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9zs4

S. marcescens Cas10-Csm bound to target RNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 194.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)

Serratia

UniProt A0A2I5TNR6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 10 RNA 2 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–816 未记录 crRNA × 1 Target RNA × 1 CRISPR system Cms protein Csm2 × 3 （A0A2I5TBC8） CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 × 4 （A0A2I5TNQ0） CRISPR system Cms protein Csm4 × 1 （A0A2I5TQV2） CRISPR system Cms protein Csm5 × 1 （A0A2I5TBB3） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZS4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9ZS2 S. marcescens Cas10-Csm unbound to target RNA 提交 2025-12-22 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric
链 A 1–816（816 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2I5TNR6_SERS3
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–816； UniProt 1–816

CRISPR system Cms protein Csm2

Serratia

UniProt A0A2I5TBC8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 10 RNA 2 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 2–127 链 C； UniProt 2–127 链 D； UniProt 2–127 未记录 CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) × 1 （A0A2I5TNR6） crRNA × 1 Target RNA × 1 CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 × 4 （A0A2I5TNQ0） CRISPR system Cms protein Csm4 × 1 （A0A2I5TQV2） CRISPR system Cms protein Csm5 × 1 （A0A2I5TBB3） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2I5TBC8_SERS3
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 8–133； UniProt 2–127 作者链 C； PDB构建体 8–133； UniProt 2–127 作者链 D； PDB构建体 8–133； UniProt 2–127

CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3

Serratia

UniProt A0A2I5TNQ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 10 RNA 2 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 1–248 链 F； UniProt 1–248 链 G； UniProt 1–248 链 H； UniProt 1–248 突变：D34A CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) × 1 （A0A2I5TNR6） crRNA × 1 Target RNA × 1 CRISPR system Cms protein Csm2 × 3 （A0A2I5TBC8） CRISPR system Cms protein Csm4 × 1 （A0A2I5TQV2） CRISPR system Cms protein Csm5 × 1 （A0A2I5TBB3） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZS4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9ZS2 S. marcescens Cas10-Csm unbound to target RNA 提交 2025-12-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric
链 E 1–248（248 aa）
链 F 1–248（248 aa）
链 G 1–248（248 aa）
链 H 1–248（248 aa）
突变：D43A 突变：D43A 突变：D43A 突变：D43A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2I5TNQ0_SERS3
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 F； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 G； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 H； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248

CRISPR system Cms protein Csm4

Serratia

UniProt A0A2I5TQV2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 10 RNA 2 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物数一致 链 I； UniProt 1–326 未记录 CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) × 1 （A0A2I5TNR6） crRNA × 1 Target RNA × 1 CRISPR system Cms protein Csm2 × 3 （A0A2I5TBC8） CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 × 4 （A0A2I5TNQ0） CRISPR system Cms protein Csm5 × 1 （A0A2I5TBB3） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZS4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9ZS2 S. marcescens Cas10-Csm unbound to target RNA 提交 2025-12-22 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric
链 I 1–326（326 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2I5TQV2_SERS3
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326

CRISPR system Cms protein Csm5

Serratia

UniProt A0A2I5TBB3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 10 RNA 2 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物数一致 链 J； UniProt 1–559 未记录 CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) × 1 （A0A2I5TNR6） crRNA × 1 Target RNA × 1 CRISPR system Cms protein Csm2 × 3 （A0A2I5TBC8） CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 × 4 （A0A2I5TNQ0） CRISPR system Cms protein Csm4 × 1 （A0A2I5TQV2） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9ZS4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9ZS2 S. marcescens Cas10-Csm unbound to target RNA 提交 2025-12-22 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric
链 J 1–559（559 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2I5TBB3_SERS3
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–559； UniProt 1–559

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9zs4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9zs4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9zs4
沉积日期 deposition_date2025-12-22
结构标题 titleS. marcescens Cas10-Csm bound to target RNA
关键词 keywordsCRISPR, crRNA, Cas10, type III, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.10 Å
零角强度 I(0) i01828300000.00
分子量 molecular_weight340340.0 kDa
排除体积 excluded_volume419080 ų
包络体积 envelope_volume614790 ų
水化壳体积 shell_volume92902 ų
包络直径 envelope_diameter205.9 Å
壳层 Rg shell_rg54.95 Å
包络 Rg envelope_rg57.46 Å
形状 Rg shape_rg57.11 Å
总 Rg total_rg57.02 Å
总原子数 total_atoms23910
残基数 n_residues2930
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax194.1 Å
Rg (实空间) rg_real56.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.19 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1826000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7883
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.5 Å
偏度 Skewness skewness0.588
峰度 Kurtosis kurtosis-0.287
角度范围 angular_range— – 0.1400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha545900000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.677; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.861; Smooth: 0.353
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)