当前蛋白身份：G0SFB5
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5CXB Structure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1 in P21 21 2 space group 提交 2015-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–495（495 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；20% PEG 8000, 0.1M Hepes pH 7.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.213 |
| 5CXC Structure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1 in P 65 2 2 space group 提交 2015-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–495（495 aa）
片段：UNP residues 433-801
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；294 K；15% PEG 4000,0.1M Na citrate pH 5.6, 0.2M Ammonium sulfate
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分辨率 3.10 Å R-free 0.239 |
| 5CYK Structure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1-R486E 提交 2015-07-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–495（495 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1M Hepes pH 7.5,
2M Ammonium Sulfate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.262 |
| 5EM2 Crystal structure of the Erb1-Ytm1 complex 提交 2015-11-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–495（495 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20-28% ethylene glycol
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分辨率 2.67 Å R-free 0.251 |
| 5EM2 Crystal structure of the Erb1-Ytm1 complex 提交 2015-11-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–495（495 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20-28% ethylene glycol
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.251 |
| 6QTB Crystal structure of Rea1-MIDAS/Ytm1-UBL complex from Chaetomium thermophilum 提交 2019-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
8–98（91 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；3 M NaCl and 0.1 M Tris (pH 8.5)
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分辨率 1.89 Å R-free 0.213 |
| 6QTB Crystal structure of Rea1-MIDAS/Ytm1-UBL complex from Chaetomium thermophilum 提交 2019-02-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
8–98（91 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；3 M NaCl and 0.1 M Tris (pH 8.5)
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.213 |
| 8I9X Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Ytm1-1 提交 2023-02-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 CD
1–495（495 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.80 Å |
| 8I9Y Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Ytm1-2 提交 2023-02-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 CD
1–495（495 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8I9Z Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Spb4 提交 2023-02-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 CD
1–495（495 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8IA0 Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Puf6 提交 2023-02-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 62 PDB 声明：64-meric（64） 与全部聚合物一致 |
链 CD
1–495（495 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8PV2 Chaetomium thermophilum pre-60S State 10 - pre-5S rotation with Ytm1-Erb1 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 CD
1–495（495 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å |