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9zpz

CNGA1 channel intermediate state in nanodisc with brain PIP2 cGMP-bound

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 123.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclic nucleotide-gated channel alpha-1

Homo sapiens

UniProt P29973

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 140–686 链 B； UniProt 140–686 链 C； UniProt 140–686 链 D； UniProt 140–686 未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 2 K POTASSIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；25 mM HEPES, 150 mM KCl, pH7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.64 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZPZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7LFT Cryo-EM structure of human Apo CNGA1 channel in K+/Ca2+ 提交 2021-01-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa）
链 B 144–690（547 aa）
链 C 144–690（547 aa）
链 D 144–690（547 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 8 CPL 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 24 K POTASSIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7LFW Cryo-EM structure of human cGMP-bound open CNGA1 channel in K+/Ca2+ 提交 2021-01-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa）
链 B 144–690（547 aa）
链 C 144–690（547 aa）
链 D 144–690（547 aa）
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7LFX Cryo-EM structure of human cGMP-bound open CNGA1 channel in Na+/Ca2+ 提交 2021-01-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa）
链 B 144–690（547 aa）
链 C 144–690（547 aa）
链 D 144–690（547 aa）
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7LFY Cryo-EM structure of human cGMP-bound open CNGA1 channel in Na+ 提交 2021-01-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa）
链 B 144–690（547 aa）
链 C 144–690（547 aa）
链 D 144–690（547 aa）
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7LG1 Cryo-EM structure of human cGMP-bound CNGA1_E365Q channel in Na+/Ca2+ 提交 2021-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa）
链 B 144–690（547 aa）
链 C 144–690（547 aa）
链 D 144–690（547 aa）
突变：E365Q 突变：E365Q 突变：E365Q 突变：E365Q PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7RH9 Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in apo state 提交 2021-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 C 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 D 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
7RHG Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in cAMP-bound state 提交 2021-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 C 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 D 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
未记录 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
7RHH Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in cGMP-bound openI state 提交 2021-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 C 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 D 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
7RHI Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in cGMP-bound openII state 提交 2021-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 C 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 D 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
7RHJ Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in L-cis-Diltiazem-blocked open state 提交 2021-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 C 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 D 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 5H0 (2R,3R)-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1,5-benzothiazepin-3-yl acetate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
7RHK Cryo-EM structure of human rod CNGA1/B1 channel in L-cis-Diltiazem-trapped closed state 提交 2021-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 C 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 D 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 5H0 (2R,3R)-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1,5-benzothiazepin-3-yl acetate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
7RHL Cryo-EM structure of human rod Apo CNGA1/B1 channel with CLZ coiled coil 提交 2021-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 C 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
链 D 144–690（547 aa） 片段：UNP residues 144-690
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9ZPV CNGA1 channel closed state in nanodisc cGMP-free 提交 2025-12-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 140–686（547 aa）
链 B 140–686（547 aa）
链 C 140–686（547 aa）
链 D 140–686（547 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 K POTASSIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.07 Å
9ZPW CNGA1 channel intermediate state in nanodisc cGMP-bound 提交 2025-12-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 140–686（547 aa）
链 B 140–686（547 aa）
链 C 140–686（547 aa）
链 D 140–686（547 aa）
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 K POTASSIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.47 Å
9ZPX CNGA1 channel open state in nanodisc cGMP-bound 提交 2025-12-17 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 140–686（547 aa）
链 B 140–686（547 aa）
链 C 140–686（547 aa）
链 D 140–686（547 aa）
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 20 K POTASSIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
9ZPY CNGA1 channel closed state in nanodisc with brain PIP2 cGMP-free 提交 2025-12-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 140–686（547 aa）
链 B 140–686（547 aa）
链 C 140–686（547 aa）
链 D 140–686（547 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 K POTASSIUM ION × 5 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.48 Å
9ZQ0 CNGA1 channel closed state in nanodisc with diC8-PIP2 cGMP-free 提交 2025-12-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 140–686（547 aa）
链 B 140–686（547 aa）
链 C 140–686（547 aa）
链 D 140–686（547 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 K POTASSIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM HEPES, 150 mM KCl, pH7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.11 Å
9ZQ1 CNGA1 channel intermediate state in nanodisc with diC8-PIP2 cGMP-bound 提交 2025-12-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 140–686（547 aa）
链 B 140–686（547 aa）
链 C 140–686（547 aa）
链 D 140–686（547 aa）
未记录 PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 28 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 4 K POTASSIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM HEPES, 150 mM KCl, pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.22 Å

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNGA1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 13–559； UniProt 140–686 作者链 B； PDB构建体 13–559； UniProt 140–686 作者链 C； PDB构建体 13–559； UniProt 140–686 作者链 D； PDB构建体 13–559； UniProt 140–686

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9zpz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9zpz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9zpz
沉积日期 deposition_date2025-12-17
结构标题 titleCNGA1 channel intermediate state in nanodisc with brain PIP2 cGMP-bound
关键词 keywordsCyclic nucleotide-gated channel, Rod photoreceptor, CNGA1, Ion channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.86 Å
零角强度 I(0) i0625106000.00
分子量 molecular_weight229080.0 kDa
排除体积 excluded_volume296470 ų
包络体积 envelope_volume380450 ų
水化壳体积 shell_volume76388 ų
包络直径 envelope_diameter122.9 Å
壳层 Rg shell_rg48.20 Å
包络 Rg envelope_rg39.01 Å
形状 Rg shape_rg39.86 Å
总 Rg total_rg40.34 Å
总原子数 total_atoms16102
残基数 n_residues1796
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.2 Å
Rg (实空间) rg_real40.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real6.2510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal625300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8885
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary53.7 Å
偏度 Skewness skewness0.096
峰度 Kurtosis kurtosis-0.484
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49300000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.848
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)