SAXSdb — 9yq4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hyaluronan synthase

Paramecium bursaria Chlorella virus CZ-2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–561	未记录	nanobody Nb872 × 1 nanobody Nb881 × 1 UGA URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YQ4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7SP6 Chlorella virus hyaluronan synthase 提交 2021-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–561（560 aa）	突变：D302N	Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7SP7 Chlorella virus hyaluronan synthase inhibited by UDP 提交 2021-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–561（560 aa）	未记录	3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample incubated on grid 30s before blotting. Blot 4 seconds with force 4.	分辨率 3.10 Å
7SP8 Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to UDP-GlcNAc 提交 2021-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–561（560 aa）	突变：D302N	UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7SP9 Chlorella virus Hyaluronan Synthase in the GlcNAc-primed channel-closed state 提交 2021-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–561（560 aa）	突变：D302N	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7SPA Chlorella virus Hyaluronan Synthase in the GlcNAc-primed, channel-open state 提交 2021-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–561（560 aa）	突变：D302N	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8SNC Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer 提交 2023-04-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–561（560 aa）	未记录	Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8SND Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcNAc primer and UDP-GlcA 提交 2023-04-27	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–561（560 aa）	突变：D302N	3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 UGA URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8SNE Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer and UDP 提交 2023-04-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–561（560 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9KQC Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to VNAR 提交 2024-11-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–561（560 aa）	未记录	UD1 URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9YQ2 Chlorella virus hyaluronan synthase bound to DDM 提交 2025-10-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–561（560 aa）	未记录	Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9YQ5 Chlorella virus hyaluronan synthase bound to an inserted UDP-GlcA 提交 2025-10-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–561（560 aa）	未记录	UGA URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M1H2Q1_9PHYC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–562； UniProt 2–561

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yq4
沉积日期 deposition_date	2025-10-15
最后修订 last_revision	2025-12-10
结构标题 title	Chlorella virus hyaluronan synthase bound to a proofreading UDP-GlcA
关键词 keywords	Glycosyltransferase, Membrane Protein, Hyaluronan Synthase, Substrate, TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex; TRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.92 Å
零角强度 I(0) i0	107133000.00
分子量 molecular_weight	85070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107260 Å³
包络体积 envelope_volume	138330 Å³
水化壳体积 shell_volume	36090 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.93 Å
包络 Rg envelope_rg	37.44 Å
形状 Rg shape_rg	36.92 Å
总 Rg total_rg	36.92 Å
总原子数 total_atoms	5993
残基数 n_residues	739
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.0 Å
Rg (实空间) rg_real	37.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	107100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7080
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.767
峰度 Kurtosis kurtosis	0.012
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.412; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.223; Smooth: 0.740

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hyaluronan synthase
分子量 formula_weight	65889.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.212
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5993

MGTSWRTIVSANLFAVGGALLMLAPAIVGYVFQWNIGVSAVWGISVYGVFVLGFYIAQIVFSEFNRMRLSDWISLRPDNWNATRVAVIIAGYREDPFMFKKCLESVRDSEYGNVARLICVIDGDEEEDLKMAEIYKQVYNDNVKKPGVVLCESENKNGSTIDSDVSKNICILQPHRGKRESLYTGFQLASMDPSVHAVVLIDSDTVLEKNAILEVVYPLSCDPNIKAVAGECKIWNTDTILSMLVSWRYFSAFNVERGAQSLWKTVQCVGGPLGAYTIDIINEIKDPWITQTFLGNKCTYGDNRRLTNEVLMRGKKIVYTPFAVGWSDSPTNVMRYIVQQTRWSKSWCREIWYTLGSAWKHGFSGIYLAFECMYQIMYFFLVMYLFSYIAIKADIRAQTATVLVSTLVTIIKSSYLALRAKNLKAFYFVLYTYVYFFCMIPARITAMFTMFDIAWGTRGGNAKMTIGARVWLWAKQFLITYMWWAGVLAAGVYSIVDNWYFDWADIQYRFALVGICSYLVFVSIVLVIYLIGKITTWNYTPLQKELIEERYLHNASENAPEVLEHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Paramecium bursaria Chlorella virus CZ-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1278251
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	nanobody Nb872
分子量 formula_weight	14783.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QVQLVESGGGLVQAGGSLKVSCAASGRAFKTYRMAWFRQAPGKEREFVSGISALETTYYADSVKGRFTISRDNTKNTVSLQMDSLKPEDTAVYYCAARRYGGTDYTTTGSYDYWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	nanobody Nb881
分子量 formula_weight	14956.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QVQLVESGGGLVQAGGSLRLACAASGRIFSSDTLAWFRRAPGKEREFVAASRWSGGGTDYADSVKGRFTFSRDNTFNTMCLEMNSLKPEDTAVYYCALRTARDSYYYTRNPTGYDYWGQGTQSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID ;
分子量 formula_weight	580.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	64146

fit	/app/data/saxs_computation/yq/9yq4/9yq4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yq/9yq4/9yq4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yq/9yq4/9yq4.dat

Chlorella virus hyaluronan synthase bound to a proofreading UDP-GlcA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hyaluronan synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)