SAXSdb — 9zs2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)

Serratia

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 1	CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 × 4 （A0A2I5TNQ0） CRISPR system Cms protein Csm4 × 1 （A0A2I5TQV2） CRISPR system Cms protein Csm5 × 1 （A0A2I5TBB3） RNA (30-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2I5TNR6_SERS3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–816； UniProt 1–816

CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

Serratia

UniProt A0A2I5TNQ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 1	CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) × 1 （A0A2I5TNR6） CRISPR system Cms protein Csm4 × 1 （A0A2I5TQV2） CRISPR system Cms protein Csm5 × 1 （A0A2I5TBB3） RNA (30-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2I5TNQ0_SERS3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 F； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 G； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 H； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248

CRISPR system Cms protein Csm4

Serratia

UniProt A0A2I5TQV2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 1	CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) × 1 （A0A2I5TNR6） CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 × 4 （A0A2I5TNQ0） CRISPR system Cms protein Csm5 × 1 （A0A2I5TBB3） RNA (30-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2I5TQV2_SERS3
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326

CRISPR system Cms protein Csm5

Serratia

UniProt A0A2I5TBB3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 7 RNA 1	CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) × 1 （A0A2I5TNR6） CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 × 4 （A0A2I5TNQ0） CRISPR system Cms protein Csm4 × 1 （A0A2I5TQV2） RNA (30-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2I5TBB3_SERS3
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–559； UniProt 1–559

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9zs2
沉积日期 deposition_date	2025-12-22
结构标题 title	S. marcescens Cas10-Csm unbound to target RNA
关键词 keywords	CRISPR, crRNA, Cas10, type III, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9zs2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9zs2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9zs2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.33 Å
Rg（电子密度）	59.48 Å
总 Rg	59.37 Å
原子数	18542
残基数	2338
排除体积	326300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9zs2__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
分子量 formula_weight	90390.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18542

MNWLAASCHVAAFALLHNLKPLAQRAGIQDFPSPALANKLFAPLPESLSARADLHENTLTLLLDFAARLARGLPETPVSRGETGLIPLTHLLADDNHSAPAERCYSPLAPLGVDSLMPVTAALPTGERQAAYRQVYQALIEGLEAIPAAHRLQPSLWLDHLDSLWMTTCHALPDGDGASGISLYDQGKTTAALAVALWQHHARQATPEKEISLTPGDDARLLLIQADVFGIQELIFAQGNQTQKMAAKLLRGRSFQVSLLAETAALRVLETFDLPPVCQLINAAGKSLIVAPNLPDAAERLAGLRQRLDEWFLTHTYAQTGIGLCSTVAGSAEFLGEQAYGRLQNRLAQAMEQQKYQRFSLCAGDAPPPVFEGYLDQIAQGAGGEPCPMNGLHPVETTLNGLGCSRLAADQITLGHWINHGHWISHGERYARLLILRDSTATFSDDRCLHLTLFGYQVVAVSLKEDSGEFGELACNGSLRRCWDVSLPPEGTSLFQGYARRFINGWMPLAQGEYQPECYPGIEEALANGDIKTFDHLSCEDLYQDADQSLRGTCALGVLKGDIDNLGHLFRSGLPQPGFAKTIGLSRQIHLFFTLWLPHLCRKDPRFANTYTVFAGGDDFFLIGPWRSQQTLALTMAQDFARYSGHNPALHFSLGLVQAKPGYPVRALAAQAEAALKQAKQHPGKNAICLYNEVMGWPEYDALLACSEELARWREHDGYPLSSGLLYRLLALSEQSAEESEKPQAALWRSRLAYFLRRNLVDNVKVPTKENPAAFRHQLHLELFEKLEQHLKRHRQRYRVALQRHLYHYRTVPRGE

来源 Source

来源生物 organism	Serratia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	613
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
分子量 formula_weight	27185.9 kDa
突变 mutation	D43A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MQLNNIQTLRATLVCETGLHIGGGDTALQIGGIASAVVRHPLTQQPYIPGSSLKGKLRSLLEWRAGVVGDTEGKVLSHQVYQQLIDDKKQAQALQALKILQLFGVSGGDKLSAEQAQQIGPTRLSFWDCEFDEHWLAQQGGRVQTEEKAENCIDRISGVALHPRFIERVPAGSRFDFRLTVRQLDGDSPDLLDTLLAGLKMLELDGLGGSISRGYGKVRFEALTLDGKDLQPRFEQLQPFKHTTQGAG

来源 Source

来源生物 organism	Serratia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	613
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm4
分子量 formula_weight	35770.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MPSPVAPAAAWQWLRLRLLPDSAFATALRGDTLFGQLCWYLRESLGEAGLNALLAGYHDQRPFAVISDPMLADHLPRPHLPEHRLGFAAADARARKQRKQQCWLPLAFAHQPLAEWGAHLTAAPEHHQHRSDVQMHNSINRQTLTTGGDDAFAPFGSEQHWFDVDTAWDLYLLHDKRLSAAQLTDALRAIGLLGYGKDASIGKGRFHLTPQPMPELPTPDGNPLRLTLAPCAPQQGHWHSADSFFSPLVRVGRHGAALVVQGHPFKNPLLLADSAAVLAPVTPDNRPFVGQGLGGNGRLSTALPQTVHQGYAPVIPVRFHHKAQPQ

来源 Source

来源生物 organism	Serratia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	613
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm5
分子量 formula_weight	63148.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MTRDQTPRRHTACDSDNMQYFTLTCLSPVHVATGDSLNPGEYLIDENALYELGQGGLSPALTATQRSELLTILESNDPALPLTVQRFLAREAGKLKYAARRMCPLLPGISRYYQSRLGQVMQNDTKNKKQMINQLELMRHVGAALGAPYIPGSTLKGAIRTALVSALNQGQPLQAERRETDKLSSKVAQDAERQLLGFDTRRDSPRYRIEHDPFHWLQVGDAVSPAEHPPMLDYWLVRRQPFKRTEKQDNKADNMELSPVECLKPRQSPLHCQITVKTPPTALAIKNPRLKQWLGKVSQLAQQVNRITLPQCHHELAWLAEKHIGTDDVYAPGQNWVAQMQQLLRQLDDPLQRGEALLLRVGKYGGAISKTVAGWRHIARLGRQGTRTTYHPDVTTCTLALPQADALTQALPFGWVLLHQPDQPEVTEFVASHHDWCQQQQQRLDAHQQQQHTHRQQRQQLAQAREEEAQRLADKARQSKARQSIMSLAEQLASEQTFQHKNPNGPLRGQLATCVGCVATEGSAEEKAELCTLFDDILNYWGIKPGKDKKLTALRNKLL

来源 Source

来源生物 organism	Serratia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	613
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA (30-MER)
分子量 formula_weight	13361.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	K

AUUAAGACCAUUUACAGAACCUGUUCCACUUAAUGAAGUUGC

来源 Source

来源生物 organism	Serratia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	613
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	42471

S. marcescens Cas10-Csm unbound to target RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR system Cms protein Csm4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR system Cms protein Csm5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zs2__assembly_1__model_1

9zs2__assembly_1__model_1 | I(q)

9zs2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

S. marcescens Cas10-Csm unbound to target RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR system Cms protein Csm4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR system Cms protein Csm5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9zs2__assembly_1__model_1

9zs2__assembly_1__model_1 | I(q)

9zs2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)