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9zmw

Crystal structure of a Iole protein from Brucella melitensis (orthorhombic P form 2)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Iole protein

Brucella melitensis biotype 1 (strain ATCC 23456 / CCUG 17765 / NCTC 10094 / 16M)

UniProt Q8YCG0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–299 未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；crystal screen C4: 0.2M Na acetate, 0.1M Na cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000. BrmeA.18154.a.B2.PW39413 at 8 mg/mL. plate 20331 C4 drop 1, Puck: PSL-0701, Cryo: direct 分辨率 2.30 Å R-free 0.235
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–299 未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；crystal screen C4: 0.2M Na acetate, 0.1M Na cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000. BrmeA.18154.a.B2.PW39413 at 8 mg/mL. plate 20331 C4 drop 1, Puck: PSL-0701, Cryo: direct 分辨率 2.30 Å R-free 0.235
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–299 未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；crystal screen C4: 0.2M Na acetate, 0.1M Na cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000. BrmeA.18154.a.B2.PW39413 at 8 mg/mL. plate 20331 C4 drop 1, Puck: PSL-0701, Cryo: direct 分辨率 2.30 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZMW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9ZMU Crystal structure of an Iole protein from Brucella melitensis (hexagonal P form) 提交 2025-12-11 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–299（299 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；MPH D1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 20 mM 1,6-Hexanediol, 20 mM 1-Butanol, 20 mM 1,2-Propanediol, 20 mM 2-Propanol, 20 mM 1,4-Butanediol and 20 mM 1,3-Propanediol. BrmeA.18154.a.B2.PW39413 at 8 mg/mL. plate 20332 D1 drop 1, Puck: PSL-0613, Cryo: direct
分辨率 1.98 Å R-free 0.294
9ZMV Crystal structure of an Iole protein from Brucella melitensis (orthorhombic P form) 提交 2025-12-11 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–299（299 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；MPH D1: 20%(v/v) PEG 500 MME, 10%(w/v) PEG 20000, 100 mM Imidazole/MES, pH 6.5, 20 mM 1,6-Hexanediol, 20 mM 1-Butanol, 20 mM 1,2-Propanediol, 20 mM 2-Propanol, 20 mM 1,4-Butanediol and 20 mM 1,3-Propanediol. BrmeA.18154.a.B2.PW39413 at 8 mg/mL. plate 20332 D1 drop 1, Puck: PSL-0614, Cryo: direct
分辨率 2.10 Å R-free 0.228
9ZMX Crystal structure of an Iole protein from Brucella melitensis (cobalt complex) 提交 2025-12-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–299（299 aa）
未记录 CO COBALT (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；crystal screen C4: 0.2M Na acetate, 0.1M Na cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000. BrmeA.18154.a.B2.PW39413 at 8 mg/mL. Overnight soak in 20mM Cobalt Chloride. plate 20331 C4 drop 1, Puck: PSL-0704, Cryo: direct
分辨率 2.30 Å R-free 0.242

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8YCG0_BRUME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 9–307； UniProt 1–299 作者链 B； PDB构建体 9–307； UniProt 1–299 作者链 C； PDB构建体 9–307； UniProt 1–299

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9zmw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9zmw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9zmw
沉积日期 deposition_date2025-12-11
最后修订 last_revision2025-12-24
结构标题 titleCrystal structure of a Iole protein from Brucella melitensis (orthorhombic P form 2)
关键词 keywordsSSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.64 Å
零角强度 I(0) i0161433000.00
分子量 molecular_weight99346.0 kDa
排除体积 excluded_volume123500 ų
包络体积 envelope_volume151180 ų
水化壳体积 shell_volume39825 ų
包络直径 envelope_diameter106.4 Å
壳层 Rg shell_rg38.58 Å
包络 Rg envelope_rg31.25 Å
形状 Rg shape_rg31.64 Å
总 Rg total_rg32.22 Å
总原子数 total_atoms6998
残基数 n_residues899
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.8 Å
Rg (实空间) rg_real32.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal161400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7290
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.2 Å
偏度 Skewness skewness0.204
峰度 Kurtosis kurtosis-0.647
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha55820000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.920
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)