SAXSdb — 9z8k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase

Trypanosoma brucei brucei TREU927

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 54–406 链 B； UniProt 54–406	片段：residues 54-406 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）片段：residues 54-406	SO4 SULFATE ION × 11 CL CHLORIDE ION × 10 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；IDX G2 (25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 0.2 M lithium sulfate. TrbrA.01480.a.WW4.PS38793 at 13.5 mg/mL. The C-terminal tail ~60 residues was disordered in each subunit. Residue Ser 71 in subunit A contained a large amount of density near the OG atom. This was modeled as a phosphoserine (SEP) although this is not a predicted phosphorylation site. plate 20520 G2 drop 1, Puck: PSL-0604, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol	分辨率 2.05 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Z8K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10JU Crystal Structure of serine/threonine-protein kinase (AEK1) T376D, S395D Mutant from Trypanosoma brucei (AMP-PNP) 提交 2026-01-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 54–406（353 aa）片段：residues 54-406 链 B 54–406（353 aa）片段：residues 54-406	突变：T376D, S395D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：T376D, S395D	SO4 SULFATE ION × 11 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Index F6 0.2M Ammonium sulfate 0.1M Bis-Tris pH 5.5 25% PEG 3350. TrbrA.01480.a.WW4.PS38793 at 13.5 mg/mL. The C-terminal tail ~60 residues was disordered in each subunit. Residue Ser 71 in subunit A contained a large amount of density near the OG atom. This was modeled as a phosphoserine (SEP) although this is not a predicted phosphorylation site. 2mM AMP-PNP and 2mM MgCl2 added prior to crystallization. Prominent AMP-PNP density in subunit B but disorder in the phosphate portion. plate 20522 F6 drop 2, Puck: PSL-0904, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol	分辨率 2.15 Å R-free 0.250

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q582V7_TRYB2
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–354； UniProt 54–406 作者链 B； PDB构建体 2–354； UniProt 54–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9z8k
沉积日期 deposition_date	2025-11-18
最后修订 last_revision	2025-11-26
结构标题 title	Crystal Structure of serine/threonine-protein kinase (AEK1) from Trypanosoma brucei
关键词 keywords	SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, AEK1, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.89 Å
零角强度 I(0) i0	65531500.00
分子量 molecular_weight	63556.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79611 Å³
包络体积 envelope_volume	98417 Å³
水化壳体积 shell_volume	30759 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.5 Å
壳层 Rg shell_rg	33.74 Å
包络 Rg envelope_rg	26.99 Å
形状 Rg shape_rg	26.89 Å
总 Rg total_rg	27.60 Å
总原子数 total_atoms	4445
残基数 n_residues	544
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65530000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8797
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.367
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.310
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.956

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase
分子量 formula_weight	41133.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4605

MEKVTKEDFETIDTLGKGSFAYVVLVRRVGTNNLYAMKVVNKQGLLDHNRCRDVFIERNVLSRINHPFLLKLYWTFQSEHKLFFVMEYMAGGDLDKYMNSVPNKQLDLPTSKLYGAEILMAILTLHEQSVIYRDLKPENILLTGDGHCVLADFGLSKDFYDAKMGENASVTDMRANSFVGSPFYVAPDVLKQREYTNAVDFWSFGILLYRMLCGRTPFSGKNMKEVFDNILYSDLRFPSTVSIPSEAKDLISRLLVKDAAHRIKGPEVKAHPFWTGINFDEVMQKKVKPPRWVPAPSVDKLIAERSAAQSGNNSSKNPAQVVNTPAHSSQLNARQQQLFNGFSCTTDNHLGGGSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei TREU927
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase
分子量 formula_weight	41053.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEKVTKEDFETIDTLGKGSFAYVVLVRRVGTNNLYAMKVVNKQGLLDHNRCRDVFIERNVLSRINHPFLLKLYWTFQSEHKLFFVMEYMAGGDLDKYMNSVPNKQLDLPTSKLYGAEILMAILTLHEQSVIYRDLKPENILLTGDGHCVLADFGLSKDFYDAKMGENASVTDMRANSFVGSPFYVAPDVLKQREYTNAVDFWSFGILLYRMLCGRTPFSGKNMKEVFDNILYSDLRFPSTVSIPSEAKDLISRLLVKDAAHRIKGPEVKAHPFWTGINFDEVMQKKVKPPRWVPAPSVDKLIAERSAAQSGNNSSKNPAQVVNTPAHSSQLNARQQQLFNGFSCTTDNHLGGGSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei brucei TREU927
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	150

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.599 Å
晶胞边长 b length_b	89.098 Å
晶胞边长 c length_c	201.567 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	43.300 Å
R 因子 r_factor	0.1966
R_work r_work	0.1946
R_free r_free	0.2348

fit	/app/data/saxs_computation/z8/9z8k/9z8k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z8/9z8k/9z8k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z8/9z8k/9z8k.dat

Crystal Structure of serine/threonine-protein kinase (AEK1) from Trypanosoma brucei

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)