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9zkg

VRK1 in complex with the inhibitor MP-60

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 132.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase VRK1

Homo sapiens

UniProt Q99986

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 3–364 突变：M1A, M2P, K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；303 K；30,25% PEG3350, 0.2 M LiSO4, 0.1M SBG pH 6,5 分辨率 2.06 Å R-free 0.216
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 3–364 突变：M1A, M2P, K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACN ACETONE × 1 GG0 2-(2-azanylethanoylamino)ethanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；303 K；30,25% PEG3350, 0.2 M LiSO4, 0.1M SBG pH 6,5 分辨率 2.06 Å R-free 0.216
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 3–364 突变：M1A, M2P, K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 2 A1C2O (5Z)-3-butyl-5-[(3,5-dichloro-4-hydroxyphenyl)methylidene]-1,3-thiazolidine-2,4-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；303 K；30,25% PEG3350, 0.2 M LiSO4, 0.1M SBG pH 6,5 分辨率 2.06 Å R-free 0.216
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 3–364 突变：M1A, M2P, K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 A1C2O (5Z)-3-butyl-5-[(3,5-dichloro-4-hydroxyphenyl)methylidene]-1,3-thiazolidine-2,4-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；303 K；30,25% PEG3350, 0.2 M LiSO4, 0.1M SBG pH 6,5 分辨率 2.06 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZKG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KTY Solution Structure of human Vaccinia Related Kinase-1 提交 2010-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–360（360 aa） 片段：residues 1-360
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20
NMR样品组成 0.3-0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1; 0.3-0.5mM [U-100% 15N; U-50% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1; 0.1-0.2mM [U-100% 15N] Vaccinia Related-Kinase 1; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.3-0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-70% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1; 0.3-0.5mM [13C;15N]-Val,Ile,Leu; [U-100% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1; 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2KUL Solution structure of human vaccinia related kinase 1(VRK1) 提交 2010-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–360（360 aa） 片段：residues 1-360
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20
NMR样品组成 0.3-0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1; 0.3-0.5mM [U-100% 15N; U-50% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1; 0.1-0.2mM [U-100% 15N] Vaccinia Related-Kinase 1; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.3-0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-70% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1; 0.3-0.5mM [13C;15N]-Val,Ile,Leu; [U-100% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1; 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2LAV NMR solution structure of human Vaccinia-Related Kinase 1 提交 2011-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–361（361 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20
NMR样品组成 0.3-0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1, 0.3-0.5 mM [U-100% 15N; U-50% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1, 0.1-0.2 mM [U-100% 15N] Vaccinia Related-Kinase 1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.3-0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-70% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1, 0.3-0.5 mM [13C;15N]-Val,Ile,Leu; [U-100% 2H] Vaccinia Related-Kinase 1, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2RSV Solution structure of human full-length vaccinia related kinase 1 (VRK1) 提交 2012-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–396（396 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成 0.4 MM [U-13C; U-15N; U-2H; 1H ILE, LEU, VAL, ALA METHYL; 1H MET METHYL,GAMMA; 1H PHE EPSILON] VRK1, 20 MM [U-2H] TRIS,100 MM SODIUM CHLORIDE, 50 MM GLUTAMIC ACID, 50 MM ARGININE, 1 MM [U-2H] DTT, 0.02 % SODIUM AZIDE, 90% H2O/10% D2O; 0.4 MM [U-13C; U-15N; U-2H; 1H ILE, LEU, VAL METHYL; 1H PHE, TYR EPSILON] VRK1, 20 MM [U-2H] TRIS,100 MM SODIUM CHLORIDE, 50 MM GLUTAMIC ACID, 50 MM ARGININE, 1 MM [U-2H] DTT, 0.02 % SODIUM AZIDE, 90% H2O/10% D2O; 0.4 MM [U-15N; U-2H; 13C,1H ILE, LEU, VAL METHYL; 13C,1H PHE DELTA/EPSILON/ZETA] VRK1, 20 MM [U-2H] TRIS,100 MM SODIUM CHLORIDE, 50 MM GLUTAMIC ACID, 50 MM ARGININE, 1 MM [U-2H] DTT, 0.02 % SODIUM AZIDE, 90% H2O/10% D2O; 0.4 MM SAIL-VRK1, 20 MM [U-2H] TRIS, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 50 MM GLUTAMIC ACID, 50 MM ARGININE, 1 MM [U-2H] DTT, 0.02 % SODIUM AZIDE, 90% H2O/10% D2O; | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3OP5 Human vaccinia-related kinase 1 提交 2010-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-369
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A REB [4-({4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-2-yl}amino)phenyl]acetonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2m K/Na(tartrate), 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.213
3OP5 Human vaccinia-related kinase 1 提交 2010-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-369
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A REB [4-({4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-2-yl}amino)phenyl]acetonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2m K/Na(tartrate), 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.213
3OP5 Human vaccinia-related kinase 1 提交 2010-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-369
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A REB [4-({4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-2-yl}amino)phenyl]acetonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2m K/Na(tartrate), 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.213
3OP5 Human vaccinia-related kinase 1 提交 2010-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-369
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A REB [4-({4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-2-yl}amino)phenyl]acetonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2m K/Na(tartrate), 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.213
5UKF Crystal Structure of the Human Vaccinia-related Kinase 1 Bound to an Oxindole Inhibitor 提交 2017-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：UNP residues 3-364
未记录 8E1 4-{[(Z)-(7-oxo-6,7-dihydro-8H-[1,3]thiazolo[5,4-e]indol-8-ylidene)methyl]amino}benzene-1-sulfonamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG 3350; 0.3M AmSO4; 0.1M HEPES pH 7.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.214
5UKF Crystal Structure of the Human Vaccinia-related Kinase 1 Bound to an Oxindole Inhibitor 提交 2017-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：UNP residues 3-364
未记录 8E1 4-{[(Z)-(7-oxo-6,7-dihydro-8H-[1,3]thiazolo[5,4-e]indol-8-ylidene)methyl]amino}benzene-1-sulfonamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG 3350; 0.3M AmSO4; 0.1M HEPES pH 7.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.214
5UKF Crystal Structure of the Human Vaccinia-related Kinase 1 Bound to an Oxindole Inhibitor 提交 2017-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：UNP residues 3-364
未记录 8E1 4-{[(Z)-(7-oxo-6,7-dihydro-8H-[1,3]thiazolo[5,4-e]indol-8-ylidene)methyl]amino}benzene-1-sulfonamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG 3350; 0.3M AmSO4; 0.1M HEPES pH 7.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.214
5UKF Crystal Structure of the Human Vaccinia-related Kinase 1 Bound to an Oxindole Inhibitor 提交 2017-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：UNP residues 3-364
未记录 8E1 4-{[(Z)-(7-oxo-6,7-dihydro-8H-[1,3]thiazolo[5,4-e]indol-8-ylidene)methyl]amino}benzene-1-sulfonamide × 1 CL CHLORIDE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG 3350; 0.3M AmSO4; 0.1M HEPES pH 7.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.214
5UVF Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to BI-D1870 提交 2017-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：UNP RESIDUES 3-364
突变：YES 7DZ (7S)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7-dimethyl-8-(3-methylbutyl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG3350, 0.1M BISTRIS, 0.2M, LITHIUM SULFATE, PH 6.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.204
5UVF Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to BI-D1870 提交 2017-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：UNP RESIDUES 3-364
突变：YES 7DZ (7S)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7-dimethyl-8-(3-methylbutyl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG3350, 0.1M BISTRIS, 0.2M, LITHIUM SULFATE, PH 6.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.204
5UVF Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to BI-D1870 提交 2017-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：UNP RESIDUES 3-364
突变：YES 7DZ (7S)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7-dimethyl-8-(3-methylbutyl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG3350, 0.1M BISTRIS, 0.2M, LITHIUM SULFATE, PH 6.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.204
5UVF Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to BI-D1870 提交 2017-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：UNP RESIDUES 3-364
突变：YES 7DZ (7S)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7-dimethyl-8-(3-methylbutyl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG3350, 0.1M BISTRIS, 0.2M, LITHIUM SULFATE, PH 6.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.204
6AC9 Crystal structure of human Vaccinia-related kinase 1 (VRK1) in complex with AMP-PNP 提交 2018-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–364（364 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；27.5 % w/v PEG 3350, 0.2 M of ammonium sulfate, 0.1 M of HEPES (pH 7.0)
分辨率 2.07 Å R-free 0.223
6AC9 Crystal structure of human Vaccinia-related kinase 1 (VRK1) in complex with AMP-PNP 提交 2018-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–364（364 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；27.5 % w/v PEG 3350, 0.2 M of ammonium sulfate, 0.1 M of HEPES (pH 7.0)
分辨率 2.07 Å R-free 0.223
6AC9 Crystal structure of human Vaccinia-related kinase 1 (VRK1) in complex with AMP-PNP 提交 2018-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–364（364 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；27.5 % w/v PEG 3350, 0.2 M of ammonium sulfate, 0.1 M of HEPES (pH 7.0)
分辨率 2.07 Å R-free 0.223
6AC9 Crystal structure of human Vaccinia-related kinase 1 (VRK1) in complex with AMP-PNP 提交 2018-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–364（364 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；27.5 % w/v PEG 3350, 0.2 M of ammonium sulfate, 0.1 M of HEPES (pH 7.0)
分辨率 2.07 Å R-free 0.223
6BP0 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase 1 bound to (R)-2-phenylaminopteridinone inhibitor 提交 2017-11-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350; 0.02M Lithium Sulfate; 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
6BP0 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase 1 bound to (R)-2-phenylaminopteridinone inhibitor 提交 2017-11-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 3 E1D (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7,8-trimethyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350; 0.02M Lithium Sulfate; 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
6BP0 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase 1 bound to (R)-2-phenylaminopteridinone inhibitor 提交 2017-11-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350; 0.02M Lithium Sulfate; 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
6BP0 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase 1 bound to (R)-2-phenylaminopteridinone inhibitor 提交 2017-11-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 1 E1D (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7,8-trimethyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350; 0.02M Lithium Sulfate; 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
6BRU Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a (S)-2-phenylaminopteridinone inhibitor 提交 2017-12-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.214
6BRU Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a (S)-2-phenylaminopteridinone inhibitor 提交 2017-12-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A SO4 SULFATE ION × 3 E5M (7S)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7,8-trimethyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.214
6BRU Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a (S)-2-phenylaminopteridinone inhibitor 提交 2017-12-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.214
6BRU Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a (S)-2-phenylaminopteridinone inhibitor 提交 2017-12-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa）
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A SO4 SULFATE ION × 2 E5M (7S)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-5,7,8-trimethyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.214
6BTW Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a phenyl-pteridinone inhibitor 提交 2017-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 2 E8D 2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-8-phenyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.215
6BTW Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a phenyl-pteridinone inhibitor 提交 2017-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 3 E8D 2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-8-phenyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.215
6BTW Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a phenyl-pteridinone inhibitor 提交 2017-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.215
6BTW Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a phenyl-pteridinone inhibitor 提交 2017-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 3 E8D 2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-8-phenyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.215
6BU6 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a bis-difluorophenol-aminopyridine inhibitor 提交 2017-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A E8V 4,4'-(2-aminopyridine-3,5-diyl)bis(2,6-difluorophenol) × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350; 0.02M Lithium Sulfate; 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.212
6BU6 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a bis-difluorophenol-aminopyridine inhibitor 提交 2017-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A E8V 4,4'-(2-aminopyridine-3,5-diyl)bis(2,6-difluorophenol) × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350; 0.02M Lithium Sulfate; 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.212
6BU6 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a bis-difluorophenol-aminopyridine inhibitor 提交 2017-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350; 0.02M Lithium Sulfate; 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.212
6BU6 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a bis-difluorophenol-aminopyridine inhibitor 提交 2017-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A E8V 4,4'-(2-aminopyridine-3,5-diyl)bis(2,6-difluorophenol) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350; 0.02M Lithium Sulfate; 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.212
6CFM Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a propynyl-pteridinone inhibitor 提交 2018-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 1 EA7 (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7,8-dimethyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 2.45 Å R-free 0.245
6CFM Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a propynyl-pteridinone inhibitor 提交 2018-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 2 EA7 (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7,8-dimethyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 2.45 Å R-free 0.245
6CFM Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a propynyl-pteridinone inhibitor 提交 2018-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 2.45 Å R-free 0.245
6CFM Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a propynyl-pteridinone inhibitor 提交 2018-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 3 EA7 (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7,8-dimethyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% PEG3350, 0.02M Lithium Sulfate, 0.1M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 2.45 Å R-free 0.245
6CMM Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropynyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；30.25% PEG3350, 200 mM LiSO4, 0.1M SBG buffer pH 6.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.222
6CMM Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropynyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A ACT ACETATE ION × 3 F7D (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-5,8-di(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；30.25% PEG3350, 200 mM LiSO4, 0.1M SBG buffer pH 6.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.222
6CMM Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropynyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；30.25% PEG3350, 200 mM LiSO4, 0.1M SBG buffer pH 6.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.222
6CMM Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropynyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A ACT ACETATE ION × 1 F7D (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-5,8-di(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；30.25% PEG3350, 200 mM LiSO4, 0.1M SBG buffer pH 6.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.222
6CNX Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase 1 (VRK1) bound to an N-propynyl-N-isopentyl-dihydropteridin inhibitor 提交 2018-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A F87 (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-8-(3-methylbutyl)-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30.25% PEG3350, 30mM LiSO4, 0.1M SBG (Sodium-tartrate, Bis-Tris, Glycylglycine)
分辨率 2.00 Å R-free 0.211
6CNX Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase 1 (VRK1) bound to an N-propynyl-N-isopentyl-dihydropteridin inhibitor 提交 2018-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A F87 (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-8-(3-methylbutyl)-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30.25% PEG3350, 30mM LiSO4, 0.1M SBG (Sodium-tartrate, Bis-Tris, Glycylglycine)
分辨率 2.00 Å R-free 0.211
6CNX Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase 1 (VRK1) bound to an N-propynyl-N-isopentyl-dihydropteridin inhibitor 提交 2018-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 4 FCS (7S)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-8-(3-methylbutyl)-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30.25% PEG3350, 30mM LiSO4, 0.1M SBG (Sodium-tartrate, Bis-Tris, Glycylglycine)
分辨率 2.00 Å R-free 0.211
6CNX Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase 1 (VRK1) bound to an N-propynyl-N-isopentyl-dihydropteridin inhibitor 提交 2018-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A F87 (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-8-(3-methylbutyl)-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30.25% PEG3350, 30mM LiSO4, 0.1M SBG (Sodium-tartrate, Bis-Tris, Glycylglycine)
分辨率 2.00 Å R-free 0.211
6CQH Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N-propynyl-N-ethyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A F8Y (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-8-ethyl-7-methyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；25% PEG3350, 300 mM LiSO4, 0.1M SBG, pH 6.0, 30% glycerol
分辨率 2.15 Å R-free 0.239
6CQH Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N-propynyl-N-ethyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A F8Y (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-8-ethyl-7-methyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；25% PEG3350, 300 mM LiSO4, 0.1M SBG, pH 6.0, 30% glycerol
分辨率 2.15 Å R-free 0.239
6CQH Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N-propynyl-N-ethyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；25% PEG3350, 300 mM LiSO4, 0.1M SBG, pH 6.0, 30% glycerol
分辨率 2.15 Å R-free 0.239
6CQH Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N-propynyl-N-ethyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A F8Y (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-8-ethyl-7-methyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；25% PEG3350, 300 mM LiSO4, 0.1M SBG, pH 6.0, 30% glycerol
分辨率 2.15 Å R-free 0.239
6CSW Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N-methyl-N-propyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG3350; 300 mM LiSO4; 0.1M SBG pH 7.0
分辨率 2.25 Å R-free 0.233
6CSW Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N-methyl-N-propyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A SO4 SULFATE ION × 3 FBY (7R)-5-butyl-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7,8-dimethyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG3350; 300 mM LiSO4; 0.1M SBG pH 7.0
分辨率 2.25 Å R-free 0.233
6CSW Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N-methyl-N-propyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG3350; 300 mM LiSO4; 0.1M SBG pH 7.0
分辨率 2.25 Å R-free 0.233
6CSW Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N-methyl-N-propyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A SO4 SULFATE ION × 6 ACT ACETATE ION × 1 FBY (7R)-5-butyl-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7,8-dimethyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 7 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG3350; 300 mM LiSO4; 0.1M SBG pH 7.0
分辨率 2.25 Å R-free 0.233
6DD4 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 5 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG3350, 200 mM LiSO4, 0.1M SBG, pH 7.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.226
6DD4 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A ACT ACETATE ION × 2 G6J (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-5,8-dipropyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG3350, 200 mM LiSO4, 0.1M SBG, pH 7.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.226
6DD4 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG3350, 200 mM LiSO4, 0.1M SBG, pH 7.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.226
6DD4 Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropyl-dihydropteridine inhibitor 提交 2018-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 G6J (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-5,8-dipropyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；27.5% PEG3350, 200 mM LiSO4, 0.1M SBG, pH 7.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.226
6NPN Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropynyl-dihydropteridine-3-hydroxyindazole inhibitor 提交 2019-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A KWJ (7R)-7-methyl-2-[(3-oxo-2,3-dihydro-1H-indazol-6-yl)amino]-5,8-di(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；27.5% PEG 3350, 20 mM Li2SO4, 0.1M SBG, pH 6.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.218
6NPN Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropynyl-dihydropteridine-3-hydroxyindazole inhibitor 提交 2019-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A KWJ (7R)-7-methyl-2-[(3-oxo-2,3-dihydro-1H-indazol-6-yl)amino]-5,8-di(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；27.5% PEG 3350, 20 mM Li2SO4, 0.1M SBG, pH 6.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.218
6NPN Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropynyl-dihydropteridine-3-hydroxyindazole inhibitor 提交 2019-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A KWJ (7R)-7-methyl-2-[(3-oxo-2,3-dihydro-1H-indazol-6-yl)amino]-5,8-di(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；27.5% PEG 3350, 20 mM Li2SO4, 0.1M SBG, pH 6.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.218
6NPN Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropynyl-dihydropteridine-3-hydroxyindazole inhibitor 提交 2019-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa） 片段：residues 3-364
突变：K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A KWJ (7R)-7-methyl-2-[(3-oxo-2,3-dihydro-1H-indazol-6-yl)amino]-5,8-di(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；27.5% PEG 3350, 20 mM Li2SO4, 0.1M SBG, pH 6.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.218
6VXU Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) bound to ACH471 提交 2020-02-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A,K359A,K360A RTJ (7R)-8-(cyclopropylmethyl)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；27.5% PEG3350; 300 mM LiSO4; 0.1 M SBG (each Sodium-tartrate + Bis-Tris + Glycylglycine) pH 6.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.203
6VXU Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) bound to ACH471 提交 2020-02-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A,K359A,K360A RTJ (7R)-8-(cyclopropylmethyl)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；27.5% PEG3350; 300 mM LiSO4; 0.1 M SBG (each Sodium-tartrate + Bis-Tris + Glycylglycine) pH 6.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.203
6VXU Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) bound to ACH471 提交 2020-02-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A,K359A,K360A SO4 SULFATE ION × 3 VBD (7S)-8-(cyclopropylmethyl)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；27.5% PEG3350; 300 mM LiSO4; 0.1 M SBG (each Sodium-tartrate + Bis-Tris + Glycylglycine) pH 6.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.203
6VXU Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) bound to ACH471 提交 2020-02-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A,K359A,K360A RTJ (7R)-8-(cyclopropylmethyl)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-5-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；27.5% PEG3350; 300 mM LiSO4; 0.1 M SBG (each Sodium-tartrate + Bis-Tris + Glycylglycine) pH 6.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.203
6VZH Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to LDSM311 提交 2020-02-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A,K359A,K360A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；27.5% PEG3350, 300 mM lithium sulfate, 0.1 M sodium tartrate, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M glycylglycine, cryoprotectant: 30% glycerol
分辨率 2.55 Å R-free 0.251
6VZH Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to LDSM311 提交 2020-02-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A,K359A,K360A SO4 SULFATE ION × 3 RYA (7~{R})-2-[[3,5-bis(fluoranyl)-4-oxidanyl-phenyl]amino]-5,7-dimethyl-8-prop-2-ynyl-7~{H}-pteridin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；27.5% PEG3350, 300 mM lithium sulfate, 0.1 M sodium tartrate, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M glycylglycine, cryoprotectant: 30% glycerol
分辨率 2.55 Å R-free 0.251
6VZH Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to LDSM311 提交 2020-02-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A,K359A,K360A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；27.5% PEG3350, 300 mM lithium sulfate, 0.1 M sodium tartrate, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M glycylglycine, cryoprotectant: 30% glycerol
分辨率 2.55 Å R-free 0.251
6VZH Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to LDSM311 提交 2020-02-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A,K359A,K360A SO4 SULFATE ION × 2 RYA (7~{R})-2-[[3,5-bis(fluoranyl)-4-oxidanyl-phenyl]amino]-5,7-dimethyl-8-prop-2-ynyl-7~{H}-pteridin-6-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；27.5% PEG3350, 300 mM lithium sulfate, 0.1 M sodium tartrate, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M glycylglycine, cryoprotectant: 30% glycerol
分辨率 2.55 Å R-free 0.251
7M10 PHF2 PHD Domain Complexed with Peptide From N-terminus of VRK1 提交 2021-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–13（12 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；292 K；3.5M Sodium Formate,100mM TRIS pH 8.2
分辨率 1.15 Å R-free 0.165
7TAN Structure of VRK1 C-terminal tail bound to nucleosome core particle 提交 2021-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–396（396 aa）
链 L 1–396（396 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.00 Å
8F8Y PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with VRK1 N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 2–13（12 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate 90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3 4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
分辨率 3.06 Å R-free 0.249
8F8Y PHF2 (PHD+JMJ) in Complex with VRK1 N-Terminal Peptide 提交 2022-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 2–13（12 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；292 K；2.5M Ammonium Sulfate 90mM Bis-Tris Propane, pH 6.3 4% Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)
分辨率 3.06 Å R-free 0.249
8V42 Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to ACH000400 提交 2023-11-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 20 mM Li2SO4, 0.1 M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.231
8V42 Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to ACH000400 提交 2023-11-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A YD9 (7S)-2-(3,5-difluoro-4-hydroxyanilino)-7-methyl-5-[(1,2-oxazol-5-yl)methyl]-8-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 20 mM Li2SO4, 0.1 M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.231
8V42 Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to ACH000400 提交 2023-11-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 20 mM Li2SO4, 0.1 M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.231
8V42 Structure of Human Vaccinia-related Kinase 1 (VRK1) Bound to ACH000400 提交 2023-11-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–364（362 aa）
突变：K34A,K35A,E36A,E212A,K214A,E215A,E292A,K293A,K295A YD9 (7S)-2-(3,5-difluoro-4-hydroxyanilino)-7-methyl-5-[(1,2-oxazol-5-yl)methyl]-8-(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；22% PEG3350, 20 mM Li2SO4, 0.1 M Buffer system SBG pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.231

共 25 个其他 PDB 条目、80 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VRK1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–364； UniProt 3–364 作者链 B； PDB构建体 3–364； UniProt 3–364 作者链 C； PDB构建体 3–364； UniProt 3–364 作者链 D； PDB构建体 3–364； UniProt 3–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9zkg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9zkg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9zkg
沉积日期 deposition_date2025-12-06
结构标题 titleVRK1 in complex with the inhibitor MP-60
关键词 keywordsPROTEIN KINASE, INHIBITOR, TRANSFERASE, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.84 Å
零角强度 I(0) i0608644000.00
分子量 molecular_weight134120.0 kDa
排除体积 excluded_volume129660 ų
包络体积 envelope_volume233400 ų
水化壳体积 shell_volume50524 ų
包络直径 envelope_diameter142.0 Å
壳层 Rg shell_rg44.03 Å
包络 Rg envelope_rg38.38 Å
形状 Rg shape_rg38.83 Å
总 Rg total_rg39.07 Å
总原子数 total_atoms10151
残基数 n_residues1269
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax132.9 Å
Rg (实空间) rg_real39.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real6.0860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal608600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8732
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.8 Å
偏度 Skewness skewness0.358
峰度 Kurtosis kurtosis-0.239
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha51340000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.817
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)