SAXSdb — 9zav

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Formyl-coenzyme a transferase

Brucella melitensis 16M1W

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 50–450	未记录	SIN SUCCINIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；Index C10: 1.0M Succinic acid pH 7.0, 0.1M HEPES pH 7.0, 1% PEG 200mme. BrmeA.18114.b.B2.PW39356 at 20.7 mg/mL. Succinate in 3 subunits was acquired from the crystallant. plate 19820 C10 drop 1, Puck: PSL-2010, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant	分辨率 2.88 Å R-free 0.225
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 50–450 链 C； UniProt 50–450	未记录	SIN SUCCINIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；Index C10: 1.0M Succinic acid pH 7.0, 0.1M HEPES pH 7.0, 1% PEG 200mme. BrmeA.18114.b.B2.PW39356 at 20.7 mg/mL. Succinate in 3 subunits was acquired from the crystallant. plate 19820 C10 drop 1, Puck: PSL-2010, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant	分辨率 2.88 Å R-free 0.225
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 50–450 链 E； UniProt 50–450	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；Index C10: 1.0M Succinic acid pH 7.0, 0.1M HEPES pH 7.0, 1% PEG 200mme. BrmeA.18114.b.B2.PW39356 at 20.7 mg/mL. Succinate in 3 subunits was acquired from the crystallant. plate 19820 C10 drop 1, Puck: PSL-2010, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant	分辨率 2.88 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ZAV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10UH Crystal structure of Formyl-coenzyme A transferase from Brucella melitensis in complex with CoA 提交 2026-02-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 50–450（401 aa）链 B 50–450（401 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2 COA COENZYME A × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Index G7: 0.20M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 20% PEG 3350. BrmeA.18114.b.B2.PW39356 at 20.7 mg/mL. Cocrystallization with 2mM CoA. plate 19820 G7 drop 2, Puck: PSL-1916, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant	分辨率 1.85 Å R-free 0.191
10UH Crystal structure of Formyl-coenzyme A transferase from Brucella melitensis in complex with CoA 提交 2026-02-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 50–450（401 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2 COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Index G7: 0.20M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 20% PEG 3350. BrmeA.18114.b.B2.PW39356 at 20.7 mg/mL. Cocrystallization with 2mM CoA. plate 19820 G7 drop 2, Puck: PSL-1916, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant	分辨率 1.85 Å R-free 0.191
10UI Crystal structure of Formyl-coenzyme A transferase from Brucella melitensis in complex with Zinc 提交 2026-02-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 50–450（401 aa）链 B 50–450（401 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；PPX D8: 0.2M Magnesium Acetate, 0.1M MES pH 6.5, 15% PEG 6000. BrmeA.18114.b.B2.PW39356 at 20.7 mg/mL. plate 19824 D8 drop 1, Puck: PSL-1911, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant	分辨率 2.34 Å R-free 0.263
10UI Crystal structure of Formyl-coenzyme A transferase from Brucella melitensis in complex with Zinc 提交 2026-02-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 50–450（401 aa）链 D 50–450（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；PPX D8: 0.2M Magnesium Acetate, 0.1M MES pH 6.5, 15% PEG 6000. BrmeA.18114.b.B2.PW39356 at 20.7 mg/mL. plate 19824 D8 drop 1, Puck: PSL-1911, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant	分辨率 2.34 Å R-free 0.263

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8YDF2_BRUME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–409； UniProt 50–450 作者链 B； PDB构建体 9–409； UniProt 50–450 作者链 C； PDB构建体 9–409； UniProt 50–450 作者链 D； PDB构建体 9–409； UniProt 50–450 作者链 E； PDB构建体 9–409； UniProt 50–450

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zav
沉积日期 deposition_date	2025-11-19
最后修订 last_revision	2025-12-03
结构标题 title	Crystal structure of Formyl-coenzyme A transferase from Brucella melitensis in complex with succinate
关键词 keywords	SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, TRANSFERASE, Formyl-coenzyme A transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.36 Å
零角强度 I(0) i0	661050000.00
分子量 molecular_weight	214660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	268840 Å³
包络体积 envelope_volume	407500 Å³
水化壳体积 shell_volume	61321 Å³
包络直径 envelope_diameter	198.6 Å
壳层 Rg shell_rg	55.06 Å
包络 Rg envelope_rg	57.70 Å
形状 Rg shape_rg	58.36 Å
总 Rg total_rg	58.27 Å
总原子数 total_atoms	15092
残基数 n_residues	2006
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	182.2 Å
Rg (实空间) rg_real	58.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4200e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	659900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7352
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	33.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.402
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.707
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	43110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.658; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.578; Smooth: 0.002

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	189.590 Å
晶胞边长 b length_b	189.590 Å
晶胞边长 c length_c	199.316 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.880 Å
最低分辨率 resolution_low	48.190 Å
R 因子 r_factor	0.1934
R_work r_work	0.1917
R_free r_free	0.2252

描述 description	Formyl-coenzyme a transferase
分子量 formula_weight	44101.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	15092

Crystal structure of Formyl-coenzyme A transferase from Brucella melitensis in complex with succinate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Formyl-coenzyme a transferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Brucella melitensis 16M1W
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1143190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

fit	/app/data/saxs_computation/za/9zav/9zav.fit
pddf	/app/data/pr_computation/za/9zav/9zav.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/za/9zav/9zav.dat