9ysq

Structure of a human NUAK1-MARK3 kinase domain chimera in complex with inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3

Homo sapiens

UniProt P27448

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 48–370 突变:I62L, L72R, V116I, G137K, F141Y, A146E A1CZY 3-({5-chloro-2-[2-(difluoromethoxy)-4-(4-methylpiperazin-1-yl)anilino]pyrimidin-4-yl}amino)thiophene-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;0.1M HEPES pH 7.0, 0.2M magnesium formate, 17% PEG3350 分辨率 2.40 Å R-free 0.248
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 48–370 突变:I62L, L72R, V116I, G137K, F141Y, A146E A1CZY 3-({5-chloro-2-[2-(difluoromethoxy)-4-(4-methylpiperazin-1-yl)anilino]pyrimidin-4-yl}amino)thiophene-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;0.1M HEPES pH 7.0, 0.2M magnesium formate, 17% PEG3350 分辨率 2.40 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MARK3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–328; UniProt 48–370 作者链 B; PDB构建体 6–328; UniProt 48–370

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ysq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ysq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ysq
沉积日期 deposition_date2025-10-19
最后修订 last_revision2026-04-08
结构标题 titleStructure of a human NUAK1-MARK3 kinase domain chimera in complex with inhibitor
关键词 keywordsHippo Pathway, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.42
零角强度 I(0) i0151583000.00
分子量 molecular_weight65510.0 kDa
排除体积 excluded_volume63590 ų
包络体积 envelope_volume113880 ų
水化壳体积 shell_volume33301 ų
包络直径 envelope_diameter92.4
壳层 Rg shell_rg35.80
包络 Rg envelope_rg27.99
形状 Rg shape_rg28.39
总 Rg total_rg29.02
总原子数 total_atoms4969
残基数 n_residues616
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.4
Rg (实空间) rg_real29.13
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real1.5160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal151600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9109
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary40.9
偏度 Skewness skewness0.171
峰度 Kurtosis kurtosis-0.577
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18730000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.929

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)