SAXSdb — 9yts

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin-neuraminidase

Human respirovirus 3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 10 其他聚合物 2 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 135–572 链 F； UniProt 135–572	未记录	PIV3HN-09 Fab HC × 2 PIV3HN-09 Fab KC × 2 5217-2 Fab HC × 2 5217-2 Fab KC × 2 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.29 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9YTS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9B2W PIV3 HN with Fab 13 提交 2024-03-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 125–572（448 aa）链 D 125–572（448 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；300 K；0.1M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 15% (w/v) PEG 4000	分辨率 2.51 Å R-free 0.264
9DZQ CryoEM structure of the human antibodies PIV3HN-05 and PIV3HN-13 in complex with the parainfluenza virus hemagglutinin-neuraminidase protein 提交 2024-10-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 125–572（448 aa）链 B 125–572（448 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Tris, pH 7.5 120 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
9YQ6 Cryo-EM structure of the parainfluenza virus hemagglutinin-neuraminidase protein in complex with the human antibodies PIV3HN-09 and PIV3HN-13 提交 2025-10-15	结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 135–572（438 aa）链 F 135–572（438 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.95 Å
9ZB5 Cryo-EM structure of the parainfluenza virus hemagglutinin-neuraminidase protein in complex with the human antibodies PIV3HN-05 and PIV3HN-13 提交 2025-11-20	构建体不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 125–572（448 aa）链 J 125–572（448 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.29 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q81080_PI3H4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–438； UniProt 135–572 作者链 F； PDB构建体 1–438； UniProt 135–572

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9yts
沉积日期 deposition_date	2025-10-21
结构标题 title	Cryo-EM structure of the parainfluenza virus hemagglutinin-neuraminidase protein in complex with the human antibodies 5217-2 and PIV3HN-09
关键词 keywords	antibody, viral protein, complex, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.47 Å
零角强度 I(0) i0	582487000.00
分子量 molecular_weight	196330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	244980 Å³
包络体积 envelope_volume	334390 Å³
水化壳体积 shell_volume	65632 Å³
包络直径 envelope_diameter	158.2 Å
壳层 Rg shell_rg	46.74 Å
包络 Rg envelope_rg	43.50 Å
形状 Rg shape_rg	43.47 Å
总 Rg total_rg	43.62 Å
总原子数 total_atoms	13811
残基数 n_residues	1784
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.7 Å
Rg (实空间) rg_real	43.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	582400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8610
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.435
峰度 Kurtosis kurtosis	0.010
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	69760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.650

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin-neuraminidase
分子量 formula_weight	48941.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	13811

QEVLPQRITHDVGIKPLNPDDFWRCTSGLPSLMKTPKIRLMPGPGLLAMPTTVDGCVRTPSLVINDLIYAYTSNLITRGCQDIGKSYQVLQIGIITVNSDLVPDLNPRISHTFNINDNRKSCSLALLNTDVYQLCSTPKVDERSDYASSGIEDIVLDIVNYDGSISTTRFKNNNISFDQPYAALYPSVGPGIYYKGKIIFLGYGGLEHPINENVICNTTGCPGKTQRDCNQASHSPWFSDRRMVNSIIVADKGLNSIPKLKVWTISMRQNYWGSEGRLLLLGNKIYIYTRSTSWHSKLQLGIIDITDYSDIRIKWTWHNVLSRPGNNECPWGHSCPDGCITGVYTDAYPLNPTGSIVSSVILDSQKSRVNPVITYSTATERVNELAILNRTLSAGYTTTSCITHYNKGYCFHIVEINHKSLNTFQPMLFKTEIPKSCS

来源 Source

来源生物 organism	Human respirovirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11216
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PIV3HN-09 Fab HC
分子量 formula_weight	13375.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSVSSGSYYWSWIRQPPGKGLEWIGDIFTSGSTSYSPSLKSRVTISLDGSKNHFSLKLRSVSSADAAVYYCARESWEGAYLKYFDYWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PIV3HN-09 Fab KC
分子量 formula_weight	11727.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSTYLAWYQQKPGQAPRLLMYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLESEDFAVYYCQQRSIRPWTFGQGTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	5217-2 Fab HC
分子量 formula_weight	12542.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

EVHLLESGGGLVQPGGSRRISCAASGFSFGSYAMSWVRQAPGKGLEWVSTITSSGESTDYADSVKGRFIISRDNAKNTLDLLMNSLRAGDTAVYYCAKGGAVVLSAMDVWGQGTTVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	5217-2 Fab KC
分子量 formula_weight	11559.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H

DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCQASHDISNYLNWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPPRFSGGGSGTHFSLTISSLQPEDIATYYCQQDDSLPLTFGPGTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.290 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.29 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	238

fit	/app/data/saxs_computation/yt/9yts/9yts.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yt/9yts/9yts.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yt/9yts/9yts.dat

Cryo-EM structure of the parainfluenza virus hemagglutinin-neuraminidase protein in complex with the human antibodies 5217-2 and PIV3HN-09

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin-neuraminidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)