当前蛋白身份：A7MSF4
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8YFP Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) 提交 2024-02-25 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
23–427（405 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.06M Divalent (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride), 0.1M buffer system2 (1M Sodium HEPES, MOPS (acid) pH 7.5, 35% precipitant mix 4 (25% v/v MPD, 25% PEG 100, 25% w/v PEG 3350)
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.219 |
| 8YFP Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) 提交 2024-02-25 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.06M Divalent (0.3M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride), 0.1M buffer system2 (1M Sodium HEPES, MOPS (acid) pH 7.5, 35% precipitant mix 4 (25% v/v MPD, 25% PEG 100, 25% w/v PEG 3350)
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.219 |
| 8YH4 Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with chitosanbiose (GlcN)2 提交 2024-02-27 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
23–427（405 aa）
链 B
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.182 |
| 8YH4 Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with chitosanbiose (GlcN)2 提交 2024-02-27 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
23–427（405 aa）
链 D
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.182 |
| 9JEN Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) complex Tetraacetyl-Chitotetraose Oligosaccharide (GlcNAc)4 提交 2024-09-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
23–427（405 aa）
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未记录 | ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.2M Sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% W/V PEG 3350
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分辨率 1.65 Å R-free 0.198 |
| 9JEN Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) complex Tetraacetyl-Chitotetraose Oligosaccharide (GlcNAc)4 提交 2024-09-03 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
23–427（405 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.2M Sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% W/V PEG 3350
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.198 |
| 9JEO Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,4-D-glucosaminium(GlcNAcGlcN) 提交 2024-09-03 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
23–427（405 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.2M Sodium formate, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% W/V PEG 3350
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.185 |
| 9JEO Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,4-D-glucosaminium(GlcNAcGlcN) 提交 2024-09-03 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.2M Sodium formate, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% W/V PEG 3350
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.185 |
| 9JEO Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,4-D-glucosaminium(GlcNAcGlcN) 提交 2024-09-03 | Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.2M Sodium formate, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% W/V PEG 3350
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.185 |
| 9JEO Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,4-D-glucosaminium(GlcNAcGlcN) 提交 2024-09-03 | Assembly 4 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.2M Sodium formate, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% W/V PEG 3350
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.185 |
| 9JT0 Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) complex with Chitobiose 提交 2024-10-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；292.15 K；0.2M Sodium fluoride, 0.1M Bis-tris propane pH 6.5, 20% W/V PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.217 |
| 9JT0 Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) complex with Chitobiose 提交 2024-10-01 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；292.15 K；0.2M Sodium fluoride, 0.1M Bis-tris propane pH 6.5, 20% W/V PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.217 |
| 9JT0 Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) complex with Chitobiose 提交 2024-10-01 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；292.15 K；0.2M Sodium fluoride, 0.1M Bis-tris propane pH 6.5, 20% W/V PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.217 |
| 9JT8 Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with Triacetyl-Chitotriose (GlcNAc)3 提交 2024-10-03 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Sodium iodide, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.239 |
| 9JT8 Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with Triacetyl-Chitotriose (GlcNAc)3 提交 2024-10-03 | Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Sodium iodide, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.239 |
| 9JT8 Chito oligosaccharide deacetylase from vibrio campbellii (VhCOD) in complex with Triacetyl-Chitotriose (GlcNAc)3 提交 2024-10-03 | Assembly 3 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
23–427（405 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Sodium iodide, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.239 |