当前蛋白身份：A6NJ78
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7PNX Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit without mS37 in complex with RBFA and METTL15 conformation a 提交 2021-09-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–407（407 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 64 K POTASSIUM ION × 16 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 7PNY Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit without mS37 in complex with RBFA and METTL15 conformation b 提交 2021-09-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–407（407 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 61 K POTASSIUM ION × 20 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 7PNZ Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit without mS37 in complex with RBFA and METTL15 conformation c 提交 2021-09-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–407（407 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 61 K POTASSIUM ION × 17 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 8IPI The apo structure of human mitochondrial methyltransferase METTL15 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
70–407（338 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% PEG MME 2000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 5.5)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.229 |
| 8IPK The structure of human mitochondrial methyltransferase METTL15 with SAM 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
70–407（338 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；42% PEG 600, 0.2 M imidazole malate, pH 5.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.221 |
| 8IPL The structure of human mitochondrial methyltransferase METTL15 with RBFA and SAM 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
70–407（338 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；17% w/v PEG 4000, 0.05M Potassium chloride, 0.1M Lithium chloride, 0.012M Spermine tetrahydrochloride, 0.05M MES PH6.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.235 |
| 8IPM The structure of human mitochondrial methyltransferase METTL15 with h44_RNA, RBFA and SAM 提交 2023-03-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric（3） 与全部聚合物一致 |
链 D
70–407（338 aa）
|
未记录 | SFG SINEFUNGIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；20% PEG 4000, 0.2 M ADA (pH 6.4)
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |
| 8QRL mt-SSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 2 提交 2023-10-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 8
1–407（407 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 64 K POTASSIUM ION × 16 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 9G5C Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit (State B) 提交 2024-07-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–407（407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 23 K POTASSIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20mM HEPES-HCl, 100mM KCl, 20mM MgCl2, 0.02% DDM, 1mM PMSF, 1x protease-inhibitor mix, 0.5mM GMP-PNP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9G5D Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit (State C) 提交 2024-07-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–407（407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 10 K POTASSIUM ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；20mM HEPES-HCl, 100mM KCl, 20mM MgCl2, 0.02% DDM, 1mM PMSF, 1x protease-inhibitor mix, 0.5mM GMP-PNP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9H51 Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit in complex with PUS1, METTL15 and RBFA(IN conformation) (state M1) 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–407（407 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SPM SPERMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 40 K POTASSIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9IGT Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit bound to METTL15, RBFA, and mtIF2 (State M2.1) 提交 2025-02-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–407（407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 12 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SPM SPERMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.96 Å |
| 9IGU Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit bound to METTL15 and RBFA (Inward conformation) (State M2) 提交 2025-02-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–407（407 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 31 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SPM SPERMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |