SAXSdb — 9zdw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

gp80 portal protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	gp75 tail tube × 12 （A0A2K8I3N9） gp83 head-to-tail × 12 （A0A2K8I0C0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2K8IC08_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 PA； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PB； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PC； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PD； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PE； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PF； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PG； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PH； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PI； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PJ； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PK； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726 作者链 PL； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726

gp75 tail tube

物种未注明

UniProt A0A2K8I3N9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	gp80 portal protein × 12 （A0A2K8IC08） gp83 head-to-tail × 12 （A0A2K8I0C0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2K8I3N9_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 TA； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TB； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TC； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TD； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TE； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TF； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TG； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TH； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TI； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TJ； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TK； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 TL； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321

gp83 head-to-tail

物种未注明

UniProt A0A2K8I0C0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	gp80 portal protein × 12 （A0A2K8IC08） gp75 tail tube × 12 （A0A2K8I3N9）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2K8I0C0_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AB； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AC； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AD； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AE； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AF； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AG； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AH； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AI； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AJ； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AK； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 AL； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zdw
沉积日期 deposition_date	2025-11-26
结构标题 title	Pseudomonas phage DEV delta-gp53 mutant neck and tail (portal, head-to-tail and tail tube proteins)
关键词 keywords	bacteriophage, virus, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9zdw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9zdw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9zdw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	84.61 Å
Rg（电子密度）	84.69 Å
总 Rg	84.51 Å
原子数	98304
残基数	12636
排除体积	1741000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9zdw__assembly_1__model_1`	36-meric （36）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	gp80 portal protein
分子量 formula_weight	81739.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	PA,PB,PC,PD,PE,PF,PG,PH,PI,PJ,PK,PL
原子数 atom_count	98304

MADVDEDYLTLPNEDGDPSKRLQPEWSNAPSLAQLKQDYQEAKQVTDEKITQINRWLDYMHVRGEGKPKTEKGKSAVQPPTIRKQAEWRYSSLSEPFLSSPNIFEVNPVTWEDAESARQNGLVLNQQFNTKLNKQRFIDEYVRAGVDEGTIIVKVGWNYQSRTVKEQVVTYEMMPDSSEELAQIYQTAAQIREESPSEYPEIPEDVRLGLEETEANGIQVRAVPVGSEEEEREETVENHPTVQVCDYNNIVIDPSCGSDFSKAKFLIETFESSYAELKADGRYKNLDKIQVEGQNLLSEPDYTGPSEGVRNFDFQDKSRKRLVVHEYWGYYDIHGDGVLHPIVATWVGAVMIRMEENPFPDKKIPYVVVSYIPRKRDLYGESDGALLIDNQRIIGAVTRGMIDTMARSANGQVGVMKGALDVTNRRRFDRGENYEFNPGADPRAAVHMHTFPEIPQSAQYMINLQQAEAESMTGVKAFNAGISGAALGDTATAVRGALDAASKRELGILRRLSAGIIEIGRKIIAMNAEFLDDVEVVRITNEHFVDIRRDDLAGNFDLKLDISTAEEDNAKVNDLTFMLQTMGPNMDPMMAQQIMGQIMELKKMPDFAKRIREFQPQPDPIAQQKAQLELMLLQAQIEAERARAAHYMSGAGLQDSKVGTEQAKARALASQADMTDLNFLEQESGVQQARKRELQQAQSEAQGKLAMLNSQLKRLDEATSARTSQK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	gp75 tail tube
分子量 formula_weight	35267.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	TA,TB,TC,TD,TE,TF,TG,TH,TI,TJ,TK,TL

MAVEPITIADLTEVKLDGKGALDQLLQVTRLHLAKEHDAGRLKGQEYAAVLTGGITAVLQNAVMFLLQKDEAANKAALVEAQIKLTEKQGELLDKQIAQADKDAELIAAKVKLTLEQAKLPDSQIRSAGFQDLLVQEQTKVQTAQTRRIDQEILSAGFQDLLVKEQTAKTKQDVLTAVQQTKVMEQQVLESTQKVLNMKQELLNLVAQECLLKAQFDLTKDQGLNTQEQTILVRQKVASERAQTIGAGVDADSVIGRQKELYKAQADGFKRDAEQKAAKILIDTWNVRRTTDTGTQANTTNRLDDANVGRVVNMLMTGVGA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	gp83 head-to-tail
分子量 formula_weight	27868.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,AB,AC,AD,AE,AF,AG,AH,AI,AJ,AK,AL

MTIQLKQVIDLLAEGELSNIKYVNIDTGALVLERVPSLIRAINLGVLDLHKRFLLKEGMLKIQLEEGRRLYPLRPAYQVGQKPKPGVPQFITEGNKLGRQSILKIEKIIGDNGVEYYLNDTWQPLNITTPEFDVLEISDEFYCHSSSKTLEVRYRRAPTPMKICVDNLDSWGCIDIDLPYTHLQALLYFVASRCQTPIGFMENTAQEGFNFSQKYEAECANLDAQNLRIDPVGNQDRFTRGGWV

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	64223

Pseudomonas phage DEV delta-gp53 mutant neck and tail (portal, head-to-tail and tail tube proteins)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

gp80 portal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

gp75 tail tube

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

gp83 head-to-tail

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zdw__assembly_1__model_1

9zdw__assembly_1__model_1 | I(q)

9zdw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Pseudomonas phage DEV delta-gp53 mutant neck and tail (portal, head-to-tail and tail tube proteins)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

gp80 portal protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

gp75 tail tube

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

gp83 head-to-tail

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zdw__assembly_1__model_1

9zdw__assembly_1__model_1 | I(q)

9zdw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)