当前蛋白身份：E7ESL0
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3J7Y Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria 提交 2014-08-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 66 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.45, 100 mM potassium chloride, 20 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 7.45；20 mM HEPES-KOH, pH 7.45, 100 mM potassium chloride, 20 mM magnesium acetate, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
90 K；冷冻剂 ETHANE；Blot 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II).
|
分辨率 3.40 Å |
| 3J9M Structure of the human mitochondrial ribosome (class 1) 提交 2015-02-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 127 ZN ZINC ION × 7 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.45, 100 mM KCl, 20 mM MgOAc, 2 mM DTT；pH 7.45；20 mM HEPES-KOH, pH 7.45, 100 mM KCl, 20 mM MgOAc, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
Blot 2.5 seconds before plunging；90 K；冷冻剂 ETHANE；Blot 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II).
|
分辨率 3.50 Å |
| 6I9R Large subunit of the human mitochondrial ribosome in complex with Virginiamycin M and Quinupristin 提交 2018-11-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：53-meric（53） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 134 H8T Virginiamycin M × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6VLZ Structure of the human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex (ClassI) 提交 2020-01-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 85 PDB 声明：90-meric（90） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 130 ZN ZINC ION × 7 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 6VMI Structure of the human mitochondrial ribosome-EF-G1 complex (ClassIII) 提交 2020-01-28 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 85 PDB 声明：91-meric（91） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 130 ZN ZINC ION × 7 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 6ZS9 Human mitochondrial ribosome in complex with ribosome recycling factor 提交 2020-07-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 88 PDB 声明：91-meric（91） 与全部聚合物一致 |
链 XT
1–212（212 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 195 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7A5H Structure of the split human mitoribosomal large subunit with rescue factors mtRF-R and MTRES1 提交 2020-08-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7A5I Structure of the human mitoribosome with A- P-and E-site mt-tRNAs 提交 2020-08-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：90-meric（90） 与全部聚合物一致 |
链 T3
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 127 ZN ZINC ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7A5J Structure of the split human mitoribosomal large subunit with P-and E-site mt-tRNAs 提交 2020-08-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7A5K Structure of the human mitoribosome in the post translocation state bound to mtEF-G1 提交 2020-08-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 86 PDB 声明：93-meric（93） 与全部聚合物一致 |
链 T3
1–212（212 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 128 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 7 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7L08 Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome-RRFmt complex. 提交 2020-12-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 127 ZN ZINC ION × 7 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.49 Å |
| 7L20 Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosomal subunit in complex with RRFmt and EF-G2mt. 提交 2020-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 102 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 7O9K Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1, the MALSU module, GTPBP5 and mtEF-Tu 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：69-meric（69） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 93 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7O9M Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1 and the MALSU module 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 104 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8K2A Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome with Tigecycline 提交 2023-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 LV
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 145 T1C TIGECYCLINE × 4 ZN ZINC ION × 7 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8K2B Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with Tigecycline 提交 2023-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 LV
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 95 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8XT0 Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome with 5um Tigecycline 提交 2024-01-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 LV
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 145 T1C TIGECYCLINE × 3 ZN ZINC ION × 7 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8XT1 Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with 5uM Tigecycline 提交 2024-01-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 LV
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 95 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8XT2 Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome with 10uM Tigecycline 提交 2024-01-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 LV
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 145 T1C TIGECYCLINE × 3 ZN ZINC ION × 7 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8XT3 Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with 10uM Tigecycline 提交 2024-01-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 LV
1–212（212 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 95 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9CN3 Human 39S mitoribosome in complex with antibiotic Linezolid 提交 2024-07-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–212（212 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 102 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å |