SAXSdb — 9ype

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cmp-binding-factor 1

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 6 RNA 1 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–313 链 B； UniProt 1–313 链 C； UniProt 1–313 链 D； UniProt 1–313 链 E； UniProt 1–313 链 F； UniProt 1–313	突变：D193A	RNA × 1 MAGNESIUM ION × 12 PHOSPHATE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YPE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9O7T S. aureus YhaM D193A, 4 N-terminal domains, 2 RNA substrates 提交 2025-04-15	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–313（313 aa）链 B 1–313（313 aa）链 C 1–313（313 aa）链 D 1–313（313 aa）链 E 1–313（313 aa）链 F 1–313（313 aa）	突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.26 Å
9OV1 S. aureus YhaM D193A hexamer, D3 refinement 提交 2025-05-29	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–313（313 aa）链 B 1–313（313 aa）链 C 1–313（313 aa）链 D 1–313（313 aa）链 E 1–313（313 aa）链 F 1–313（313 aa）	突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.36 Å
9YPF S. aureus YhaM D193A hexamer, 3 NTDs, hairpin RNA substrate 提交 2025-10-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–313（313 aa）链 B 1–313（313 aa）链 C 1–313（313 aa）链 D 1–313（313 aa）链 E 1–313（313 aa）链 F 1–313（313 aa）	突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A 突变：D193A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0H2XHZ3_STAA3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–313； UniProt 1–313 作者链 B； PDB构建体 1–313； UniProt 1–313 作者链 C； PDB构建体 1–313； UniProt 1–313 作者链 D； PDB构建体 1–313； UniProt 1–313 作者链 E； PDB构建体 1–313； UniProt 1–313 作者链 F； PDB构建体 1–313； UniProt 1–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ype
沉积日期 deposition_date	2025-10-14
结构标题 title	S. aureus YhaM D193A hexamer, 2 NTDs, hairpin RNA substrate
关键词 keywords	exonuclease, translation, RNA, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.60 Å
零角强度 I(0) i0	488190000.00
分子量 molecular_weight	175080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	217430 Å³
包络体积 envelope_volume	288080 Å³
水化壳体积 shell_volume	64577 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.4 Å
壳层 Rg shell_rg	44.50 Å
包络 Rg envelope_rg	34.65 Å
形状 Rg shape_rg	35.58 Å
总 Rg total_rg	36.26 Å
总原子数 total_atoms	12286
残基数 n_residues	1484
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	488300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8996
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.028
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	116300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.929

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cmp-binding-factor 1
分子量 formula_weight	35785.8 kDa
突变 mutation	D193A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	12286

MRNIENLNPGDSVDHFFLVHKATQGVTAQGKDYMTLHLQDKSGEIEAKFWTATKNDMATIKPEEIVHVKGDIINYRGNKQMKVNQIRLATTEDQLKTEQFVDGAPLSPAEIQEEISHYLLDIENANLQRITRHLLKKYQERFYTYPAASSHHHNFASGLSYHVLTMLRIAKSICDIYPLLNKSLLYSGIILHAIGKVRELSGPVATSYTVEGNLLGHISIASDEVVEAARELNIEGEEIMLLRHMILSHHGKLEYGSPKLPYLKEAEILCYIDNIDARMNMFEKAYKKTDKGQFTDKIFGLENRRFYNPESLD

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	12636.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

UAAAGCACUUGUGUUUUUGCACAAGUGCUUUUUUAUACUC

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	224020

fit	/app/data/saxs_computation/yp/9ype/9ype.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yp/9ype/9ype.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yp/9ype/9ype.dat

S. aureus YhaM D193A hexamer, 2 NTDs, hairpin RNA substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cmp-binding-factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)