当前蛋白身份：B7MIX3
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5TBZ E. Coli RNA Polymerase complexed with NusG 提交 2016-09-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；0.1 M sodium dihydrogen phosphate pH 6.5, 12% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 7.00 Å R-free 0.395 |
| 5TBZ E. Coli RNA Polymerase complexed with NusG 提交 2016-09-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 H
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；298 K；0.1 M sodium dihydrogen phosphate pH 6.5, 12% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 7.00 Å R-free 0.395 |
| 5UI8 structure of sigmaN-holoenzyme 提交 2017-01-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 I
1–1342（1342 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
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分辨率 3.76 Å R-free 0.312 |
| 6AWB Structure of 30S ribosomal subunit and RNA polymerase complex in non-rotated state 提交 2017-09-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：27-meric（27） 与全部聚合物一致 |
链 03
2–1341（1340 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2.5 uL of 50 nM 30S and 150 nM RNAP was applied to the grid. After a 30 second incubation, the grid was blotted for 5 seconds at blotting power 8.
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分辨率 6.70 Å |
| 6AWC Structure of 30S ribosomal subunit and RNA polymerase complex in rotated state 提交 2017-09-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：27-meric（27） 与全部聚合物一致 |
链 03
2–1341（1340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2.5 uL of 50 nM 30S and 150 nM RNAP was applied to the grid. After a 30 second incubation, the grid was blotted for 5 seconds at blotting power 8.
|
分辨率 7.90 Å |
| 6AWD Structure of 30S (S1 depleted) ribosomal subunit and RNA polymerase complex 提交 2017-09-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 03
2–1341（1340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；20 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2.5 uL of 50 nM 30S and 150 nM RNAP was applied to the grid. After a 30 second incubation, the grid was blotted for 5 seconds at blotting power 8.
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分辨率 8.10 Å |
| 6B6H The cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activation complex 提交 2017-10-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 0.1mM EDTA, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 second blotting
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分辨率 3.90 Å |
| 6PB4 The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex with de novo RNA transcript at the state 2 提交 2019-06-13 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
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分辨率 4.35 Å |
| 6PB5 The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex at the state 1 architecture 提交 2019-06-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
|
分辨率 4.52 Å |
| 6PB6 The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex at the state 2 提交 2019-06-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
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分辨率 4.29 Å |
| 6PMI Sigm28-transcription initiation complex with specific promoter at the state 1 提交 2019-07-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
|
分辨率 3.86 Å |
| 6PMJ Sigm28-transcription initiation complex with specific promoter at the state 2 提交 2019-07-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
|
分辨率 3.91 Å |
| 6XH7 CueR-TAC without RNA 提交 2020-06-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6XH8 CueR-transcription activation complex with RNA transcript 提交 2020-06-18 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6XL5 Cryo-EM structure of EcmrR-RNAP-promoter open complex (EcmrR-RPo) 提交 2020-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 6XL9 Cryo-EM structure of EcmrR-RNAP-promoter initial transcribing complex with 3-nt RNA transcript (EcmrR-RPitc-3nt) 提交 2020-06-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 6XLJ Cryo-EM structure of EcmrR-RNAP-promoter initial transcribing complex with 4-nt RNA transcript (EcmrR-RPitc-4nt) 提交 2020-06-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 5 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6XLL Cryo-EM structure of E. coli RNAP-promoter initial transcribing complex with 5-nt RNA transcript (RPitc-5nt) 提交 2020-06-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6XLM Cryo-EM structure of E.coli RNAP-DNA elongation complex 1 (RDe1) in EcmrR-dependent transcription 提交 2020-06-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6XLN Cryo-EM structure of E. coli RNAP-DNA elongation complex 2 (RDe2) in EcmrR-dependent transcription 提交 2020-06-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–1342（1342 aa）
|
未记录 | 1N7 CHAPSO × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |