(0) i0	599545000.00
分子量 molecular_weight	200940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	251160 Å³
包络体积 envelope_volume	362150 Å³
水化壳体积 shell_volume	66613 Å³
包络直径 envelope_diameter	230.0 Å
壳层 Rg shell_rg	47.71 Å
包络 Rg envelope_rg	54.49 Å
形状 Rg shape_rg	51.31 Å
总 Rg total_rg	51.21 Å
总原子数 total_atoms	14173
残基数 n_residues	1832
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.1 Å
Rg (实空间) rg_real	44.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	597800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7231
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.482
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.196
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1040
最高正则化参数 α highest_alpha	60650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.010; Oscil: 0.898; Stabil: 0.989; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.784

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gp53
分子量 formula_weight	97954.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	FA
原子数 atom_count	14173

MGLFSSKTKIYVASSVYNLAGDIHKRPNYLKTTVIGNIVSKSDFSMGDTITDSYLNGPGIRLRRFPGWAATNYDPSIGIAYGNLSILSQVDPEVVKWQVPQKAGYEVQVQSSRIGFGDFEEWADKFLYENYPDRITEEFEIDIMDDDRIVLTATDGSELSFYPKNYSQDAMYLYVNYYYIQPTSVADPVVHPAVSVSSADDLPSTSEWTQVSQNHTPKSATLKTVTHIKSVFSDGRPDEESTNTEEEQVSWTNFSDVYEKEFREPSEVGLIIIRKTIMTQVQTGTVSTGSTTNTEVIDLGGGVTETRTTTVTTDTLGHTWSYQNTDVVTTLSAGGMPQLFIYKQNSGNAVLDALFINKTTNNRFYSFIPIRSDKNWISGSTYTLCKKAFKKATGGKISDIMDDLKKNKDIGDIQYIYAVFGCSLNSPENTAKEYIYRFFQLVNQSMPADPNYPTMDALVEGFAQANRDFDAYQEWWESRSGNRDIPIGKPPKRPVYPTIPSKSINIRSNGGYRYNMTISWNFIEESVGSGKAFSGAKKGQLKFAYEGTVVLMQKAVMYSEKGNDKVGFTIYRLDKITMYWQDGDNSWRKISVYGLNHNNNVYKNKSVSISGVDALNDDEESGFIIPLHNNIYRSMSLVNGTQLSTACCYLVLNSYKKVKKKWYQSGIFKVVVVVVAVVVSVFFTPAAGAGVMGTAASIGAALGFAGLAAIIVGAVANAIAAMILMSIIQTVSVSLLGDKIGIIVATIASMVAMNVGTALSTGSSMSTMLGEMMKADNIIKLTSSVGNGISDYINASAMETVKKTEKLMAEYRDQMKTIQEKYEEMFGTEGMGYIDPMNLTNVGQQFEPLDSFLSRTLMTGHDIADMSNNMITNFTDITLQLDLDT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Non-contractile tail sheath
分子量 formula_weight	154255.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	LA

MSIEDYLKGKNCLASPNYDPDDQHSSWREDLPQFKKDREHLTLVNTRRNRTYNTKLNRFDPEYWVVDYNALMVATIIPYGSKSFKVPCQWRTNKDFLGVRWMTEDTFDHHLYRYETDPNYLGLILAFRHNPDEPDKFTVTIQTPEKAYTYRLAPYGFNNKTRRWECLDTKYGTKRTYQADIFVATDEDIPESEMTEVYGTKDYIFILDFADLRTGVAFNGVTINPRNITMISFDCTEAHHGLGKDAYIAAMYNNDDGATFQMEIGGIHTNAALAAGDKLQCIWRYLDVNGNAQAAENEFEVVSYEGFGTSNFSVKCKGMLPGKFIGCDAFYGKYLQTDGPIKQVDSVKWFTNLTVSGSGRKQLGQRKYPQVVMGMGMTSGFDDGYNLTPERQVKMAYGLGYRDWWTTYIGMSHYWKGLTAFQDKETGELITEQTVLDYPILFAGESQVAIHFMSGAYPDRGYDVFQKYMTETWGINYAGVHPINGTTGSTAVDRACAVNPNSEVFDPTQSSGAGGLWWWDLEADKPGPALLHCVGQVGKLKPKAIIWGQGDQDATALAYPGDRNPAPSLTRTKQATKKVFEYLRSLYGQIPIFIQELSYAWGITNTDAPNVPIRTGLPSFLAARRNTWGDIEFRWKSYGLDPALAQYRIEIYNPSNLNQILHSFVVSGTQEANGYVYADFTVEDWIPVMMEAVGSPNPWEFMKWRVVCLYQEREIPSAPWSDNIPLDNAGLVKKTILVGINQFGGGHFTDMSDPTATTANGAIGRKDKVSASTLRLTFAEKAGLRPIQVMPVNVAADSAGMTVGTHKWWNTSSNSPGDALLAINDMVKGLGVKPDYFIEANPWETMYMKDVNSSTWPALMTAFESSNKAMLAWMRTNWGNPNLEIWFQGATTVWFGVAPPNDLNSEATVTVRDKQIQMATANIGFKLGSFVPGSNLYTAYRNVESSWIYYTVEAFHATAIELGEALALNINRATNPPDWSYLRPPANLQGRKLATRDIKMTWDNRAGITHWKYANRHVTTGAEISSGILTSPEYVFTLNDQQNAYNGDTLNMSFSVSEYAADSGAVGASSSFVGVVQNGSYMQTPTQLKAAKQLNGDIIFTWVGRPSWQHFWVVNTSVNDSKTVIFSKEWSSESLTWTVAEQNEFYGLEEGGATHVIFMVSEYDPSNGLVSIGAQVTGQAEQPSNPMNPVAGLYAVFTGDPGNSNIKIMWDKPSVGGRDVRIRNMHVTSSATISDQFVSDNNLVFTREEQVAAYGFTASSVSVRAQEHDIESGALGLTTEYVAVPETAGTVGQGFAKKDSVGNCTMSWEVGDAVQWQVEILNAENSTVVKTEIVVAPTITWMAEEITAEYGYLTDHMVWRVRPYRADGASNVAKQFDMTATL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Gp54
分子量 formula_weight	32438.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	TA,TB,TC,TD,TE,TF,TG,TH,TI,TJ,TK,TL

MSCGAELEANALLTALVAGEDFTLPDIDMSGSEYDIPGGINSPIYAEIEKITTEQLTTREVGGSGVFDALMQSASNHLLAEFKNNRITGGDYVKAYIATMEACMANAVQFLTTKDQAYWNAVTAQVAAITARANLGIIKANFVTAKIQALATKAEYALTKLKLSNESVTYCTAQYNLSSMLPQQLLMLKNQTTQVAEQTKLTTEQINMTKEQKEAQRAQTSDTRTDGTRVAGSVGKQKELYDQQITSYKRDAEVKAAKLFTDAWVTQKTIDEGLSPPNGFTNSSLDSILTALKNNNALG

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.61 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	18434

fit	/app/data/saxs_computation/yf/9yft/9yft.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yf/9yft/9yft.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yf/9yft/9yft.dat

N4 Bacteriophage Asymmetric Tail Gating Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gp53

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Non-contractile tail sheath

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gp54

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)