当前蛋白身份：B8YK79
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3OTP Crystal structure of the DegP dodecamer with a model substrate 提交 2010-09-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致 |
链 G
36–76（41 aa）
片段：a model peptide substrate
链 H
36–76（41 aa）
片段：a model peptide substrate
链 I
36–76（41 aa）
片段：a model peptide substrate
链 J
36–76（41 aa）
片段：a model peptide substrate
链 K
36–76（41 aa）
片段：a model peptide substrate
链 L
36–76（41 aa）
片段：a model peptide substrate
|
突变：C30S 突变：C30S 突变：C30S 突变：C30S 突变：C30S 突变：C30S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；291 K；65 mM citric acid, 35 mM Bis-Tris propane, 8% PEG3350, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K
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分辨率 3.76 Å R-free 0.251 |
| 5A3Z Structure of monoclinic Lysozyme obtained by multi crystal data collection 提交 2015-06-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–147（147 aa）
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未记录 | NO3 NITRATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.59 Å R-free 0.265 |
| 5A3Z Structure of monoclinic Lysozyme obtained by multi crystal data collection 提交 2015-06-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–147（147 aa）
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未记录 | NO3 NITRATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.59 Å R-free 0.265 |
| 6PBB Crystal structure of Hen Egg White Lysozyme in complex with I3C 提交 2019-06-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
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未记录 | I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 4 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；289 K；0.2 M Ammonium acetate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
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分辨率 1.89 Å R-free 0.240 |
| 6PL9 Adduct formed after 1 month in the reaction of dichlorido(1,3-dimethylbenzimidaz ol-2-ylidene)(eta5-pentamethylcyclopentadienyl)rhodium(III) with HEWL 提交 2019-06-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
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未记录 | ORS dichloro[(1,2,3,4,5-eta)-pentamethylcyclopentadienyl]rhodium × 1 R1N 2-(1-chloranyl-2,3,4,5,6-pentamethyl-1$l^{7}-rhodapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexan-1-yl)-1,3-dimethyl-benzimidazole × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Hen egg white lysozyme (100mg/mL), 0.8 M sodium chloride, and 0.1 M sodium acetate pH 4.7. Rh(III)(Cp*)(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(Cl)2 (1.09 mg, 1 mg/mL) soak occurred in 0.8 M sodium nitrate and 0.1 M sodium acetate pH 4.7
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.203 |
| 6PLA Adducts formed after 1 month in the reaction of dichlorido(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)osmium(II) with HEWL 提交 2019-06-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 1 O1N dichlorido(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)osmium(II) × 2 OS OSMIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Hen egg white lysozyme (100mg/mL), 0.8 M sodium chloride, and 0.1 M sodium acetate pH 4.7. Os(II)(cymene)(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(Cl)2 (1.04 mg, 1 mg/mL) soak occurred in 0.8 M sodium nitrate and 0.1 M sodium acetate pH 4.7
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分辨率 1.25 Å R-free 0.184 |
| 6PLB Adducts formed after 1 month in the reaction of dichlorido(1,3-dimethylbenzimida zol-2-ylidene)(eta5-pentamethylcyclopentadienyl)iridium(III) with HEWL 提交 2019-06-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
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未记录 | OT1 2-(1-chloranyl-2,3,4,5,6-pentamethyl-1$l^{7}-iridapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexan-1-yl)-1,3-dimethyl-benzimidazole × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Hen egg white lysozyme (100mg/mL), 0.8 M sodium chloride, and 0.1 M sodium acetate pH 4.7. Ir(III)(Cp*)(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(chlorido)2 (1.13 mg, 1 mg/mL) soak occurred in 0.8 M sodium nitrate and 0.1 M sodium acetate pH 4.7
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分辨率 1.30 Å R-free 0.190 |
| 6W7P Crystal Structure Analysis of Space-grown Lysozyme - Ground experiment 提交 2020-03-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIQUID DIFFUSION；pH 4.6；296 K；PEG 6000, NaCl, Na Acetate
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分辨率 1.60 Å R-free 0.220 |
| 6W8E Crystal Structure Analysis of Space-grown Lysozyme 提交 2020-03-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
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未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
LIQUID DIFFUSION；pH 4.6；296 K；PEG 6000, NaCl, Na Acetate
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分辨率 2.68 Å R-free 0.306 |
| 6WEB Multi-Hit SFX using MHz XFEL sources 提交 2020-04-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
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未记录 | ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 3.5；293 K；NaCl, ethylene glycol, PEG 3350, acetate buffer pH 3.5
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分辨率 2.10 Å R-free 0.216 |
| 6WEC Multi-Hit SFX using MHz XFEL sources 提交 2020-04-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ACT ACETATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 3.5；293 K；NaCl, ethylene glycol, PEG 3350, acetate buffer pH 3.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.299 |
| 6WGO The interaction of dichlorido(3-(anthracen-9-ylmethyl)-1-methylimidazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)ruthenium(II) with HEWL after 1 week 提交 2020-04-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
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未记录 | NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 U0J {(2R)-1-[(anthracen-9-yl)methyl]-3-methyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-2-yl}(dichloro)ruthenium × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.192 |
| 6WRL The interaction of chlorido(1,5-cyclooctadiene)([4-(2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-3-methoxy-3-oxopropyl)-1,3-dimethyl-1H-imidazol-3-ide])rhodium(I) with HEWL after 1 week 提交 2020-04-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 3 RH Rhodium × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.215 |
| 6WRM The interaction of chlorido(1,5-cyclooctadiene)([4-(2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-3-methoxy-3-oxopropyl)-1,3-dimethyl-1H-imidazol-3-ide])rhodium(I) with HEWL after 1 month 提交 2020-04-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 RH Rhodium × 1 U8G (4-{2-[(tert-butoxycarbonyl)amino]-3-methoxy-3-oxopropyl}-1,3-dimethyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-2-yl)rhodium × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride
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分辨率 1.55 Å R-free 0.249 |
| 6WX5 Adducts formed after 3 weeks in the reaction of chlorido[chlorido(2,2'-((2-([2,2':6',2''-Terpyridin]-4'-yloxy)ethyl)azanediyl)bis(ethan-1-ol))platinum(II)] with HEWL 提交 2020-05-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 PT PLATINUM (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride pH 4.7
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.202 |
| 7D0W Crystal structure of Hen Egg White Lysozyme 提交 2020-09-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
19–147（129 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298.15 K；PEG 3000, TRIS pH 5.6
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分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |