当前蛋白身份：K0BRG7
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4KQZ structure of the receptor binding domain (RBD) of MERS-CoV spike 提交 2013-05-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
367–606（240 aa）
片段：UNP RESIDUES 367-606
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M ammonium tartrate dibasic pH7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.251 |
| 4KQZ structure of the receptor binding domain (RBD) of MERS-CoV spike 提交 2013-05-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
367–606（240 aa）
片段：UNP RESIDUES 367-606
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.1M ammonium tartrate dibasic pH7.0, 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.251 |
| 4KR0 Complex structure of MERS-CoV spike RBD bound to CD26 提交 2013-05-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
367–606（240 aa）
片段：UNP RESIDUES 367-606
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；6% v/v 2-propanol, 0.1M sodium acetate pH4.5, 26% PEG 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.232 |
| 4MOD Structure of the MERS-CoV fusion core 提交 2013-09-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
992–1054（63 aa）
链 A
1252–1286（35 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M BIS-TRIS, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.213 |
| 4MOD Structure of the MERS-CoV fusion core 提交 2013-09-12 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
992–1054（63 aa）
链 B
1252–1286（35 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M BIS-TRIS, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.213 |
| 6Q04 MERS-CoV S structure in complex with 5-N-acetyl neuraminic acid 提交 2019-08-01 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
19–1294（1276 aa）
链 B
19–1294（1276 aa）
链 C
19–1294（1276 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 FOL FOLIC ACID × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 6Q05 MERS-CoV S structure in complex with sialyl-lewisX 提交 2019-08-01 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
19–1294（1276 aa）
链 B
19–1294（1276 aa）
链 C
19–1294（1276 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 FOL FOLIC ACID × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 6Q06 MERS-CoV S structure in complex with 2,3-sialyl-N-acetyl-lactosamine 提交 2019-08-01 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
19–1294（1276 aa）
链 B
19–1294（1276 aa）
链 C
19–1294（1276 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 FOL FOLIC ACID × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6Q07 MERS-CoV S structure in complex with 2,6-sialyl-N-acetyl-lactosamine 提交 2019-08-01 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
19–1294（1276 aa）
链 B
19–1294（1276 aa）
链 C
19–1294（1276 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 FOL FOLIC ACID × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7V3L MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 6516 提交 2021-08-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1290（1290 aa）
链 B
1–1290（1290 aa）
链 C
1–1290（1290 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 7V5J MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 0722(state 2) 提交 2021-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
18–1206（1189 aa）
链 B
18–1206（1189 aa）
链 C
18–1206（1189 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7V5K MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 0722 (state 1) 提交 2021-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
18–1206（1189 aa）
链 B
18–1206（1189 aa）
链 C
18–1206（1189 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7V6N MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 111 state1 提交 2021-08-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
18–1206（1189 aa）
链 B
18–1206（1189 aa）
链 C
18–1206（1189 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.99 Å |
| 7V6O MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 111 (state 2) 提交 2021-08-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
18–1206（1189 aa）
链 B
18–1206（1189 aa）
链 C
18–1206（1189 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.56 Å |
| 7X25 MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class4 (2u1d RBD with 3Fab) 提交 2022-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 G
1–1290（1290 aa）
链 I
1–1290（1290 aa）
链 J
1–1290（1290 aa）
|
突变：V1060P, L1061P 突变：V1060P, L1061P 突变：V1060P, L1061P | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 7X28 MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class3 (2u1d RBD with 2Fab) 提交 2022-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 F
1–1290（1290 aa）
链 G
1–1290（1290 aa）
链 I
1–1290（1290 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 7X29 MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class2 (1u2d RBD with 2Fab) 提交 2022-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1290（1290 aa）
链 B
1–1290（1290 aa）
链 C
1–1290（1290 aa）
|
突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 7X2A MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class1 (1u2d RBD with 1Fab) 提交 2022-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1290（1290 aa）
链 B
1–1290（1290 aa）
链 C
1–1290（1290 aa）
|
突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P 突变：V1060P, l1061P | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 7YMT Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, Two RBD-up conformation 2 提交 2022-07-29 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
17–1291（1275 aa）
链 B
17–1291（1275 aa）
链 C
17–1291（1275 aa）
|
突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.
|
分辨率 6.55 Å |
| 7YMV Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, Two RBD-up conformation 1 提交 2022-07-29 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
17–1291（1275 aa）
链 B
17–1291（1275 aa）
链 C
17–1291（1275 aa）
|
突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.
|
分辨率 6.74 Å |
| 7YMW Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 4 提交 2022-07-29 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
17–1291（1275 aa）
链 B
17–1291（1275 aa）
链 C
17–1291（1275 aa）
|
突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.
|
分辨率 6.05 Å |
| 7YMX Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 2 提交 2022-07-29 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
17–1291（1275 aa）
链 B
17–1291（1275 aa）
链 C
17–1291（1275 aa）
|
突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.
|
分辨率 4.44 Å |
| 7YMY Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, One RBD-up conformation 1 提交 2022-07-29 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
17–1291（1275 aa）
链 B
17–1291（1275 aa）
链 C
17–1291（1275 aa）
|
突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.
|
分辨率 4.96 Å |
| 7YMZ Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, intermediate conformation 提交 2022-07-29 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
17–1291（1275 aa）
链 B
17–1291（1275 aa）
链 C
17–1291（1275 aa）
|
突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.
|
分辨率 4.39 Å |
| 7YN0 Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, all RBD-down conformation 提交 2022-07-29 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
17–1291（1275 aa）
链 B
17–1291（1275 aa）
链 C
17–1291（1275 aa）
|
突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P 突变：R748A, R751G, V1060P, L1061P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s.
|
分辨率 4.10 Å |