9zqb

Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 3	Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） mAb PL2-6 antibody × 2 DNA (69-MER) × 1 DNA (128-MER) × 1 DNA (197-MER) × 1 Poly [ADP-ribose] polymerase 2 × 1 （Q9UGN5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 B； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

Histone H2B

Drosophila melanogaster

UniProt P02283

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 3	Histone H2A × 2 （P84051） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） mAb PL2-6 antibody × 2 DNA (69-MER) × 1 DNA (128-MER) × 1 DNA (197-MER) × 1 Poly [ADP-ribose] polymerase 2 × 1 （Q9UGN5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–125； UniProt 1–123 作者链 D； PDB构建体 2–125； UniProt 1–123

Histone H3

Drosophila melanogaster

UniProt P02299

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 3	Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H4 × 2 （P84040） mAb PL2-6 antibody × 2 DNA (69-MER) × 1 DNA (128-MER) × 1 DNA (197-MER) × 1 Poly [ADP-ribose] polymerase 2 × 1 （Q9UGN5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H3_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 F； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Drosophila melanogaster

UniProt P84040

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 3	Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） mAb PL2-6 antibody × 2 DNA (69-MER) × 1 DNA (128-MER) × 1 DNA (197-MER) × 1 Poly [ADP-ribose] polymerase 2 × 1 （Q9UGN5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_DROME
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–104； UniProt 1–103 作者链 H； PDB构建体 1–104； UniProt 1–103

Poly [ADP-ribose] polymerase 2

Homo sapiens

UniProt Q9UGN5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 3	Histone H2A × 2 （P84051） Histone H2B × 2 （P02283） Histone H3 × 2 （P02299） Histone H4 × 2 （P84040） mAb PL2-6 antibody × 2 DNA (69-MER) × 1 DNA (128-MER) × 1 DNA (197-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–494； UniProt 90–583

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zqb
沉积日期 deposition_date	2025-12-18
结构标题 title	Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1
关键词 keywords	DNA damage binding protein, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9zqb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9zqb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9zqb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.71 Å
Rg（电子密度）	41.00 Å
总 Rg	41.53 Å
原子数	31635
残基数	1670
排除体积	284660 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9zqb__assembly_1__model_1`	14-meric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	13388.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	31635

MSGRGKGGKVKGKAKSRSNRAGLQFPVGRIHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVMEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLSGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTEKKA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	13897.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GMIPPKTSGKAAKKAGKAQKNITKTDKKKKRKRKESYAIYIYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDIFERIAAEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15405.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLSAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11521.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MITGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	mAb PL2-6 antibody
分子量 formula_weight	29631.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MGSSHHHHHHSSGRENLYFQGNAMDIKMTQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTATYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRAGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSMEVQLQQSGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKYNEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (69-MER)
分子量 formula_weight	21238.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

GGACTGGACTCTATACGCGGCCATCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTGTCTCC

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (128-MER)
分子量 formula_weight	39167.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

CTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTACTGACCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGATTGTATTGAACAGCGACCACCCC

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA (197-MER)
分子量 formula_weight	61198.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

GGGGTGGTCGCTGTTCAATACAATCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGTCAGTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGGGAGACACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGATGGCCGCGTATAGAGTCCAGTCC

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Poly [ADP-ribose] polymerase 2
分子量 formula_weight	56503.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.30,2.4.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

GKAPVDPECTAKVGKAHVYCEGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGKMGQHSLVACSGNLNKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNTQDEEETKKEESLKSPLKPESQLDLRVQELIKLICNVQAMEEMMMEMKYNTKKAPLGKLTVAQIKAGYQSLKKIEDCIRAGQHGRALMEACNEFYTRIPHDFGLRTPPLIRTQKELSEKIQLLEALGDIEIAIKLVKTELQSPEHPLDQHYRNLHCALRPLDHESYEFKVISQYLQSTHAPTHSDYTMTLLDLFEVEKDGEKEAFREDLHNRMLLWHGSRMSNWVGILSHGLRIAPPEAPITGYMFGKGIYFADMSSKSANYCFASRLKNTGLLLLSEVALGQCNELLEANPKAEGLLQGKHSTKGLGKMAPSSAHFVTLNGSTVPLGPASDTGILNPDGYTLNYNEYIVYNPNQVRMRYLLKVQFNFLQLW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	952082

Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Poly [ADP-ribose] polymerase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zqb__assembly_1__model_1

9zqb__assembly_1__model_1 | I(q)

9zqb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)